Плодотворная деятельность Константина и Мефодия в Моравии продолжалась 3 года и 4 месяца. Константин был занят здесь главным образом литературной и учительской работой, Мефодий — организационной. За время своего пребывания в Моравии они заложили здесь основы независимой от франков национальной церкви на родном для местного населения славянском языке. Но так как церковный вопрос был в это время повсюду прежде всего вопросом политическим, то организацией национальной церковной иерархии и церковного управления с христианским культом по византийскому обряду Ростислав, прежде всего, укреплял политические позиции своей национальной государственности, а своею церковною унией с Византией усиливал её международное положение обеспечением Моравии политической дружбы с южными соседями, Болгарией и Византией, непосредственно смыкавшимися тогда своими границами с франкской державой. С этого момента политическая борьба Ростислава за независимость Великоморавии с франками заострялась на церковной проблеме, ввиду чего культурно-просветительная и организационная работа солунских братьев в Моравии протекала в исключительно напряжённой обстановке борьбы с франкскими-баварскими епископами, имевшими за своею спиною Людовика, и велась она под лозунгом борьбы вновь организованной моравской церкви во главе с Мефоди-ем за национальный (славянский) язык в богослужении и основные принципы христианского культа по восточно-римскому обряду.
Борьба эта не замедлила вылиться вскоре в форму вооружённого выступления Людовика против Ростислава. В 864 г. он предпринял тщательно подготовленный поход на Моравию. Поход сопровождался «благословением» римского папы Николая. Переправившись с огромным войском через Дунай у Довины (вероятно, у нынешнего Девина, старой крепости при впадении Моравы в Дунай), Людовик встретился с Ростиславом, и Ростислав принужден был, ввиду значительно превосходящих сил противника, сдаться на условиях, продиктованных Людовиком. Условия эти обязывали Ростислава со всеми его вельможами к верности и преданности королю до конца его жизни. Создавшееся для Великоморавии положение вещей продолжалось до 869 г., т. е. до года общеславянского восстания против Людовика.
Культурно-просветительная деятельность солунских братьев не ограничивалась только Моравией. Во время одной из своих поездок в Рим к папе в 867 г. они остановились по дороге у паннонского князя Коцела в Мосбурге (Шалавар) на Блатенском озере, т е. в районе, населённом тогда словенцами.
Коцел радушно принял Константина и Мефодия, усвоил от них славянскую грамоту и поручил им, как говорит легенда, по пятидесяти учеников с тем, чтобы они обучили их чтению славянских книг.
После смерти в 869 г. младшего из братьев Константина, последовавшей на 42-м году его жизни, культурно-просветительную миссию у западных славян продолжал один только Мефодий с группою своих ближайших сотрудников. С этого же года специальной буллой римского папы Адриана (867–872) славянский язык впервые был санкционирован для западных славян в качестве языка культа. Одновременно с этим, по представлению Коцела и личному докладу Мефодия, римской курией была восстановлена в Среме епископская кафедра, упразднённая в 582 г., когда Срем был захвачен аварами. Карл Великий, освободив Паннонию от аваров, включил эту кафедру в состав солноградского архиепископства, т. е. подчинил её ведению франкского церковного управления. Вместе с восстановлением сремской кафедры создавался церковный центр обширной паннонско-моравской области; другими словами, Великоморавия получала собственное, независимое от немецкого духовенства церковное управление во главе с Мефодием, в качестве епископа, и с подчинением его непосредственно римской курии. Таким путём упрочивалось политическое положение Великоморавии, которая в борьбе с франками становилась тем самым под протекторат Рима.
Как и следовало ожидать, создание независимой славянской церкви на границе баварской державы вызвало протест со стороны баварского епископа. Пасауское епископство питало виды на Моравию, а солноградское архиепископство — на Паннонию. Эти «виды» разгорелись ещё больше с тех пор, когда из рук баварского епископата уплыли столь лакомые куски, как Моравия с Паннонией. Пока был жив Коцел, он ревностно поддерживал Мефодия в его организационной работе. Но после его смерти, около 874 г., положение вещей изменилось к худшему. Часть Нижней Паннонии, простиравшейся вплоть до Блатенского озера, с городом Петовией (слав. Птуй), как центром, отходила к сыну Карломана Арнульфу как Дудлебское графство, в связи с чем эта часть паннонско-моравской епархии отходила в ведение солноградского архиепископа. Что же касается верхней и восточной Паннонии, то после смерти Коцела эти области отошли в ведение князя Нитры Святополка (871–894), который в союзе с Карломаном баварским сверг с Великоморавского престола своего дядю Ростислава и осенью 870 г. выдал его франкам, где он был ослеплен и осужден на пожизненное заключение в монастырь. Однако уже в 871 г. Святополк изменил франкам и, нанеся им поражение, завладел Моравией и утвердился на Великоморавском престоле, признав верховную власть франков. Это, впрочем, не спасло его от мести франков. В том же 871 г. он был арестован франками, увезён из Моравии в г. Регенсбург и предан суду, а франки в это время, захватив Моравию, предавали страну опустошению, чем вызвали восстание мораван против немецкой оккупации. Регенсбургский суд оправдал Святополка, и баварское правительство поручило ему усмирение восставшего народа, пообещав в награду за это вернуть ему его прежние княжеские права. Но Свято-полк, явившись в Моравию, стал на сторону восставших, разбил немцев и затем в течение ряда лет, вплоть до 874 г., вёл с ними в союзе с чехами и полабскими славянами войну, в результате чего, по миру, заключённому с немцами в 874 г. в Форхгейме, был признан независимым князем Моравии.