В правление Святополка Моравия достигает значительных успехов, и имя Святополка приобретает широкую популярность не только в Моравии, но и за её пределами у всех соседних славянских народов. Вторая половина правления Святополка проходит в атмосфере обостренных отношений с немцами, которые несколько раз опустошают Моравию в ответ на опустошительные вторжения Святополка во владения Арнульфа (Нижняя Паннония). Кроме того, правление Святополка отмечено появлением на территории Моравии большого числа немецких колонистов и усилением немецкого влияния. Возможно, что в связи с этою «немецкой» политикой Святополка стоит и его поддержка латинского духовенства, а в связи с этим и неприязненные отношения к Мефодию, который не пользовался его поддержкой и был предоставлен моравским князем собственным силам в обострившейся борьбе с латинским (немецким) духовенством и его притязаниями на моравскую епархию.
Против беззащитного старика Мефодия поднялась ожесточённая травля со стороны латинского духовенства, и в конце концов без всяких оснований он был арестован немецкими епископами и сослан в Свабы, где провёл в заключении 2,5 года в тяжёлой обстановке всевозможных лишений и истязаний. Святополк оставался безучастным к судьбе Мефодия. Попытки Мефодия лично связаться с Римом парализовались его врагами, и только случайно узнав из сообщения какого-то Лазаря (предположительно — ученика Мефодия) о судьбе, постигшей Мефодия, папа Иоанн VIII привлёк к ответственности епископов, учинивших своевольную расправу над Мефодием. Благодаря вмешательству папы Мефодий был освобожден из заключения, доставлен в Моравию к Святополку, и с этого времени начинается его широкая организационная работа в Моравии и за её пределами. В 874 г., по сообщению чешского летописца Козьмы, Мефодий обратил в христианство чешского (богемского) князя Боривоя и его жену Людмилу. К этому же времени относятся сношения Мефодия с каким-то повислянским князем-язычником, который «силен вельмн, седя в Висле, ругдшеся хрнстндном и пакости деяше».
Между тем преследования Мефодия со стороны франков не прекращались. Они обвиняли теперь Мефодия в ереси, а также в совершении богослужения на славянском языке. Они сфабриковали подложное письмо от папы, требовавшее отстранения Мефодия от дел, но Мефодий настойчиво продолжал свою деятельность, а в 880 г. после поездки в Рим и личного доклада папе по возбуждённым против него клеветническим обвинениям папа Иоанн VIII утвердил Мефодия в должности архиепископа Моравского и вновь санкционировал славянский язык как язык культа для славян, о чём в специальном послании папа ставил в известность Святополка. Святополк, однако, и после этого продолжал занимать враждебные позиции против Мефодия, что сказалось, в частности, в его выдвижении на должность нитранского епископа некоего Вихинга, злейшего врага Мефодия и славянского культа. Опираясь на Святополка и сильную немецкую партию, Вихинг с момента своего назначения на пост нитранского епископа, вместо сотрудничества с Мефодием, повёл против него ожесточённую клеветническую кампанию. После смерти в 882 г. доброжелательно настроенного к Мефодию папы Ионна VIII Мефодий предпринял трудное путешествие в Константинополь, где имел встречу с императором Василием (867–886). Предполагают, что во время этой поездки он имел встречу также и с болгарским князем Борисом и в обоих случаях знакомил своих собеседников со славянскими книгами, что отвечало интересам вновь присоединённой тогда к Византии болгарской церкви. Имеется также предположение, высказываемое на основании одного из источников (болгарская легенда), о том, что крещение болгарского князя Бориса было произведено Мефодием. В это же время славянские книги проникли и к хорватам, ближайшим соседям паннонских славян, и быстро приобрели здесь широкую популярность.