Император Нерон жестоко преследовал философов и прорицателей. Филострат сообщает, что робкие люди советовали Аполлонию не ездить в Рим, но он безбоязненно пошёл с восемью учениками в этот город, публично учил там в храмах и беседовал одинаково с незнатными и знатными, приходившими к нему. Александрийцы, до которых доходила слава Аполлония, приняли его как бога. В Александрии он, согласно рассказу Филострата, имел разговор с Веспасианом и предсказал ему, что Вителлий будет убит, и он будет императором. Также он предсказал Нерве получение императорского престола. Домициан велел заковать Аполлония и бросить его в темницу. Призванный на суд, Аполлоний произнес речь, в которой подробно и блистательно опроверг обвинения в политических злоумышлениях и в чародействе, изложил свои правила, объяснил свои цели, свою деятельность и, сказав, что император не властен ни над душой, ни над телом его, внезапно исчез из зала суда. В тот же миг он явился в Путеолах своим друзьям Дамиду и Димитрию, к великому изумлению их, потом отправился в Олимпию и поселился там в храме Зевса.
Когда по Греции, считавшей его погибшим, разнеслась весть о его спасении, знатнейшие пожилые люди и юноши из всех городов пришли в Олимпию видеть и слышать его и чтили Аполлония Тианского, как бога. Через 40 дней он отправился в беотийский город Лебадею, посетить пещеру Трофония. Его сопровождало множество народа; толпы теснились к нему, чтобы слышать из его уст слова мудрости, которую он безвозмездно излагал всем желающим. Об устроении общественной жизни Аполлоний говорит: «Лучше всего каждому делать то, что он знает и умеет. И если в городе один прославится, возглавляя народ, а другой стяжает почёт своею мудростью, а ещё кто-то – на общее дело употреблённым богатством, а ещё кто-то – милосердием, а ещё кто-то – строгостью и неумолимостью к преступникам, а ещё кто-то – незапятнанными руками, – вот такой город будет во благе покоен, а вернее сказать – во благе стоек!»
Последние годы жизни Аполлоний Тианский провел в Эфесе, окруженный множеством учеников. Там он видел духовными очами, как убивают Домициана приближённые, возвестил присутствующим смерть тирана и в письме к Нерве дал новому императору советы о правительственных делах, Потом он уединился от взора людей, чтобы умереть без свидетелей, а Дамида послал в Рим, сказав ему: «Хотя ты и будешь философствовать по собственным понятиям, но имей всегда перед глазами меня».
Аполлоний Тианский у Филострата напоминает Иисуса Христа многими чертами. Он сын Божий; он одарен предвидением будущего и силой совершать чудеса, изгоняет демонов из бесноватых, воскрешает мертвых (он воскресил в Риме дочь бывшего консула, которую несли хоронить). Он ходит по городам, окруженный учениками; ученики его веруют, что он имеет власть над бурей и огнем. Аполлоний совершает чудеса только для блага других, не для своей пользы. Его чудеса служат опорой веры его учеников; они совершаются не силой натуралистической магии и не чародейством, а исключительно божественной силой чудотворца. Подобно Иисусу Христу, Аполлоний был предан одним из своих учеников (Эвфратом) и подвергнут суду. В рассказе о взятии его под стражу и о допросе его на суде многие подробности напоминают рассказы евангелистов (его допрашивал император; одним из обвинений против него было то, что некоторые считают его за бога). Как Иисус говорил о себе, что пришел не разрушать, а исполнить закон, так и Аполлоний не разрушал прежнюю веру, а только преобразовывал ее на основании древней философии, в частности, на основании систем Пифагора и Платона, чьи высокие учения о Боге, устройстве вселенной, нравственных обязанностях человека он вновь возвещал людям. Аполлоний Тианский, подобно Пифагору и Платону, требовал от своих последователей чистой нравственности, добродетели, человеколюбия, самопознания, повиновения голосу совести. Он так сильно возвышается над людьми, что надо считать его существом сверхъестественным, – богом, как и признали его индийские мудрецы еще в его молодости. Это подтверждается и таинственным исчезновением его. Сходство казалось так велико, что в конце III века Гиерокл, правитель Вифинии, отличавшийся свирепостью во время гонения на христиан при Диоклетиане, написал рассуждение «Слова любви к истине», в котором противопоставлял Иисусу Христу Аполлония Тианского, божественною мудростью и силой совершившего великие чудеса, наставника и благодетеля людей.