Археолог Т. Дэвис обратил внимание на то, что в гробнице Иуйи и Туи («Гробница Иуйи и Туи», 1907 г.), родителей царицы Ти, были найдены погребальные подарки от Аменхотепа III, Ти и их дочерей, но там отсутствовали подарки от Эхнатона. На основании данного обстоятельства Флиндерс Питри («Эль-Амарна», 1894 г.) выдвинул гипотезу, согласно которой Аменхотеп IV вернулся из-за моря и свергнул с трона своего отца, но такой ход событий кажется маловероятным, учитывая миролюбивую натуру Эхнатона и его богословские устремления. Исследования С. А. Мерсера («Таблички Эль-Амарны», 1939 г.) также опровергают эту гипотезу, поскольку среди глиняных табличек из Амарны есть письма, написанные двумя царями, Риб-Адди из Сирии и Дашраттой из Митанни, в которых говорится о том, что молодой принц не знал о смерти родителя, пока двор не пригласил его занять трон в 16-летнем возрасте после 28-летнего периода правления отца.
На сценах коронации, запечатленных на стенах гробницы его визиря, Рамосе, Аменхотеп IV (Эхнатон) изображен на троне Египта вместе с дочерью бога солнца, Маат, которая названа «образ Ра, любящего его больше всех других царей».
Нефертити, главная жена в гареме Эхнатона, считалась потомком царицы Яхмус-Нефертари, родственницы царицы Ти. Таким образом, она могла быть племянницей Ти. Она также изображалась с солнечным диском на голове и двойным уреем (головной убор в форме змеи) вокруг лба, отождествляющим ее с Тефнут, дочерью бога солнца.
Взойдя на престол, новый царь построил храм Гемпаате-ен и дворец из необожженных кирпичей на берегах Нила у восточной окраины Карнака (Фив). Таким образом, он начал конкуренцию с сооружениями, построенными его отцом в честь Амона, и основал новую столицу Верхнего Египта.
Письмо от Ипи, царского слуги из центра развлечений в Мемфисе, содержит последнее известное упоминание имени Аменхотепа IV, и, следовательно, после пяти лет, проведенных в Карнаке, царь сменил свое имя на Эхнатон, а затем перенес столицу поклонения солнцу дальше вверх по Нилу, в Амарну. Именно здесь Эхнатон, сын солнца, положил начало развитию новой культуры, а вместе с ней и художественного стиля, скрывающего в себе эзотерические знания высшего порядка.
Николас Ривс, бывший хранитель отдела Египетских древностей Британского музея, описывает необычный гермафродитный стиль Амарны как «в лучшем случае весьма чувственные, а в худшем — отталкивающие… изображения длиннолицего, пузатого фараона». Этот, конечно же, сугубо личный взгляд Ривса на Эхнатона в целом разделяет все археологическое сообщество. Французский ученый Юджин Лефбер твердо уверен в том, что Эхнатон был женщиной, выдававшей себя за мужчину, подобно правившей ранее царице Хатшепсут, которая скрывала свой истинный пол. Для этих людей Эхнатон был всего лишь человеком с сексуальными отклонениями, который изображал себя с крутыми женскими бедрами, поклонялся солнцу как богу плодородия, провозглашал мир и любовь и своей новой политикой (почти) позволил прийти стране в упадок.
Но «Гимн солнцу» фараона Эхнатона, начертанный на стенах гробницы Аи в Эль-Амарне, отметает все эти спекуляции:
Ты величаво встаешь над краем небес, о живой Атон!
Ты тот, с кого начинается все живое.
Когда ты сияешь с восточного горизонта.
Ты наполняешь всю землю своей красотой.
Ты прекрасный, великий и блестящий,
Ты высоко поднимаешься над землями, которые создал,
Обнимая их своими лучами,
Крепко держа их для своего любимого сына «Эхнатона».
Хотя ты далек, но лучи твои трогают землю;
Хоть ты в людских глазах, следы твои незримы.
Когда ты тонешь за западным краем небес,
Земля покрывается мраком, словно объятая смертью;
Люди ложатся спать в своих жилищах,