Через несколько месяцев после поэтического дебюта, в феврале 1943 года, Боровский был арестован гестапо. Внезапно исчезла его невеста, и когда он, ни минуты не раздумывая, отправился на поиски, то попал в засаду и был брошен в тюрьму Павяк. Вскоре его вывезли в самый крупный гитлеровский концлагерь Освенцим, где уже на всю мощность работали крематории. Боровскому вытатуировали на руке номер 119198. Проработав несколько месяцев в Будах и Гармензе, он тяжело заболел и попал в освенцимский лазарет. Когда он был уже вне опасности, друзьям удалось оставить его там в качестве санитара. Неподалеку, за колючей проволокой, в еще более ужасных условиях находилась его невеста. Тадеуш пытается наладить с ней связь, передает ей лекарства.
Позднее воспроизведенные автором письма к невесте сложатся в рассказ «У нас в Аушвице…». Вскоре он добровольно оставляет лазарет и вступает в команду «дахдекеров» — лагерных кровельщиков, чтобы иметь возможность видеться со своей возлюбленной. Линия фронта приближается, напуганные немцы начинают ликвидацию Освенцима. В августе 1944 года Боровский попадает в эшелон, и его везут еще почти на год в концлагеря в глубь рейха — сначала в Даутмерген около Штутгарта, а затем в Дахау Аллах.
Реакция Боровского на арест и лагерные мытарства была поразительной. Казалось, он ничего иного и не ожидал, был ко всему готов. В превратностях своей жизни он видел лишь закономерность общей судьбы. В тюрьме и лагере он не перестает писать. На рождество 1943 года создает в Освенциме цикл лагерных колядок, в лагере поют его песенку о любви, которая «сильнее смерти». В стихах и письмах, адресованных невесте, молодой поэт, студент варшавского университета, старается постигнуть тайну лагеря, сопоставить его со своими представлениями о человеке, с бессмертными мифами европейской культуры.
Я, певец человека, в грязном лежу бараке, взглядом ловлю легенду, как птичий полет в облаках, только ищу напрасно в глазах человеческих знака. Есть человек, лопата, ров да похлебки черпак… («Невесте», перевод 3. Левицкого.)Лагерных стихов Боровского сохранилось немного, но и то, что уцелело, эти необычные свидетельства складываются в страшную картину ада («люди горят, как груды добрых смолистых дров»), в рассказ о «царстве зла, где нет Бога», «где брат оподлившийся губит брата», в жуткую эпопею «тела блуждающего, битого тела, на границе жизни и смерти». В этом кошмарном мире, где попраны все человеческие ценности, где идет борьба лишь за выживание, ослепительно сияет любовная лирика Боровского, его «Солнце Освенцима».
1 мая 1945 года лагерь Дахау Аллах был освобожден Седьмой американской армией. Но Боровского не сразу выпустили на свободу. Из страха перед столпотворением, которое могло возникнуть при освобождении громадной массы людей, согнанных гитлеровцами в глубь рейха, американцы организовывали лагеря для перемещенных лиц и постепенно их разгружали. Боровский снова оказался за проволокой, в бывших казармах СС во Фреймане, предместье Мюнхена. Оттуда он вышел благодаря случаю сравнительно скоро: его вызвали в Мюнхен, когда там создавалось Бюро розыска родственников при Комитете Польского Красного Креста. Боровский усиленно занимается розысками и прежде всего пытается найти свою невесту, о судьбе которой долго ничего не знает. Он шлет письма во все концы, пишет поэтическую «Молитву к Марии». И наконец через несколько месяцев находит ее — тяжело больную — в Швеции, куда незадолго до концы войны была вывезена специальным эшелоном часть женского лагеря Равенсбрюк. Боровский считал, что им легче будет соединиться, если он останется в Германии. Но, несмотря на отчаянные усилия и содействие друзей, добиться этого не удалось. Освобожденная Европа не была милостива даже к влюбленным.