В конце концов Синклер купил Блетчли-Парк на свои личные сбережения. Это позволило сотрудникам ПКШ начать прибывать к новому месту свой дислокации уже 15 августа 1939 года. А Синклер расщедрился настолько, что пригласил на работу в Блетчли-Парке известного лондонского шеф-повара и организовал питание сотрудников ПКШ в ресторане, в котором им прислуживали официантки.
Несмотря на то, что военные не желали нести расходы на переезд дешифровальщиков из Лондона в Блетчли-Парке, основной упор в ПКШ все же был сделан на работе над чтением военной переписки. Соответственно ПКШ была разделена на военно-морскую, военно-воздушную и военную секции.
Через короткое время количество сотрудников ПКШ выросло настолько, что они перестали помещаться в основном усадебном доме Блетчли-Парка. На прилегающей территории началось активное строительство деревянных бараков, которым по мере готовности присваивались порядковые номера. Самым известным среди них стал барак № 6, в котором велась работа над взломом немецкого военного шифратора «Энигма».
Чтобы не привлекать к Блетчли-Парку внимание немцев, все антенны для ведения радиоперехвата были установлены в нескольких километрах от Блетчли-Парк. Одновременно для нужд ПКШ были реквизированы некоторые окрестные владения, включая школу-интернат для мальчиков.
Осенью 1939 года выяснилось, что Синклер смертельно болен. Его заместитель Стюарт Мензис стал главным претендентом на место Синклера. Мензис не отличался высокими умственными способностями и явно недолюбливал интеллектуалов. Однако министерство иностранных дел, посчитав, что «новая метла» в СРС принесла бы значительно больше вреда, чем пользы, решило вопрос в пользу Мензиса, который приступил с исполнению обязанностей начальника СРС 28 ноября 1939 года.
Мензис высоко ценил добываемую дешифровальщиками разведывательную информацию и предпочитал лично докладывать ее английскому премьер-министру Черчиллю. Однако Мензис был плохим администратором и мало вникал в нужды дешифровальщиков.
Осень 1939 года директор ПКШ Алистер Деннистон провел в поисках новых сотрудников. Он прекрасно понимал, что на службу в ПКШ нужно было привлечь не только побольше людей для выполнения рутинной работы, но способных математиков, которых ПКШ явно не хватало, поскольку большинство сотрудников ПКШ были лингвистами — специалистами по латыни и древнегреческому языку. Усилия Деннистона принесли хорошие результаты. В ноябре 1939 года в ПКШ из Кембриджа пришел математик Гордон Уэлчмен, который возглавил работы по взлому «Энигмы» в бараке № 6. По рекомендации Уэлчмена на работу в ПКШ был принят сокурсник Уэлчмена по Кембриджу Стюарт Милнер-Берри, который увлекался шахматами и вел шахматный раздел в лондонской газете «Таймс». А Милнер-Берри, в свою очередь, «сосватал» в ПКШ одного из членов своей шахматной команды Хью Александера.
Было бы неправильно считать, что в ходе Второй мировой войны английские дешифровальщики занимались взломом одной только «Энигмы». У немцев был еще телетайпный линейный шифратор, который в Блетчли-Парке окрестили «Тунцом». Он использовался высшим военным командованием Германии и был очень труден для взлома. «Тунец» работал в автоматическом режиме и непрерывно отправлял по линии связи, к которой был подключен, поток текста. Большая часть этого текста была фиктивной и не содержала никакой полезной информации, а просто посылалась, чтобы заполнить паузы между передачей сообщений. В Блетчли-Парке был создано специализированное электромеханическое устройство под названием «Колосс», которое применялось для автоматизации трудоемкого процесса взлома «Тунца».
В октябре 1941 года организационная структура ПКШ претерпела значительные изменения. Помимо военных секций в ПКШ появилась гражданская секция, занимавшаяся чтением шифровок, в которых затрагивались дипломатические и экономические вопросы. В качестве директора СРС Мензис сохранил за собой контроль над ПКШ. Однако этот контроль был чисто формальным. Деннистон был назначен руководить гражданской секцией ПКШ, а бывший заместитель Деннистона Эдвард Тревис стал курировать военные секции.