Организационная структура Евангелическо-Лютеранской Церкви в России, Украине и Средней Азии (ЕЛЦ) следующая: Церковь – епархии – пробства – общины. ЕЛЦ входит во Всемирную Лютеранскую Федерацию со штаб-квартирой в Женеве (Швейцария). Возглавляет ЕЛЦ архиепископ Август Крузе, находящийся в Санкт-Петербурге. ЕЛЦ включает в себя общины России, Украины, Казахстана и Средней Азии. На территории России две Региональные Церкви ЕЛЦ: Европейской России с центром в Москве, с 2011 г. возглавляемую епископским визитатором Дитрихом Брауэром, и Епархию Сибири, Урала и Дальнего Востока с центром в Омске (епископ Август Крузе)[49]. Лютеранские общины РБ входят в Региональную Церковь Европейской России и составляют Евангелическо-Лютеранское пробство РБ. В пробство должно входить не менее трёх официально зарегистрированных общин. На территории РБ это общины Уфы, Стерлитамака и села Пришиб Благоварского района (по одной общине в каждом населённом пункте). Юридический адрес пробства в Уфе, но сам пробст проживает в Стерлитамаке. На территории РБ существуют также незарегистрированные домашние церкви. Они находятся в городах: Октябрьский, Ишимбай, Салават, Нефтекамск.
Во главе общины стоит пастор, рукополагаемый епископом на проведение Таинств (Крещение и Причастие у лютеран) с согласия членов общины и обязательно имеющий соответствующее богословское образование. Пастор возглавляет группы (диаконическую, осуществляющую уход за пожилыми членами общины, алтарную, проводящую подготовку к проведению Таинств и поддерживающую убранство алтаря в должном состоянии). Проповедь читает только пастор, но в случае необходимости он может назначить на чтение проповеди по своему усмотрению другого члена общины. Община может возглавляться проповедником, который не может проводить Таинства. Необходимое теологическое образование даётся в специализированном учебном заведении в пос. Саратовка под Москвой.
Постоянные печатные издания – газета «Лютеранские вести», издаваемая в Санкт-Петербурге ЕЛЦ совместно с Евангелическо – Лютеранской Церковью Ингрии, выходящая 1 раз в 2 месяца, и журнал «Der Bote» – «Вестник», издающийся также в Санкт-Петербурге. Журнал выходит 4 раза в год. В уфимской общине, помимо воскресных богослужений, по средам проводится «библейский час», посвящённый изучению Слова Божьего (реально на изучение Библии отводится около двух часов). Летом за городом функционирует нерегулярный детский христианский лагерь[50].
В Башкортостане, в гг. Бирске и Нефтекамске, а также ряде посёлков существуют также лютеранские общины, входящие в состав Уральского пробства Евангелическо-Лютеранской Церкви Ингрии на территории России (ЕЛЦИ) или Ингерманландская Евангелическо-Лютеранская Церковь. Пробст находится в г. Йошкар-Оле (Республика Марий Эл).
Территория Ингрии (примерно нынешняя Ленинградская область) была населена финноязычными племенами ижорой и водью, с 1590 г. исповедовавшими лютеранство. В вероучении и богослужении ЕЛЦИ близка к шведско-финской традиции лютеранства, богослужение ведётся на финском и русском языках. ЕЛЦИ проводится работа по распространению Евангельского учения среди финно-угорских народов и чувашей.
Бирский Евангелическо-Лютеранский приход получил свидетельство о государственной регистрации 14 апреля 2003 года. Приход начал зарождаться ещё в конце 2001 года. В октябре 2001 г. В Йошкар-Олинский марийско-русский Лютеранский приход были приглашены представительницы общественной организации г. Бирска «Мари ушем». 7-го октября 2001 г. они приняли крещение в Йошкар-Олинской марийско-русской Лютеранской церкви. В этом же году они пригласили финских миссионеров Юху и Ану Вялиахо в г. Бирск. Община начала расти и для обучения новых членов был приглашён священник Хану Пелконен из Финляндии г. Хювинкяа. В январе 2002 г. был организован миссионерский лагерь в г. Бирске. Для детей проводилась воскресная школа, для взрослых – конфирмационная школа. Для изучения Святого Писания было принято решение о приобретении здания. Вначале был приобретён маленький домик. Совет прихода принял решение о собрании всех прихожан по воскресным дням, по средам в 19:00 стали действовать библейские часы. К концу 2002 г. число прихожан составило 18 взрослых и 5 детей. Летом 2003 года проводились детские лагеря в деревнях Кузово, Акудибаш, Баженово, Бахтыбаево. К концу 2003 г. покаялись и приняли крещение 38 взрослых и 36 детей. Летом 2005 года началось строительство молитвенного дома, который был построен за 1 год. В строительстве принимали активное участие волонтёры из Финляндии. 23 августа 2006 года молитвенный дом был освящён епископом Арри Кугаппи. Новые общины появились в городе Нефтекамске и деревнях Акудибаш, Кузово, Бахтыбаево, Баженово, Старобазаново, Малосухоязово, Чишма, Кульчубаево, деревни Мишкино и Иванаево Балтачёвского района. Специальная группа служителей посещает лютеранские общины этих населённых пунктов с регулярностью от одного до двух раз в месяц с целью проведения богослужений. С 2007 года начато строительство миссионерского дома. Строительство ведётся в основном добровольцами из Финляндии. Финансируют строительные работы общины Финляндии, Эстонии, США (добровольными пожертвованиями членов этих общин). В 2009 г. в приходе было 160 взрослых и 80 детей.
Исторически, возникновение Церкви прослеживаются к тому времени, когда Лютеранская вера распространилась по всей Скандинавии и в Финляндии. В 1655 году в Церкви Ингрии 58 приходов, 36 церковных зданий и 42 священнослужителя. До революции 1917 года приходы Церкви Ингрии были распространены по всей территории Ингерманландии и обслуживали около 800 деревень, содержали около 300 начальных школ и Учительскую Семинарию. В 30–40-х годах XX века деятельность Церкви была официально запрещена, и все христианское служение проводилось подпольно. Только в 1970-х годах, когда правительство разрешило верующим открыто проводить служение, в Петрозаводске (1970) и в Пушкине (1977) были воссозданы первые приходы. В мае 1995 года открывается Учебный Центр, впоследствии Теологический Институт Церкви Ингрии, для подготовки священнослужителей и работников церкви. Теологический Институт расположен по адресу: Россия, Ленинградская область, Всеволожский район, п/о Колтуши, дер. Колбино, 25а. Церковь Ингрии состоит из 7 пробств, в которые входят около 75 приходов и более 100 молитвенных групп в различных городах России. Пробства ЕЛЦИ: Западно-ингерманландское, Карельское, Московское, Приволжское, Санкт-Петербургское, Сибирское, Уральское.