Видя, что время идет, а власти не принимают никаких мер к восстановлению старой веры, Аввакум сделал новый решительный шаг и подал опять Алексею Михайловичу челобитную, в которой просил, “чтобы он старое благочестие взыскал... и на престол бы патриаршеский пастыря православнаго учинил вместо волка и отступника Никона, злодея и еретика”. Вместе с тем, Аввакум требовал смены всех главнейших православных иерархов и замены их другими, из числа ревнителей раскола, причем называл и имена намеченных им кандидатов. Царь принял челобитную, но с той поры “кручиновать стал” на протопопа. Действительно, заключавшиеся в ней просьбы как нельзя полнее раскрывали всю наивность расчетов благодушного, боявшегося резкого, бесповоротного разрыва Алексея Михайловича на примирение с Аввакумом путем предоставления ему видного положения в церковной иерархии и всяких других милостей. Для протопопа, как оказывалось, всего важнее было торжество его взглядов и потому он, пренебрегая всеми выгодами царской дружбы, открыто становился во главе партии, враждебно настроенной против существующей церковной иерархии, и, переводя вопрос на принципиальную почву, принуждал царя не только выбрать ту или другую сторону в нем, но и принять соответствующие практические меры. Такой выбор был уже сделан Алексеем Михайловичем заранее, и, выступая с решительным отказом от соглашения, Аввакум тем самым подписывал себе приговор. К тому же в это время и от церковных властей стали поступать к царю жалобы на него, что он своею деятельностью многих людей в Москве отвратил от церкви. Сам же Аввакум, прослышав про неудовольствие царя, подал ему еще челобитную, наполненную обличениями пороков и ересей приезжих греков и высшего московского духовенства. При всем своем желании удержать Аввакума при себе, и Алексей Михайлович увидел, наконец, как неосновательны были надежды на примирение его с церковью, понял, что он не Неронов и не отступится от затеянного дела, и, скрепя сердце, прислал ему через боярина Петра Салтыкова свой приказ: “Власти на тебя жалуются: церкви-де ты запустошил; поедь в ссылку опять”. Местом ссылки протопопа на этот раз назначен был Пустозерский острог, и 29 августа 1664 года, приблизительно через полгода по возвращении Аввакума в Москву, его с семьей вывезли в новую дорогу.
Недолго, таким образом, продолжалась жизнь протопопа в Москве, немного пришлось ему и ратовать здесь за старую веру. Через какие-нибудь шесть месяцев свободной жизни уже начиналась для него далекая ссылка, снова глянула ему в глаза северная зима с ее морозами и вьюгами, с ужасами дальнего и тяжелого пути. Перед ними дрогнуло сердце даже этого закаленного в бедствиях человека, и из его усталой груди в первый и в последний раз вырвалась мольба о пощаде. С дороги, из Холмогор, он отправил к царю новую челобитную, не поднимавшую уже никаких общих вопросов; “Христолюбивому государю, царю и в. кн. Алексею Михайловичу, – гласило это короткое послание, – бьет челом богомолец твой, в Даурех мученой протопоп Аввакум Петров. Прогневал, грешной, благоутробие твое от болезни сердца неудержанием моим, а иное тебе, свету-государю, и солгали на меня, им же да не вменит Господь во грех! Помилуй, равноапостольный государь-царь, робятишек ради моих умилосердися ко мне! С великою нужею доволокся до Холмогор; а в Пустозерской острог до Христова Рождества невозможно стало ехать, потому что путь нужной, на оленях ездят. И смущаюся грешник, чтоб робятишки на пути не примерзли с нужи”. Прося позволения остаться в Холмогорах или в каком-нибудь другом, не столь далеком, как Пустозерск, месте, Аввакум заканчивал челобитную горьким воплем измученного страдальца: “И в Даурской земле у меня два сына от нужи умерли. Царь-государь смилуйся”.
В конце ноября один из учеников Аввакума, юродивый Киприан, передал его челобитье государю. Не дремали и московские друзья протопопа. Дьякон Федор подал было челобитную об его освобождении царскому духовнику, но тот не принял ее и Федору “в глаза бросил с яростию великою”. Вернее оказался другой путь – через бывшего протопопа Ивана Неронова, теперь старца Григория. Этот путь был еще облегчен тем, что Алексей Михайлович не забыл о ссыльном протопопе и, чтобы иметь повод к смягчению его судьбы, “сам приказал старцу Григорию написать маленькую челобитную о свободе” Аввакума. 6 декабря Неронов и подал такую челобитную, в которой, оправдывая своего приятеля, просил не отправлять его в Пустозерск, а позволить поселиться вместе с ним в Игнатиевой пустыне на Саре. Эта просьба не была исполнена, но наказание Аввакуму все-таки уменьшили, отправив его лишь на Мезень, где он жил, пользуясь некоторыми удобствами и не подвергаясь особым стеснениям. Неизвестно, какие именно приказания даны были из Москвы насчет его содержания, но на деле он постоянно обменивался письмами со своими московскими единомышленниками, некоторые из них и приезжали к нему, а один даже жил у него около четырех недель.
В этих сношениях своих с московскими товарищами Аввакум особенно старался поднять ослабевшую в их среде бодрость духа. Сам он скоро оправился от первого впечатления неожиданной ссылки и возвратил себе всю присущую ему энергию, но на многих его единомышленников эта неудача попытки прямой борьбы с церковной иерархией произвела гораздо более подавляющее впечатление. Благодаря ей у многих из них поколебалась и вообще надежда на успешный исход немедленной борьбы и ослабело стремление к последней; многие даже из тех, которые перед этим сами деятельно вели пропаганду в интересах старой веры, теперь готовы были отступить от открытого столкновения с никонианами, опасаясь его невыгодных последствий, и, таким образом, среди раскольничьей общины в Москве взяла опять перевес партия более умеренных и осторожных людей, не желавших до поры, до времени заявлять о своем существовании. А между тем дело Аввакума вновь обратило внимание властей на ревнителей старины и вызвало усиленное их преследование. По этому поводу среди них началась распря, раздались жалобы на Аввакума, что он только вредит общему делу, дразня еретиков: некоторые, наиболее раздраженные, даже писали и говорили самому протопопу, что лучше было бы ему умереть в Даурии, чем приезжать в Москву. Ввиду такого настроения товарищей Аввакуму приходилось одновременно и возбуждать в них большую ревность к защите общего дела и оправдывать свои личные действия, и с этою целью он отправил в Москву послание “игумену Феоктисту и всей братии”.
“Я в Москву приехал прошлаго году не самозван, – писал он здесь, – но призван благочестивым царем и привезен по грамотам. Уж то мне так Бог изволил быть у вас на Москве. Не кручиньтеся на меня, Господа ради, что моего ради приезда страждете”. Так смиренно по виду приняв обвинения, направленные на него лично, он тем резче выступил против сказавшегося в них малодушия. “Отче, – писал он, обращаясь к Феоктисту, – что ты страшлив? Феоктист, что ты опечалился? Аще не днесь, умрем же всяко. Не малодушествуй: понеже наша брань несть к плоти и крови. А что на тебя дивить? Не видишь, глаза у тебя худы. Рече Господь: ходяй во тме, не весть, камо грядет. Не забреди, брате, с слепых тех к Никону в горкой Сион! Не сделай беды, да не погибнешь зле! Около Воскресенскова ров велик и глубок выкопан, прознаменуя ад: блюдися, да не ввалишься и многих да не погубиши”. Возбуждая, таким образом, энергию своих более умеренных товарищей и прямыми увещаниями, и ободрением, и угрозами, что они, заходя чересчур далеко по мирному пути, рискуют впасть в никонианство, протопоп не забывал и непосредственных практических интересов их в положении данной минуты и в этих видах передавал им ряд наставлений, советуя бегать и скрываться от никонианских властей, а сам, в свою очередь, просил присылать ему сведения о московской жизни. Об одном только человеке просил он приятелей не сообщать ему ничего, именно о Неронове. Как далеко ни разошелся Аввакум с этим человеком, перед которым он некогда преклонялся, которого считал своим вождем и наставником, но старая дружба, заставившая старца Григория вступиться за Аввакума в минуту его беды, не исчезла и из сердца бывшего юрьевецкого протопопа и чересчур больно было ему слушать брань и хулу на Неронова из уст людей, не стоявших к последнему так близко, как он в прежние, более счастливые годы. “Про все пиши, – наказывал он тому же Феоктисту, – а про старцово житье не пиши, не досаждай мне им: не могут мои уши слышати о нем хульных словес ни от ангела. Уж то грех ради моих в сложении перстов малодушествует. Да исправит его Бог, – надеюся”.