Литературное творчество (если это слово вообще применимо к тому, что написано не чернилами, а кровью сердца) стало для пустозёрских узников единственной отдушиной в ужесточившихся после второй «казни» тюремных условиях. Хотя возможности творить были для них сильно ограничены. По-прежнему не хватало бумаги. «Дорого столбец сей куплен, неколи много писать, писано же лучинкою», — сообщает Аввакум в своём письме к семье на Мезень. «Писано в темнице лучинкою кое-как»… «Мелко писано, бумашки нет»… «Хотел писать, да бумаги не стало», — писал диакон Феодор в «Послании к сыну Максиму». И далее: «Еще Бог прислал бумашки: пишу свидетельства от многих Святых Писаний…» Поэтому многое приходилось сначала сочинять в уме и лишь потом, при появлении благоприятной возможности, записывать на бумаге. Но, с другой стороны, в такой сложной ситуации оттачивался стиль пустозёрских «сидельцев», отсекалось всё лишнее, второстепенное, несущественное.
Именно в этот период Аввакумом были созданы основные его произведения, и именно творчество вкупе с непоколебимою верой и ежедневным молитвенным правилом помогало ему не только выжить, но и сохранить человеческий облик, разум и память в поистине нечеловеческих условиях пустозёрского заточения.
Без сомнения, самое известное произведение Аввакума — это его автобиографическое «Житие», написанное в 1672–1675 годах по «понужению» его духовного отца инока Епифания. Обычно жития писались после смерти святых подвижников на основе преданий и воспоминаний непосредственных участников событий. Здесь же в качестве жития были представлены собственноручно написанные Аввакумом воспоминания о своей жизни.
В биографической части «Жития» Аввакум пространно повествует о событиях нелёгкой судьбы, выпавшей на его долю и на долю всей его семьи, рассказывает о различных этапах своей многотрудной жизни, о вынесенных тяготах и мытарствах, о необыкновенных видениях и чудесах, бывших с ним, живописует сложную обстановку религиозных споров в русском обществе середины XVII века. Он создаёт выразительную галерею лиц разных сословий (от царя и патриарха до крестьян), которые непосредственно соприкасались с автором на разных этапах его жизненного пути. «Житие» протопопа Аввакума представляет собой новую страницу в истории русской литературы в целом. Будучи строгим традиционалистом в церковной области, Аввакум выступает в области литературы как новатор. Прежде всего на фоне предшествующей литературной традиции выделяются его стиль и поэтика. Язык Аввакума — подчёркнуто разговорный («занеже люблю свой русский природный язык, виршами философскими не обыкл речи красить»). Он лишён утончённых изысков, но при этом удивительно точен, правдив и впечатляюще образен. Аввакум широко использует народную речь даже в сюжетах, затрагивающих вопросы догматики. По ходу довольно пространного повествования он свободно варьирует приёмы рассказа, внутреннего диалога и полемики.
«Житие» сохранилось в трёх авторских редакциях, две из которых дошли в автографах (один найден В.Г. Дружининым, другой — И.Н. Заволоко). Существует также найденный В.И. Малышевым Прянишниковский список — отредактированный в XVIII веке текст самого раннего варианта «Жития», не дошедшего до нашего времени, и две позднейшие переработки произведения.
Этот, без сомнения, выдающийся памятник древнерусской литературы и одновременно старообрядческой богословской мысли был опубликован лишь в 1861 году. До этого «Житие» распространялось в рукописных списках, которые тайно переписывались в старообрядческих монастырях и скитах. Главное произведение Аввакума представляет величайшую ценность и как свидетельство о жизни священномученика и исповедника древлеправославной веры, и как исторический источник, характеризующий русское общество середины XVII века в его отношении к Никоновым новинам. Творчество протопопа Аввакума оставило заметный след в русской литературе и культуре XIX–XX веков. О нём неизменно высоко отзывались такие разные писатели, как Л.Н. Толстой, И.С. Тургенев, Ф.М. Достоевский, В.М. Гаршин, И.А. Гончаров, Н.С. Лесков, Н.Г. Чернышевский, И.А. Бунин, Д.Н. Мамин-Сибиряк, А.М. Горький, С.В. Максимов, Л.М. Леонов, А.Н. Толстой и другие. Аввакумовское «Житие» было переведено на многие языки мира.
В те же годы, что и «Житие», Аввакумом была написана «Книга бесед». В ней нашли отражение его взгляды на современные события. «Книга бесед» включала в себя 10 глав: 1. Повесть о страдавших в России за древлецерковная благочестная предания; 2. Об образе Креста Христова; 3. Об иноческом чине; 4. Об иконном писании; 5. О внешней мудрости; 6. О днях поста и мясоястия; 7. О старолюбцах и новолюбцах; 8. Об Аврааме. 9. Толкование на 87–88 зачало Послания к римлянам и 23 зачало Евангелия от Иоанна; 10. Беседа о наятых делателях. В старообрядческой среде «беседы» Аввакума объединялись в сборники, но ни один из них не содержит полного текста. Эти беседы Аввакум по мере написания отправлял вместе с сопроводительными письмами своим единомышленникам — «всем горемыкам миленьким на всем лице земном», «старице Мелании с сестрами и подначальною Анисьею», «тричисленной единице» (Морозовой, Урусовой и Даниловой).
«В этом сочинении, — пишет А.Т. Шашков, — …церковная реформа предстаёт как возврат от евангельского учения к ветхозаветным установлениям и порядкам, происшедший под влиянием римлян и греков, в разное время отступивших от “истины”, что и является предвестием Второго Пришествия и Страшного Суда. В условиях открытого наступления зла, когда особенно остро встаёт необходимость выбора пути (“узкого” — к Богу, “широкого” — к диаволу), человек, несмотря на его двойственную природу, всё же способен проявить свою подлинную сущность, предпочтя греховному миру, захваченному антихристом, духовное делание в доме Бога».
Аввакум призывает своих единомышленников — «малых избранных» — хранить истинную веру и не бояться телесной смерти:
«…Молю убо аз, юзник, вас всех страждущих о Христе: претерпим мало здесь от никониян, да Бога вечно возвеселим. С Ним и мы возрадуемся: ныне же в зерцале и в гадании, таможе со Христом лицем к лицу. Ныне нам от никониян огнь и дрова, земля и топор, и нож и виселица; тамо ангельския честь, и вечное возрадование. Яра ныне зима, но тамо сладок Рай. Болезнено терпение, но блаженно восприятие. Да не смущается сердце ваше и устрашается. Слышите Господем реченное: “блажени плачущии, яко тии утешатся” [70], и: “многими скорбьми подобает нам внити в Царство Небесное” [71]. Не начный блажен, но скончавый: “претерпевый до конца, той спасен будет” [72]. Всяк верный не развешивай ушей тех и не задумывайся: гряди со дерзновением во огнь и с радостию Господа ради постражи, яко добр воин Исус Христов правости ради древних книг святых! И мы с тобою же, вкупе Бога моля и Пречистую Владычицу нашу Богородицу и всех святых, уповаем, конечно: не оставит нас Господь и Богомати. Аще они нас и мучат и губят, а сами дрожат; шлюсь на их совесть нечистую. А праведник, уповая, яко лев рыкая, ходит, не имать попечения ни о чем, токмо о Христе. Станем, братие, добре, станем мужески, не предадим благоверия! Аше и покушаются никонияне нас отлучити от Христа муками и скорбми: да статочное ли дело изобидить им Христа? Слава наша Христос, утвержение наше Христос, прибежище наше Христос».
В 1673–1676 годах появляется ещё одно крупное произведение Аввакума — «Книга толкований», адресованная его земляку и любимому ученику Симеону Ивановичу Крашенинникову (иноку Сергию). В неё вошли толкования на псалмы, на книги Притчей, Премудрости Соломоновой, пророка Исайи, а также оригинальное аввакумовское сочинение «Что есть тайна христианская, и как жити в вере Христове». Сквозь призму ветхозаветных текстов Аввакум показывает события современности и тем самым даёт им духовную оценку.
В пустозёрской ссылке Аввакум (вероятно, под влиянием бесед с диаконом Феодором) начинает прозревать относительно истинного виновника церковной реформации в России. Толкуя в яркой образной манере псалмы и одновременно проецируя их на современную ему действительность, Аввакум обращается к самому царю и призывает его покаяться за все те злодеяния, виновником которых он стал, начав церковную реформу. «Также бы нам надобно царя тово Алексея Михайловича постричь беднова, да пускай поплачет хотя небольшое время. Накудесил много, горюн, в жизни сей, яко козел скача по холмам, ветр гоня, облетая по аеру, яко пернат, ища станы святых, како бо их поглотить и во ад с собою свести. Но спаси его, Господи, имиже веси судьбами Своими, Христе…»