Еще в 1666 году соловецкий архимандрит Варфоломей отправился на собор в Москву, где открыто перешёл на сторону никониан. Здесь он донёс властям об упорстве соловецких иноков, не желавших принимать никоновскую реформу. В ответ была снаряжена особая комиссия во главе с архимандритом Спасо-Ярославского монастыря Сергием, которая 4 октября того же года прибыла на Соловки.
По прибытии комиссии в обитель вновь был созван «чёрный» собор, на котором соловецкие иноки говорили: «Прежде от Соловецкого монастыря вся Русская земля просвещалась всяким благочестием, и ни под каким зазором Соловецкий монастырь не бывал, сиял как столп и утверждение. А теперь вы учитесь новой веры от греков, когда греческие учители сами лба перекрестить по подобию не умеют и без крестов ходят». После долгих споров и пререканий о вере архимандрит Сергий несолоно хлебавши возвратился в Москву.
Вслед архимандриту была послана царю челобитная (вторая по счету), в которой говорилось: «Прислан к нам с Москвы в твое царьское богомолье, в Соловецкой монастырь, Ярославля Спаского монастыря архимарит Сергей с товарыщи учити нас церковному закону [по] преданным книгам… И милости у тебя, великого государя, вси со слезами богомолцы твои и раби твои государевы молим и просим: помилуй нас, благочестивый, милосердый великий государь, царь и великий князь Алексей Михайловичь всея Великия и Малыя и Белыя Росии самодержец, посли нам, якож Отец Небесный, всещедрую свою и великую милость, не вели, государь, ему, священноархимариту Сергею, прародителей твоих государевых, благоверных царей и благочестивых великих князей, и началников наших и великих чюдотворцов, преподобных и богоносных отец Зосимы и Саватия и Германа и преосвященного Филиппа, митрополита Московского и всея Русии, предания нарушать. И вели, государь, в том же предании быти нам, в коем чюдотворцы наши и прочии святии отцы, и отец твой, великого государя, благочестивый великий государь, царь и великий князь Михаило Федоровичь всея Русии, и дед твой государев, блаженный Филарет Никитичь, Московский и всея Русии патриарх, богоугодным своим житием препроводиша дни своя, чтоб нам, богомолцам твоим и трудником, врознь не розбрестися и твоему, великого государя, богомолию, украинному и порубежному месту, от безлюдства не запустеть».
Но царю было не до преподобных русских чудотворцев и не до своего «украинного и порубежного богомолия». Он уже грезил о литургии в храме Святой Софии Константинопольской и мысленно примерял византийский венец. Челобитная соловецких иноков была оставлена без ответа. Вместе с тем власти удовлетворили их просьбу о смещении прежнего архимандрита Варфоломея. Однако новым архимандритом монастыря был поставлен не Никанор, которого желала видеть на этом месте монастырская братия, а совсем иной человек. 23 июля 1667 года был принят патриарший указ о поставлении новым соловецким архимандритом бывшего московского строителя Иосифа, единомышленника Варфоломея. Ему было поручено ввести в Соловецком монастыре новые обряды. Узнав об этом, соловляне послали соборных старцев навстречу новому архимандриту с прямым вопросом: по каким книгам он будет служить в монастыре — по старым или по новым?
Когда соловецкие иноки узнали о том, что Иосиф — сторонник новообрядцев, то под благословение к нему не подошли. 15 сентября 1667 года в Спасо-Преображенском соборе монастыря состоялось заседание «чёрного» собора, на котором присутствовали и миряне. Теперь, после публичного, с участием «вселенских» патриархов, проклятия старых обрядов в Москве на печально знаменитом Соборе 1666–1667 годов, стало ясно, что проводить прежнюю политику игнорирования церковной реформы уже не удастся. Надо было принять определённое и прямое решение. Соловецкий «чёрный» собор категорически отверг новые книги и обряды и отказался признать Иосифа своим архимандритом.
Вдобавок вскрылись ещё кое-какие факты: прибывшие в Соловецкий монастырь архимандриты Варфоломей (бывший) и Иосиф (нынешний, не принятый «чёрным» собором) пытались тайно провезти в монастырь целую ладью вина для спаивания братии. «А как к нам приехали, ей тебе, великому государю, пишем не затевая, малых и средних и болших вина 39 бочек, да меду и пива бочек с пятнадцать. И в том твоя, великаго государя, воля, то питье мы у них пред манастырем на пристанищи, по прежнему монастырскому чину, по преданию чюдотворцев, розбили все».
В день собора Иосифу была вручена общая челобитная о вере, в которой говорилось о бесполезности присылки новых увещевателей и о готовности соловецких иноков стоять насмерть: «И вели, государь, на нас свой меч прислать царьской, и от сего мятежнаго жития преселити нас на оное безмятежное и вечное житие; а мы тебе, великому государю, не противны».
И случилось неслыханное: в ответ на смиренные просьбы соловлян 3 мая 1668 года царским указом для приведения в повиновение мятежной обители на Соловки была послана воинская команда. Началась чудовищная по своему святотатству восьмилетняя осада главной православной святыни Русского Севера.
22 июня 1668 года стрельцы под командованием стряпчего Игнатия Волохова высадились на Соловецком острове. Иноки заперлись в обители, причём на одном из общих собраний предложили всем колеблющимся братьям, а также мирянам заблаговременно удалиться из монастыря. Таких оказалось немного — около сорока человек. Остальные, числом до полутора тысяч человек, решили стоять насмерть за старую веру и «будущих святых сладости получити», нежели, приняв новоустановленные предания, временно пребывать в сладости земного жития.
Целых четыре года Волохов со стрельцами стоял под монастырём, весной и летом «разныя озлобления… творяше», обстреливая его из пушек и пищалей. Осенью же отходил к берегу, в Сумской острог, не давая выходить из монастыря, приказывая хватать служебных старцев и слуг и после различных мучений предавать смерти. Однако местное население активно помогало осаждённым инокам, поставляя в монастырь необходимые съестные припасы и уведомляя о военных приготовлениях к осаде. Да и сами стрельцы, набранные в основном из жителей северных городов, неохотно участвовали в блокаде святого места. Ладьи с солью, рыбой и хлебом, направлявшиеся из района Сумского острога в Архангельск, постоянно «сбивались с пути» и приставали к Соловецким островам. Летом 1670 года Волохов разослал во все соловецкие усолья «наказные памяти», угрожавшие смертной казнью «безо всякого милосердия и пощады» за поездки в монастырь и письма туда. Но и это не помогло. Поморы не прекращали поддерживать осаждённый монастырь. В результате Волохов, «ничтоже успев», царским указом был отозван в Москву.
Вместо нерешительного Волохова на разорение Соловецкой обители в 1672 году Тишайший послал сотника московских стрельцов Климента Иевлева, человека лютого и немилостивого. К прежним 225 стрельцам было прибавлено ешё 500. За два года Иевлев сотворил «зельнейшую тесноту» и «горчайшую нужду» святому месту: пожёг вокруг монастыря все келии, «устроенные для упокоения иноков», скотный двор вместе с животными, находившийся на острове Большая Муксалма, рыболовецкие снасти, тем самым пытаясь взять затворников измором. Но жестокий сотник принял за свои злодеяния справедливую кару от Бога: «поражён язвою согнития» и в болезненных страданиях взят в Москву.
В 1674 году «пришёл под киновию» новый воевода Иван Мещеринов «и с ним воинов тысяща триста… со многими стенобитными хитростьми». При этом Мещеринову от царя был дан строгий указ: «И как к тебе ся наша великого государя грамота придет, и ты б по прежнему и по сему нашему великого государя указом, над соловецкими мятежники чинил промысл с великим радением, а с Двины ратные люди к тебе посланы; и как к тебе, против сего нашего великого государя указу, ратные люди соберутся, и ты б потому же чинил над мятежниками радетелной промысл и был на Соловецком острове безотступно, чтоб их мятеж искоренить вскоре; и ты б работных людей, которых ты взял с собою для малолюдства, отпустил в Сумской острог, а оставил бы у себя кормщиков сколько надобно; и буде ты учнеш над мятежниками чинить нерадетелной промысл, и тебе за то быть от нас великого государя в смертной казни без всякия пощады».