Для поддержки Сухопутных войск при овладении островами Сааремаа, Муху и Хиума были привлечены легкие крейсеры «Лейпциг», «Кёльн» и «Эмден».
В штурме острова Муху решающую роль сыграли эстонские рыболовные суда, на которые были посажены группы немецкой морской пехоты. Следует отметить также и те значительные успехи, которых добились соединения минных тральщиков под руководством капитана 1 ранга Бёмера.
Немногочисленный Военно-морской флот Финляндии сделал все от него зависящее, чтобы причинить как можно больший ущерб Советскому флоту.
В конце ноября был занят остров Осмуссар. Этим вход в Финский залив был окончательно блокирован, и русские корабли оказались запертыми в Кронштадте.
Англичане, а вслед за ними и американцы вскоре начали осуществлять транспортные перевозки в незамерзающие порты России — Мурманск и Архангельск. В связи с этим бассейны Баренцева и Карского морей приобрели важное значение. С оккупацией Северной Норвегии и предоставлением финнами в распоряжение немцев гавани Петсамо немецкий Военно-морской флот получил возможность действовать и в этих отдаленных арктических районах. В условиях темных полярных ночей немцы неоднократно занимались постановкой минных заграждений; во время одного из минирований — 20 декабря 1941 года — между немецкими и русскими эсминцами произошел ночной бой, закончившийся уничтожением одного эсминца противника. Для борьбы с ходившими пока еще в одиночку судами противника в эти районы стали вскоре высылаться и подводные лодки. В июле 1941 года англичане совершили налет на Шпицберген, закончившийся захватом трех немецких пароходов, занимавшихся транспортировкой угля из шпицбергенских шахт в Норвегию.
Тем временем строительные отряды и сами моряки усиленно работали над созданием на территории Норвегии опорных пунктов для морского флота. Было установлено большое количество береговых и зенитных батарей, прикрывших все немецкие опорные пункты от Ледовитого океана до Скагеррака и места, наиболее удобные для высадки противником своих десантов. Англичане за этот период совершили несколько налетов на Норвегию. Объектом одного из них, проведенного 4 марта 1941 года, был порт Свульвер на Лофотенских островах. Обычно эти налеты совершались силами отдельных диверсионно-десантных подразделений, так называемых отрядов «коммандос», и вызывали у немцев законное беспокойство, а иногда даже и заставляли их прибегнуть к более активным действиям. Английские отряды «коммандос» действовали очень умело, высаживая с самолетов или судов мелкие, в несколько человек, десантные группы. Высаживавшиеся получали, как правило, следующие задачи: разрушение важных военно-промышленных объектов, нападение на стоящие в портах военные и торговые суда, организация агентурно-разведывательной деятельности, налаживание связи с партизанами и т. п.
В начале сентября 1941 года учебно-артиллерийский корабль «Бремзе» сопровождал караван судов в северных широтах. Внезапно немецкий конвой подвергся нападению со стороны английского крейсера и двух эсминцев. Превосходящим силам противника удалось потопить немецкий военный корабль; однако сопровождавшийся им караван судов благополучно прибыл к месту назначения.
В начальный период войны на Востоке относительно слабому флоту Румынии была поставлена ограниченная задача — оборонять небольшой участок своего побережья в районе дельты Дуная. 26 июля 1941 года во время налета русских на Констанцу советский Черноморский флот потерял лидер «Москва». Корабль нарвался на мину, а затем был расстрелян тяжелыми немецкими батареями береговой обороны, установленными в этом районе. Такая неудача заставила советский флот действовать более осторожно и расчетливо.
Надо сказать, что русские не имели на Черном море достаточно сильного соперника, ибо румынский флот находился в весьма удручающем состоянии как в отношении корабельного состава, так и в отношении боевой подготовки экипажей. Без постоянной помощи немецких инструкторов румыны сами, вероятно, никогда не справились бы с поставленными задачами. Для усиления румынского флота в Черное море по Дунаю с Эльбы были переброшены небольшие подводные лодки, торпедные катера, тральщики, а также значительное число небольших буксирных пароходов, переоборудованных в сторожевые и противолодочные корабли. Кроме того, болгарским и румынским верфям был дан заказ на постройку самоходных барж-паромов, которые к этому времени хорошо себя зарекомендовали.