Сколь идеальной ни представлялась внешне организация военного руководства, однако уже вскоре после начала войны стало ясно, что в ней имеются крупные недостатки. Лично вмешиваясь в военное руководство, все больше беря на себя ответственность за других и постоянно пользуясь аппаратом военного руководства, Гитлер настолько увяз в мелочах чисто тактического порядка, что утратил необходимую для главы государства способность выделять главное и не находил больше ни покоя, ни времени для того, чтобы заниматься проблемами внутреннего руководства государством. От этого метода, конечно, страдало и само военное руководство, так как обусловленные каждым конкретным изменением обстановки специфические оперативные вопросы все больше и больше заслоняли собой перспективы общего стратегического руководства.
Кроме того, применявшийся Гитлером все откровеннее тезис о разделении ответственности и стремление к тому, чтобы никто из его помощников не сосредоточивал в своих руках слишком большой власти, все более подрывали работоспособность центральных военных органов управления. Главнокомандующие видами вооруженных сил, подчиненные непосредственно Гитлеру, часто использовали свои личные отношения с ним в целях удовлетворения своекорыстных требований, не считаясь с тем, какие проблемы выдвигала война в целом. Вследствие того, что между Гитлером и главнокомандующим ВВС Герингом, а во второй половине войны до некоторой степени и главнокомандующим ВМС Деницем существовали самые тесные отношения, заявки этих главнокомандующих ввиду отсутствия авторитетного и беспристрастного советника часто удовлетворялись в ущерб сухопутной армии.
Когда Гитлер после увольнения фельдмаршала фон Браухича (1941 год) принял и командование сухопутной армией, то в результате этого, с одной стороны, правда, стали лучше учитываться требования сухопутной армии, но, с другой стороны, оказался еще более нарушенным четкий порядок подчиненности в вооруженных силах. Следствием того факта, что Гитлер, будучи верховным главнокомандующим, одновременно был и своим собственным начальником, явилось еще большее ухудшение и без того уже недостаточного руководства вооруженными силами в целом. К тому же надо добавить, что как раз именно в период, когда общая обстановка требовала исключительного сосредоточения сил и централизации управления войсками, ОКВ, ведавший оперативными вопросами в рамках всех вооруженных сил, стал все больше и больше вовлекаться в оперативное руководство сухопутной армией. Поэтому круг задач по ведению развернувшейся на огромных пространствах коалиционной войны со всеми ее оперативными, военно-политическими, военно-экономическими вопросами и вопросами снабжения войск, круг задач, значение которых в связи с постоянным расширением войны все время возрастало, все больше отступал на задний план перед узкоограниченными задачами по руководству боевыми действиями на изъятых из ведения главного командования сухопутной армии театрах военных действий (Финляндия, Норвегия, Дания, Голландия, Бельгия, Франция, Северная Африка, Италия и Балканы). Из-за этого между генеральным штабом сухопутной армии и главным штабом вооруженных сил возникли такие же трения, какие существовали в Первую мировую войну между главным командованием сухопутной армии и главным командованием Восточного фронта.
Остро ощущавшееся отсутствие у Гитлера ответственного советника по вопросам, касавшимся всех вооруженных сил, обусловленный развитием событий параллелизм и соперничество обоих штабов в оперативном руководстве действующей армией, не всегда ясное разграничение командной власти и порядка подчиненности при совместных действиях различных видов вооруженных сил, а также вмешательство органов государственной власти и партийных организаций в военно-политические вопросы на оккупированных территориях, в организацию военной промышленности и частично даже в вопросы, касающиеся личного состава и руководства самими вооруженными силами, все более затрудняли ясное и четкое управление войсками.
К этому добавлялось еще и то ненормальное положение, что всякое авторитетное управление в Германии начиналось и кончалось Гитлером. В работе подчиненных лиц и учреждений он насаждал такую практику, когда в результате неясного разграничения сфер ответственности одни и те же задачи часто выполняли самые различные учреждения. Он ожидал, что вызванное этим соперничество заставит людей работать с максимальным напряжением сил. Но вместо этого много энергии, как правило, затрачивалось на бесполезную борьбу, которая шла между инстанциями, чувствовавшими себя ответственными за ту или иную задачу, и часто проделывалось много пустой и безответственной работы, так как несколько инстанций, не ставя друг друга даже в известность, планировали использование людей и техники для достижения одной и той же цели.