Государь Николай Павлович, по прибытии подполковника Агте, приказал доложить себе все эти дела, когда приедет генерал Муравьев, и по приезде его доклад этот был назначен 22 апреля 1853 г. в присутствии Наследника Престола, Великого Князя Константина Николаевича и военного министра. К докладу потребованы были генерал-губернатор и подполковник Агте. В то же время представлены Государю Императору все съемки и карты Восточной Сибири, составленные как экспедицией полковника Агте, так и другими членами генерального штаба Восточной Сибири.
Государь принял очень милостиво полковника Агте, рассматривал все карты, расспрашивал его подробно о его путешествии и сведениях, им собранных, и по рассмотрении той карты о которой выше упомянуто, и соображении ее с Нерчинским трактатом, изволил сказать о том пространстве Приамурья, которое лежит от реки Буреи к морю: «Итак, это наше!» Обратившись к военному министру, Николай Павлович сказал: «Так и снестись об этом с китайцами».
Потом, подозвав к общей карте Амура генерал-губернатора, говорит ему: «Все это хорошо, но я ведь должен посылать защищать это из Кронштадта (указывая на устье Амура). Тогда Муравьев сказал ему: „Кажется, нет надобности, Государь, так издалека“, — и, проводя рукою по течению Амура из Забайкальского края, прибавил: „Можно и ближе подкрепить“.
Государь при этих словах положил ему руку на голову и сказал: „Эх, Муравьев, ты право когда-нибудь сойдешь с ума от Амура!“. Муравьев отвечал: „Государь! Сами обстоятельства указывают этот путь“. Николай Павлович, ударив его рукой по плечу, сказал: „Ну, так пусть же обстоятельства к этому и приведут: подождем“. Что Государь был очень доволен и всеми теми сведениями, которые он тут получил, ясно было: потому что на другой же день 23 апреля, генерал Муравьев, полковник Агте и все члены экспедиции были осыпаны наградами».
Эти исследования (уже по составу экспедиций мы видим, что они носили не столько научный, сколько военно-политический характер) были исключительно важны для расширяющейся Российской империи, и устремления Николая Пржевальского безошибочно совпали с высшими политическим интересами.
Свою первую научную географическую работу Пржевальский выполнил столь хорошо, что за нее Русское географическое общество в феврале 1864 года избрало его своим действительным членом. По отзыву П. П. Семенова-Тян-Шанского (в то время председателя отделения физической географии Географического общества), эта первая научная работа Пржевальского была выполнена блестяще и «основана на самом дельном и тщательном изучении источников, а главное, на самом тонком понимании страны». От выхода «Военно-статистического обозрения Амурского края» до этого момента прошло почти два года. Тем временем Пржевальский написал и первое свое литературное произведение. Под названием «Воспоминание охотника» оно попало на страницы журнала «Охота и коневодство».
В 1863 году судьба Пржевальского совершила резкий разворот. В январе началось второе Польское восстание (в первом, как мы помним, участвовал Михаил Кузьмич, отец Николая, и именно там потерял здоровье, отчего и умер так рано). В Академии Генерального штаба было принято решение о досрочном окончании учебы Пржевальского в академии с правом второго разряда при условии возвращения в свой полк, который отправлялся в Польшу для подавления восстания. Николай немедленно подал прошение и вернулся в полк, где был назначен полковым адъютантом и уже в июле был произведен в поручики. О его участии в подавлении восстания сохранилось не так много сведений, но Н. Ф. Дубровин описывает случай, когда один из его сослуживцев совершил растрату, и Николай Михайлович написал офицерам письмо с просьбой поучаствовать в спасении чести товарища. Благодаря ему нужная сумма была собрана и человек избежал разжалования и суда.
Сохранились от того периода и забавные эпизоды: «Охотничья страсть едва не сыграла с ним злую шутку: увлекшись преследованием какой-то дичи, он попал однажды в шайку повстанцев и еле успел ускакать от них»[16].
После окончательного подавления восстания в западных губерниях еще какое-то время сохранялось военное положение. Привилегии польских помещиков, бывших главной движущей силой восстания, были существенно урезаны, а вот крестьянство и городское население получили некоторые льготы. Власти также запоздало озаботились развитием образования, так как до этого образование велось на польском языке и сильны были иезуитско-католические традиции. В 1864 году Пржевальский, получив отпуск, провел некоторое время на родине в Смоленской губернии, а в конце того же года получил назначение в качестве взводного офицера (а также предподавателя истории и географии) в Варшавское юнкерское училище.