Помимо указанных семи основных центров, Агни Йога говорит еще и о сорока девяти второстепенных центрах, разбросанных по всему телу человека и начинающих пробуждаться после раскрытия главных чакр.
Необходимо осознать, каким образом работает энергетическая система организма. Каждый организм (физическое тело, окруженное шестью тонкими структурами) существует не сам по себе, но внутри океана энергии, которая обеспечивает его существование как единого целого. Энергия может иметь положительный или отрицательный заряд, здоровый организм, как правило, нейтрален. Данное равновесие, по свидетельству ученого Ю.Г. Мизуна, есть по сути "равновесие положительных и отрицательных элементов энергии". Это означает "равновесие между процессами возбуждения и торможения". При нарушении равновесия между потоками положительной и отрицательной энергии весь организм или отдельный орган переходят в болезненное состояние, основанное как на перевозбуждении определенных функций организма, так и на их угнетении.
Океан энергии, окружающей человека, многослоен. Энергия эта, космическая по своей природе, так же, как и тонкий организм человека, имеет семь уровней. Она поступает в организм через энергопроводящую систему, предполагающую ее прохождение в те или иные органы через определенные каналы. Именно эти каналы расширяют пространство каждого органа до функциональной системы. Подобные функциональные системы, начинающиеся от поверхности кожи и проводящие космическую энергию вплоть до самого органа, называются в китайской медицине меридианами. Они впитывают энергию через точку на поверхности тела и проводят ее внутрь организма к органу, причем по одним меридианам идут импульсы возбуждения, а по другим — импульсы торможения. Все меридианы (а их в человеческом теле 12) работают друг по отношению к другу согласованно и составляют единую энергетическую систему, через которую последовательно и ритмически с периодом в 24 часа приходит энергия. Она является посланцем космоса, непосредственно влияющего на состояние человеческого организма и обеспечивающего процесс энергообмена между средой и человеком.
В энергетическую систему человека, помимо системы меридианов, проводящих энергию физического и отчасти эфирного плана, входит система чакр, которая перерабатывает энергии двух первых упомянутых планов в более тонкие виды. а также проводит энергию более высоких, нежели эфирный, планов. Существует определенная связь между системой меридианов и системой чакр, в которой последняя выполняет роль механизма трансмутации низших видов энергии в высшие.
Эзотерические учения утверждают, что каждая энергия имеет свой источник. Это касается как природных энергий, так и духовных. Таким образом, можно сказать, что на человека, в аспектах его организма, личности (души) и духа, действует множество разнонаправленных источников энергий. Они выполняют роль магнитов, притягивающих человека к определенным целям. Характер человеческих реакций на данные энергетические влияния зависит от состава энергий в человеческой душе: подобное притягивается к подобному. Человек, носящий в себе высокие энергетические вибрации или, по крайней мере, устремленный к ним, легко настраивается на высокие энергии, влияния и магниты. Аналогично и низкие вибрации легко притягивают низшие энергии.