В 1899 году Николай Васильевич был назначен старшим врачом Колмовской (в трех верстах от Новгорода) губернской земской психиатрической больницы, где зарекомендовал себя не только прекрасным организатором, общественным деятелем, но и блестящим клиницистом. Комиссия гласных в своем докладе Новгородскому губернскому земскому собранию в 1900 году отмечала: «Колмовская больница представляет собой пример земской психиатрической больницы, которая не переполнена чрезмерно, не страдает теснотой, а потому больные в ней могут содержаться совершенно свободно, согласно правилам современной психиатрии».
Кроме этого, Н. В. Краинский активно публикует свои сочинения. Особенно известной в этот период становится его книга «Порча, кликуши и бесноватые как явления русской народной жизни» (1900) (с предисловием В. М. Бехтерева, который неоднократно бывал и на Сабуровой даче).
Николай Васильевич показал, как на единой основе - сомнамбулизме - у разных народов возникают и развиваются различные заболевания: бесноватость и наваждение в России, эпидемии одержимости в Западной Европе. В своей работе автор доказывал, что и клиническая картина, и трактовка этих заболеваний среди населения, и отношение к таким больным в полной мере зависит от отличий в быту, культуре и мировоззрении разных народов.
Наряду с клинической и научной психиатрией Н. В. Краинский глубоко интересовался искусством. Не удивительно поэтому, что он становится председателем Новгородского общества любителей музыкального и драматического искусства.
В это время у молодого директора больницы произошли замечательные знакомства, истинный смысл которых открылся только три с половиной десятилетия спустя.
Членом управы и заведующим делами Колмовской больницы был Александр Павлович Храповицкий, родной брат тогдашнего епископа Антония (Храповицкого). Николая Васильевича полюбила мать будущего святителя - Наталья Петровна. Молодой врач бывал у них в имении Ватагино, а Храповицкие навещали его жилище. Епископ Антоний, в котором мать не чаяла души, был в эти годы в Казани, затем в Уфе, и старушка всегда с восторгом говорила о своем сыне, не подозревая, что вот этому-то доктору Краинскому и суждено будет принять последний вздох «великого святителя и заветы верного служения Императорской России».
В 1902 году Н. В. Краинский переводится на должность директора Винницкой окружной психиатрической больницы. В этом же году вместе с И. П. Мержеевским и В. М. Бехтеревым он вошел в созданную Министерством внутренних дел комиссию по вопросу об организации призрения душевнобольных в Российской империи. Тогда же за работы по патогенезу эпилепсии Николай Васильевич был награжден премией Брюссельской академии наук, а через год ученый получил премию Нью-Йоркского общества психиатров по изучению эпилепсии.
В 1903 году Краинский уже директор Виленской окружной психиатрической больницы (в Новой Вилейке, под Вильно). 23 мая 1903 года состоялось торжественное официальное открытие больницы, на котором после зачтения телеграммы с Высочайшим ответом и исполнением гимна Николай Васильевич начал речь такими словами: «Сегодняшний день есть день величайшего торжества и праздник для русской психиатрии. Открывается новая, самая большая в России психиатрическая лечебница, рассчитанная на 1000 штатных кроватей».
Это был стремительный «карьерный рост»: Николай Васильевич занял пост директора лучшей в России, образцовой правительственной психиатрической окружной больницы, принимавшей пациентов из пяти губерний (Виленской, Ковенской, Витебской, Гродненской и Минской). В достаточно еще молодом возрасте по службе он занимал должность пятого класса, имел ученую степень и две международные премии за свои научные работы. Новая больница была гордостью Министерства внутренних дел, в конце 1903 года ее посетил министр В. К. Плеве. За полтора года Н. В. Краинский получил два очень высоких (учитывая его стаж службы) ордена. Работа шла блестяще.
Несмотря на административные хлопоты, в Вильно Николай Васильевич продолжает активно заниматься наукой. Его работа «Учение о памяти с точки зрения теории психической энергии» (1903) широко использована В. М. Бехтеревым в книге «Психика и жизнь».
Под редакцией Краинского с января 1904 года в Вильно начинает издаваться «Научный архив Виленской окружной лечебницы» - периодическое издание, выходящее от четырех до шести раз в год. В январе этого же года Николай Васильевич участвует в заседаниях IX Пироговского съезда.