В феврале 1904 года Н. В. Краинский был утвержден в звании директора Виленского губернского тюремного комитета и получил «Директорский билет на право посещения тюрем».
Служил он врачом и в виленском обществе исправительных земледельческих колоний и ремесел, приютов для несовершеннолетних преступников, а также вошел в состав Виленского отделения Императорского музыкального общества, где занимал должность вице-директора.
Работая по линии Министерства внутренних дел, Краинский имел возможность лично познакомиться со многими деятелями эпохи -И. Г. Горемыкиным, Д. С. Сипягиным и другими министрами и товарищами министров. Судьба сводила его с такими столпами Империи, как финляндский генерал-губернатор Н. И. Бобриков, работал он и в непосредственном подчинении киевского генерал-губернатора М. И. Драгомирова. Николай Васильевич пользовался личным расположением В. К. Плеве, которого имел честь принимать у себя и отношение которого к Н. В. Краинскому засвидетельствовано в блестящем отзыве, данном в заседании Государственного совета в январе 1904 года. Приказ об этом Николай Васильевич хранил всю оставшуюся жизнь, как «честь, которой редко кто удостаивался на службе Империи».
Когда началась русско-японская война, Н. В. Краинскому «не сиделось спокойно», и он отпросился в четырехмесячный отпуск в Маньчжурию. Министр Плеве отнесся к этой идее сочувственно, так как Николай Васильевич мотивировал свое желание изучением на поле действий военной психологии, и дал просимый отпуск.
29 апреля 1904 года Н. В. Краинский вышел в отставку, а 10 июня выехал на театр военных действий. Судьба свела его в одном вагоне скорого поезда с ехавшим на войну генерал-майором (тогда) князем Г. И. Орбельяни, командиром так называемой Дикой, или Кавказской конной, бригады, который взял его в качестве «бригадного врача-добровольца».
В Маньчжурии он не раз попадал в самые опасные ситуации. Следует заметить, что именно в годы русско-японской войны общество впервые обратило внимание на необходимость специальной организации психиатрической помощи на фронте. В апреле 1904 года при 1-м Харбинском сводном госпитале открыли психиатрическое отделение, а затем и специальный психиатрический госпиталь.
Несколько раз Н. В. Краинскому случалось видеть Государя Императора Николая II. Он представлялся Ему по возвращении из Маньчжурии в памятный день получения известия о падении Порт-Артура. Государь удостоил доктора милостивой беседы, упомянув, что знает о добровольном прибытии Краинского на фронт.
В январе 1907 года Н. В. Краинский вернулся в Вильну и вновь активно принялся за лечебное дело, научную, общественную работу. В это время выходят такие его сочинения, как: «Психология падших людей» (1907), «Энергетика и анализ ощущений» (1907), речь «Душа и Вселенная» (1911), драма «Во мраке ночи» (1912), «Энергетическая теория сновидений» (1912), очерк «Девочка Машка, собачка Джильда и беспокойный психиатр (Психологическая параллель)» (1912) и другие (одних только книг и брошюр около 20), пользующиеся повышенным вниманием не только читателей-профессионалов.
Особенный резонанс имел доклад «Педагогический садизм», где речь шла о сексуальном садисте инспекторе учебного округа Н. Г. Коссаковском. Публикация этой работы чуть было не довела доктора до дуэли.
Вот что писала самая тиражная газета России «Русское слово» в номере от 28 (15) декабря 1912 года:
«В России. Вызов на дуэль.
ВИЛЬНА, 14.XII. Летом текущего года известный психиатр Н. В. Краинский прочел доклад о душевнобольном покойном педагоге Коссаковском, страдавшем, если так можно выразиться, “экзаменационным садизмом”. Результатом этой болезни было 18 самоубийств учащихся. Сын покойного, подпоручик 1-го стрелкового полка, квартирующего в Лодзи, прислал д-ру Краинскому вызов на дуэль за опорочение памяти его отца. Д-р Краинский ответил, что вызов он принимает».
Николай Васильевич активно участвует в работе Пироговских съездов, съездов врачей Минской губернии, в заседаниях Виленского Императорского медицинского общества и т.д.
Особенный интерес представляет серия докладов и книга «Основные принципы энергетики в связи с абсурдами современной физики» (1908), автор которых независимо от Эйнштейна сформулировал два основных положения его теории - об энергетической сущности массы, которую Николай Васильевич считал изменчивой, и закон инерции энергии. С тех пор Краинский пошел по пути, резко расходящемуся со многими классическими теориями.
Понимая необходимость новых знаний в относительно новых для него областях, в 1908-1912 годах маститый доктор берется за активное изучение математики (а также физики, химии) и получает диплом физикоматематического факультета Санкт-Петербургского университета (1912).