В том же 1906 г. петербургский издатель Е. В. Герцик предпринял издание «Полного собрания сочинений Л. Н. Толстого, ранее запрещенных». Он обратился к Толстому за разрешением. В неопубликованных «Яснополянских записках» Д. П. Маковицкого под 17 октября 1906 г. значится: «Лев Николаевич поручил мне написать Е. В. Герцику, чтобы греческий текст в его «Соединении Евангелий» проверял по Тишендорфу».
Из этой записи видно, что Толстой продолжал считать желательной сверку приводимого им греческого текста Евангелий (и особенно вариантов к ним) с наиболее авторитетным изданием.
Е. В. Герцик выпустил все три тома произведения Толстого. Петербургским комитетом по делам печати было возбуждено против Герцика судебное преследование по статье 73 Уголовного уложения (хула православной веры и кощунство), прекращенное определением Петербургского окружного суда от 22 августа 1909 г.
В 1907 г. анонимным издательством в Петербурге было перепечатано «Изложение Евангелия с примечаниями», выпущенное издательством «Свободное слово» в 1901 г. Издание было конфисковано.
В том же 1907 г. московским издательством «Посредник» был перепечатан с издания «Свободного слова» первый том «Соединения, перевода и исследования четырех Евангелий». Книга вышла в количестве 6200 экземпляров и была отпечатана в сентябре, а уже 3 октября Московский комитет по делам печати наложил на нее арест. Однако ко времени получения постановления комитета значительное количество экземпляров издания было уже получено издательством из типографии и распределено по книжным магазинам. Оставшиеся экземпляры были арестованы и препровождены в канцелярию московского градоначальника. Вместе с тем комитет направил книгу судебному следователю Московского окружного суда для возбуждения уголовного преследования против издателя по статье 73–й.
Несмотря на постановление Комитета по делам печати об аресте книги, издательство подготовляло к печати следующие два тома труда Толстого. Подготовкой к печати этих томов занялся С. Д. Николаев (см. стр. 982).
Судебный следователь Московского окружного суда по важнейшим делам, ознакомившись с содержанием первого тома книги Толстого, изданного «Посредником», не нашел возможным согласиться с мнением Комитета по делам печати «по вопросу о квалификации преступления». Судебный следователь нашел, что «все евангельские повествования, а также все учение Иисуса Христа в книге графа Толстого получает совершенно иной характер, соответствующий основной идее автора и решительно противоречащий не только воззрениям православной церкви, а вообще всех христианских вероучений. По мысли автора, основным началом его истинного христианского вероучения служит совершение дел Христа, то есть дел добра, единение людей и всеобщая любовь между ними, а первым и главным догматом этого вероучения является разумение, Которое заменило бога и которое и есть бог. Эти главные положения автора книги и легли в основу его нового вероучения, все же догматы православной церкви, начиная от признания существования Бога как творца всей вселенной и кончая внешним богопочитанием, признаны им вымыслом и совершенно опровергнуты. Таким образом, все положения и мысли автора, инкриминируемые Комитетом по делам печати, не соответствуют понятию того преступного деяния, которое характеризуется текстом 73 статьи Уголовного уложения. Здесь нет ни хулы, ни кощунства в их тесном смысле; хульные и кощунственные выражения автора составляют естественное последствие той основной идеи, которая проводится в книге и которая заключается в полном, бесповоротном отрицании всего христианского вероучения и всех догматов православной церкви, начиная с отрицания бытия Бога. Отсюда книга автора должна быть признана заключающею в себе пропаганду нового еретического вероучения и выпущенную для совращения из православия».
По мнению судебного следователя, это — тоже преступление, но против другой статьи — 90 статьи Уголовного уложения. Но преследование по этой статье могло быть возбуждено лишь по требованию духовной власти. Так как такое требование со стороны духовных властей предъявлено не было, Московский окружной суд постановлением от 3 июня 1908 г. определил: дело против издателя книги Толстого прекратить и арест с книги снять.
В июне 1908 г. в издательстве «Посредник» вышли в свет в одной книге второй и третий томы «Соединения, перевода и исследования четырех Евангелий». Издание было снабжено следующей заметкой «От редакции», подписанной инициалами С. Н[иколаев]: