К этому времени четко определились ведущие идеи повести. 10 июня 1891 г. Толстой заносит в Дневник: «К Отцу Сергию. Он узнал, что значит полагаться на бога только тогда, когда совсем безвозвратно погиб в глазах людей. Только тогда он узнал твердость, полную жизни. Явилось полное равнодушие к людям и их действиям. Его берут, судят, допрашивают, спасают, — ему всё равно. — Два состояния: первое — славы людской— тревога, второе — преданность воле божьей, полное спокойствие» (т. 52, стр. 39); и 12 августа 1891 г. заносится в Дневник мысль, которая может считаться основной для «Отца Сергия»: не нужно «искать добрых дел, подвигов», а «делать, что от тебя требуется сейчас, в том положении, в каком ты находишься, наилучшим образом».
6 ноября: «Нынче думал к Сергию. Надо, чтобы он боролся с гордостью, чтоб попал в тот ложный круг, при котором смирение оказывается гордостью; чувствовал бы безвыходность своей гордости и только после падения и позора почувствовал бы, что он вырвался из этого ложного круга и может быть точно смиренен. И счастье вырваться из рук дьявола и почувствовать себя в объятиях бога» (т. 52, стр. 57—58).
К лету 1891 г. относится ряд дневниковых записей Толстого, разъясняющих развитие его замысла. 22 мая 1891 г.: «Забыл записать, что один из этих последних дней я писал Отца Сергия. Решил кончить всё начатое. Написал дурно, но пригодится». 2 июня: «В Туле же видел женщину: глаза близко и прямые брови, как будто готова плакать, но пухлая, миловидная, жалкая и возбуждающая чувственность. Такая должна быть купчиха, соблазнившая Отца Сергия». 17 июня: «К Отцу Сергию. После того как он убил, сидит в темноте и вдруг видит, что заря занимается, светлеет и будет день — свет. Ужас». Тогда же занесено в Записную книжку. «Отец Сергий ждет солнца» (т. 52, стр. 34, 36, 41 и 172). В повести этому соответствует отрывок из главы VII: «Было раннее утро, с полчаса до восхода солнца». Сергий думает о самоубийстве, затем видит во сне свою кузину Пашеньку и решает идти к этой несчастной и кроткой женщине.
Одновременно Толстой обдумывает и тему борьбы Сергия с мирскими соблазнами, со своей чувственностью. 22 июня 1891 г. Толстой записывает: «К Отцу Сергию. Когда он пал с купеческой дочерью и мучается, ему приходит мысль о том, что если падать, то лучше бы ему пасть тогда с красавицей А., а не с этой гадостью. И опять гадость захватывает его». В сентябре 1891 г. Толстой заносит в Записную книжку: «К Отцу Сергию. От похоти затемняется мир». Этому соответствует запись в Дневнике 18 сентября 1891 г.: «Приступы половой похоти порождают путаницу мыслей, скорее отсутствие мыслей. Весь мир потемнеет; теряется отношение к миру. Случайность, мрак, бессилие» (т. 52, стр. 46, 53 и 186).
Тогда же, во время поездки в Епифанский уезд, в места, пораженные неурожаем, Толстой берет с собою рукопись «Отца Сергия» и прочитывает ее у брата в Пирогове. «К удивлению недурно как есть». Впрочем, «начал поправлять начало, но не пошло» (запись 25 сентября 1891 г., т. 52, стр. 55).
В октябре заносится в Записную книжку: «Человек, который не терпит поправки, идет всё дальше и дальше в самомнении. Сережа. Товарищи Отца Сергия» (т. 52, стр. 187).
Так определилась работа Толстого над «Отцом Сергием» за весь первый период творческой истории этого произведения. В 1890—1891 гг. были подробно разработаны обстоятельства ранней биографии Касатского-Ростовцева и оба эпизода «искушения» отца Сергия (Маковкиной и Марьей), хотя и по-иному, чем в окончательной версии. По ранней редакции отец Сергий после падения с купцовой дочерью убивает ее. Всю эту стадию работы и представляет «чертковская рукопись», то есть копия «эпистолярной» редакции, переписанная Чертковым весною 1890 г. и разработанная Толстым в летние месяцы 1890 и 1891 гг. На обложке чертковской рукописи рукою Марии Львовны Толстой написано: «Отец Сергий. 1891 год.
Лето». Эта дата означает, что летом 1891 г. шла основная работа по развитию и дополнению первой записи, частично уже разработанной в 1890 г.