После 1891 г. работа над «Отцом Сергием» прерывается почти на семь лет, если не считать записи в Записной книжке 1893 г.: «Первый ученик в пажеском корпусе» и в Дневнике 29 мая 1893 г. о «юродстве»: «Как только человек немного освободится от грехов похоти, так тотчас же он отступается и попадает в худшую яму славы людской». Главное в борьбе со славолюбием — «не разрушать установившегося дурного мнения и радоваться ему, как освобождению от величайшего соблазна и привлечению к истинной жизни». «Эту тему надо разработать в Сергии. Это стоит того» (т. 52, стр. 82 и 240). Наконец в Дневнике Толстого 18 марта 1895 г. имеется запись: «Один раз немного пописал к «Отцу Сергию», но не хорошо» (т. 53, стр. 13).
Только в 1898 г., когда в связи с преследованием духоборов сочувствующие им лица стали собирать средства для их отъезда в Канаду, Толстой, уже выступавший в русской и иностранной печати с призывами к оказанию общественной помощи переселенцам, решил с теми же целями напечатать одно из своих произведений. В середине июля 1898 г. он сообщил Черткову, что намерен опубликовать для оказания помощи духоборам три имеющиеся у него в рукописях повести: «Воскресение», «Дьявол» и «Отец Сергий». Еще с начала лета он приступил к обработке последнего из этих трех замыслов и в течение целого месяца не прекращал работы над ним.
Об этом в Дневнике имеются следующие записи: 12 июня 1898 г.: «Нынче совсем неожиданно стал доканчивать «Сергия»; 14 июля: «Оба дня писал Отца Сергия. Недурно уясняется»; 28 июня: «Нынче писал Отца Сергия.... недурно»; 30 июня: «Эти дни писал Сергия — не хорошо»; 17 июля: «Решил отдать свои повести: Воскресение и Отец Сергий в печать для духоборов», и под тем же числом записаны мысли к повести: 1) «К «Отцу Сергию». Один хорош, с людьми падает». 2) «Нет успокоения ни тому, который живет для мирских целей среди людей; ни тому, который живет для духовной цели один. Успокоение только тогда, когда человек живет для служения богу среди людей» (т. 53, стр. 197, 199, 201, 203, 204).
Вероятно, решение Толстого срочно сдать «Отца Сергия» в печать вызвало в 1898 г. переписку на ремингтоне всей предшествующей редакции (по копии М. Л. Толстой). По этому машинописному экземпляру Толстой развивает рассказ о невесте князя Касатского-Ростовцева, о пребывании отца Сергия в монастыре и скиту, вычеркивает описание убийства Марьи, вносит эпизод с Пашенькой и главу о странствиях героя. Заключительная встреча странника с нарядной компанией, мнение которой о нем ему совершенно безразлично, как бы завершает весь путь его исканий. «Его причислили к бродягам, судили и сослали в Сибирь». Он нашел свою правду в безвестности и незаметном служении людям («учит детей и ходит за больными») (см. описание рук. № 6).
Такова последняя редакция повести, в которую включен один из предшествующих автографов (начало рассказа), переписанный М. Н. Ростовцевой, вместе с значительно дополненными отрезками машинописной копии. На этом заканчивается работа Толстого над «Отцом Сергием».
В октябре 1900 г. Толстой получил письмо от редактора голландского журнала «Vrede» Феликса Орта, запрашивавшего его, насколько справедливы газетные сообщения о его работе над романом «Отец Сергий». «Я начал несколько вещей, — отвечал ему 18 октября 1900 г. Толстой, — между прочими роман, о котором вы упоминаете, но времени у меня осталось мало и совесть требует писать не то, что мне приятно, а то, что мне кажется нужным» (т. 72, стр. 480).
Тогда же (8 октября 1900 г.) Толстой рассказал посетившему его в Ясной Поляне Горькому содержание «Отца Сергия» (об этом см. в предисловии к настоящему тому).
В последнее десятилетие своей жизни Толстой к работе над «Отцом Сергием» не возвращался.
Подведем итоги.
Пользуясь условным цифровым обозначением глав печатной редакции, можно считать, что в основном главы I, II, III и часть IV были написаны в 1890 г.; вторая половина главы IV, V, VI и VII — в 1891 г., глава VIII — в 1898 г. Но нужно помнить, что эти обозначения приблизительны и некоторые отрывки из указанных глав могли писаться дополнительно, при позднейших переработках и даже в последней стадии работы (то есть — в 1898 г.).
В печати при жизни Толстого повесть не появлялась. Он считал ее незаконченной, но вчерне установленной, то есть доведенной до той стадии, «когда связно и последовательно, но хочется отделывать» (письмо к В. Г. Черткову от 31 августа 1902 г., т. 88). К этой стадии окончательной отделки текста «Отца Сергия» Толстой так и не приступил. Повесть сохранилась в виде черновой редакции, состоящей из разновременно написанных частей.
При жизни Толстого был опубликован лишь один небольшой отрывок из «Отца Сергия» в виде факсимиле страницы из автографа. В известной книге П. Сергеенко «Как живет и работает гр. Л. Н. Толстой», М. 1898, на стр. 53 помещен снимок с черновой рукописи «Отца Сергия» с многочисленными поправками, зачеркнутыми строками, вписанными между строк дополнениями и пр. Этот отрывок из главы печатного текста от слов: «за это время он узнал о смерти своей матери и о выходе замуж Мэри» до слов: «и дурное чувство это разразилось. Случилось это вот как:».