Первые дни июня Толстой работал над статьей немного, но с 7 июня работает над ней интенсивнее. В этот день он отметил в Дневнике: «Очень много работал над Единой Заповедью, с большим напряжением». 9 июня записав, что «чуть-чуть поправил о любви», с удовлетворением отмечает «Становится сильно». Накануне этого дня, 8 июня, Толстой выехал утром в Кочеты (к дочери T. Л. Сухотиной), и даже в пути, в вагоне, продолжал работать над статьей (И. Н. Гусев, «Два года с Толстым», изд. «Посредник», М. 1912, стр. 289).
10 июня он «очень хорошо поправил о любви» (Дневник 10 июня, т. 57), но 11 июня нашел, что «поправка о любви плоха» и «надо еще работать». Работа продолжается. 14 июня он опять «очень хорошо работал» над статьей, и в этот день вновь, считая, повидимому, статью законченной, он датирует ее и подписывает. Но продолжает думать о статье и на другой же день записывает в связи с ней в Дневнике: «Все уясняется и усиливается. Помоги Бог кончить. Кажется не заблуждаюсь, что важно» (Дневник 15 июня 1909 г., т. 57). Еще на следующий день, 16 июня, он после утренней работы над статьей отмечает: «Кажется подвигаюсь. Не дурно». 18 июня опять находит, что «не дурно, но надо еще работать». В тот же день, 18 июня, он делится с В. Г. Чертковым: «Все пишу Единую Заповедь. Мне кажется, что нужно, а я теперь в тех хороших условиях, что всякий месяц, неделю, день должен по вероятиям считать последним. И потому не могу из предстоящих дел не выбирать того, что считаю наиболее нужным» (письмо к В. Г. Черткову от 18 июня 1909 г., т. 89). К этому он добавляет: «Думал, что кончил Единую Заповедь, а сейчас запала в мысль новая, всё о старом, работа о значении солдатства» (там же).
Несколько дней работа шла вяло, но 22 июня Толстой, по его словам, «неожиданно занялся опять Единой Заповедью, поправил хорошо и вписал эпиграфы». В окончательном тексте дано тридцать шесть эпиграфов; большая часть их взята из Круга чтения.
Вечером того же дня, 22 июня, Толстой вышел из своего кабинета в гостиную, где находились его семейные. «Случилось неожиданно то, что я прочел вслух Единую Заповедь. Ответ: молчание, и явно скука» (Дневник 22 июня, т. 57). На другой день Толстой «проснувшись думал и о вчерашнем». И в связи с этими мыслями записал в Дневнике: «Пора понять, что если хочешь служить людям, то работай для grand inonde [большой свет] — рабочего народа, и его имей перед собой когда пишешь. Наш брат в огромном большинстве безнадежен. А те жаждут» (Дневник 23 июня, т. 57). Об этом же он подробнее в тот же день писал В. Г. Черткову: «Вчера я прочел нашим (человек 5) мою статью Единая Заповедь, которая как мне кажется может вызвать в людях хорошие мысли и чувства. Но читая ее вчера нашему брату, изуродованным жалким людям, я убедился (хорошо убедиться в этом на 81 году), что всё что я пишу глупо, потому что обращено не к той публике, которой это нужно — к миллионам рабочих без и полуграмотных, не к неизвращенным разумным людям. И в первый раз, не умом, а всем существом, понял всю глупость того, что делал, и намерен те месяцы, дни, часы, которые мне остались, обратить на писание для них, передачу им того, что я, мне кажется, знаю и они, мне кажется, не знают: писать для них и в рассуждательной и в художественной форме» (письмо к В. Г. Черткову 23 июня 1909 г. т. 89. Еще о том же см. H. Н. Гусев, «Два года с Толстым», стр. 225—226. запись 24 июня).
Мысль писать не для «изуродованных жалких людей, а для миллионов рабочих без и полуграмотных» привела Толстого к намерению написать статью «самым простым языком» (см. там же, стр. 225). И в тот же день, 23 июня, он принялся исправлять статью, «упрощая язык и форму» (Дневник, запись 24 июня 1909 г., т. 57). Однако, он от своего намерения почти сразу же отказался и, в результате, эта работа привела только к перестановке глав и небольшим исправлениям, что он и отметил тогда же в дневнике (см. там же, запись 24 июня, т. 57). По сообщению Н. Н. Гусева, бывшего в то время секретарем Толстого, Лев Николаевич и после этой, отмеченной им в своем дневнике неудачи, опять выражал желание «переделать эту статью так, чтоб она стала вполне общедоступной по языку» (Н. Н. Гусев, «Два года с Толстым», стр. 225). Но, как это отмечает H.H. Гусев и как это явствует из обследования всех последующих редакций статьи, — Толстой так и не осуществил этого своего намерения.
Продолжая работать над Единой заповедью в прежней форме, считая, что работа идет «не дурно» (Дневник 27 июня, т. 57), Толстой продолжал расширять замысел статьи и 30 июня, тоже по его собственной оценке «не дурно», написал новую, в окончательном тексте седьмую главу «о чудесах» (Дневник 30 июня, т. 57). Вероятно Толстой в этот момент опять счел статью совсем законченной, так как решил отослать ее В. Г. Черткову. 30 июня, повидимому, была завершена вторая стадия работы над статьей «Единая заповедь».