Начавшийся таким образом внутренний процесс привел В. Г. Черткова к убеждению, что христианство в том виде, как он теперь понимал его, несовместимо с той жизнью, которую он вел, как представитель своего класса, и прежде всего несовместимо с военной службой. В 1879 г. он решил выйти в отставку, но по настоянию своего отца взял лишь отпуск на одиннадцать месяцев и уехал в Англию. По возвращении оттуда, склонившись на просьбы родителей, «для испытания себя» продлил военную службу еще на один год. В 1881 г. убийство Александра II, которого он лично знал с детства, вместе с жалостью вызвало в нем вспышку уже угасавших монархических чувств. Но это было ненадолго. В том же году, не взирая на огорчение родителей, ожидавших назначения его на флигель-адъютантскую должность при Александре III, особенно благоволившем к ним, Чертков вышел в отставку и навсегда порвал со всем складом своей петербургской жизни.
Уехав в степное имение своих родителей, Лизиновку, Острогожского у. Воронежской губ., он решил посвятить себя облегчению нужд местного крестьянского населения. Он устраивал потребительские лавки, ссудо-сберегательные товарищества, школы, библиотеки, читальню, чайную, а в своей слободе Лизиновке, имевшей до 5000 жителей, стал насаждать ремесла, основав там ремесленную школу с сапожным, столярным, бондарным и ведерным отделениями, которая стала выпускать местных мастеров по этим специальностям, что давало крестьянам дополнительный заработок и освобождало население от необходимости пользоваться в указанных областях товарами купцов-спекулянтов. Одновременно он работал и в местном земстве, где ему удалось сплотить группу людей, имевших в виду крестьянские интересы. Позднее, в 1883 г., он был выбран земским собранием в члены училищного совета и, объезжая школы, находившиеся даже на большом расстоянии от Лизиновки, повсюду вел борьбу с рутиной и казенщиной преподавания, заступался за народных учителей, когда их притесняли местные власти, и заботился о повышении их образовательного и педагогического уровня. Привычки личной своей жизни он к этому времени уже очень упростил и, переселившись из дома родителей в комнату при ремесленной школе, жил там с учителями и сотрудниками, которым хотел передать и все управление школой на товарищеских началах. При поездках по железной дороге он садился в 3-й класс, где пускался в разговоры и споры «о таких вопросах, как несправедливое имущественное отношение между господами и рабочими, произвол и дикость государственной власти, бессмысленность церковных обрядов, корыстолюбие и обман церковнослужителей» (из ненапечатанных отрывков Воспоминаний Черткова). По его словам эти поездки в 3-м классе, в простой одежде, были для него «настоящим откровением» по отношению к русскому народу.
В этой полосе своей жизни он был уже настолько далек от той сферы, к которой принадлежал по рождению, что типичные представители окрестного дворянства, богатые помещики, были настроены против него крайне враждебно и называли его «сумасшедшим». Слухи о характере его новой жизни дошли и до Александра III, по распоряжению которого зa ним был установлен негласный надзор полиции.
Между тем совершающийся в нем процесс, всё дальше уводивший его от прежних понятий и привычек, не прекращался. Сознание нравственной недопустимости капиталистического строя, искание тех путей, которыми можно было бы практически разрешить для себя назревшие социальные вопросы в соответствии с евангельским учением всё более волновали его. Н. В. Давыдов, познакомившийся с ним летом 1883 г. на свадьбе его приятеля, земского деятеля Р. А. Писарева, и имевший с ним тогда же долгий ночной разговор, сообщает в книге своей «Из прошлого», что «искание» Черткова носило в то время, «очень энергичный, даже страстный характер». В этом разговоре Чертков впервые узнал от Давыдова, что по всем особенно волнующим его вопросам он является единомышленником Толстого. Понятно, что с этого времени стремление увидеться с Толстым уже не оставляло Черткова. Толстой со своей стороны заинтересовался Чертковым по рассказам приезжавшего к нему в конце августа того же года Г. А. Русанова, пробывшего десять лет членом острогожского окружного суда. Через два месяца после этого, около 25 октября 1883 г., при проезде Черткова через Москву в Петербург для свидания с родными, состоялось, наконец, их знакомство, вскоре перешедшее в глубокую дружбу. Толстому было в то время 55 лет, Черткову 29, но эта очень значительная разница лет не отразилась на характере их отношений.