Выйдя в отставку, он вступил на трудный путь начинающего литератора, без средств, без связей в литературной среде и с неопределенными перспективами на будущее. Он напечатал в «Морском сборнике» еще несколько очерков, написанных на основе вынесенных из плавания впечатлений. Затем ему пришлось приняться за поденную литературную работу. Он писал театральные рецензии, статьи о пожарах, юмористические стихи, фельетоны, мелкие рассказы, а некоторое время учительствовал в деревне, не оставляя в то же время творческой работы. Ему удалось опубликовать в журнале сначала пьесу, а потом и первые свои романы, за которыми последовали многочисленные рассказы, очерки и публицистические фельетоны.
В 70–80-х годах писатель совершил две поездки за границу. По возвращении в Россию он был арестован, препровожден в тюрьму за сношение с русскими революционными эмигрантами в Париже и Швейцарии и через некоторое время отправлен в трехлетнюю ссылку в Томск.
Здесь и произошел решительный поворот в литературной судьбе Станюковича. Он обратился к той теме, которой было суждено стать главной темой его творчества и которой он посвятил последнее двадцатилетие своей жизни.
В 1886 году в журналах «Вестник Европы» и «Северный вестник» появились рассказы Станюковича «Василий Иванович» и «Беглец». Эти рассказы сразу обратили на себя внимание читателей своей яркостью, свежестью материала, романтикой морской стихии, подлинным гуманизмом, горячей любовью к людям, серьезной психологической разработкой характеров. Внезапный и шумный успех рассказов принес писателю большую радость и поддержал в нем бодрость духа. Он словно пережил вторую молодость.
Воспитанный на освободительных идеях 60-х годов, Станюкович вложил в свои морские рассказы и повести ненависть к «темному царству» русского самодержавия, выступил как обличитель жестоких нравов, фельдфебельской муштры, зверских расправ с нижними чинами, против аракчеевской атмосферы, царившей во флоте.
В морских повестях и рассказах Станюковича перед читателями проходит целая галерея моряков военного флота. С особенной любовью и сочувствием выписаны в этих рассказах матросы. Можно сказать, что Станюкович так же открыл читателю русского матроса, как Тургенев в «Записках охотника» открыл русского крестьянина. Перед читателем предстали обаятельные образы простых русских людей.
С большой симпатией отмечает писатель в своих флотских героях черты самоотверженности и героизма, характерные для русского матроса и с особой силой проявившиеся во время Севастопольской обороны. В рассказе «Матросик» матрос Кушкин, за ласковость, мягкость характера и душевную доброту любовно прозванный товарищами уменьшительным прозвищем «Матросик», проявляет во время грозного шторма изумительный героизм, сознательно жертвует жизнью ради спасения погибающего клипера и его команды.
Глубоко человечный и трогательный образ матроса создан Станюковичем в рассказе «Максимка», послужившем в наше время основой для художественного фильма.
В произведениях Станюковича есть и образы офицеров. Последовательный демократ по убеждениям, он отдает все свои симпатии передовому офицерству, мыслящему, несущему в морскую службу новые, гуманные начала; он искренне ненавидит крепостников, белоручек, аристократических выродков.
Гневно клеймит писатель таких представителей аракчеевщины на флоте, как Василий Кузьмич Остолопов, специалист по вышибанию матросских зубов, о котором с восхищением и восторгом рассказывает его достойный выученик, зверь-боцман Щукин, из рассказа «Своим судом». Щукин, полностью усвоивший педагогическую «науку» Остолопова, чистосердечно восхищается своим наставником: «Одно слово… лев был!.. Одному в ухо, другому, третьему, да так отчещет десятка два, будешь, голубчик, помнить… И рука ж была у него! Ка-а-а-к саданет, — в глазах пыль с огнем — и морду вздует…».
Обличение темных сторон русской действительности в творчестве Станюковича носит, однако, половинчатый, недостаточно последовательный характер. Но этот протест влиял на читателя, заставлял его задумываться над важными вопросами.
Писатель глубоко чувствовал стихию моря, был ее прекрасным художником. Описания морской природы в произведениях Станюковича созданы рукой большого мастера. Советские читатели любят его морские повести и рассказы, овеянные поэзией моря, труда, высоких человеческих чувств.
Огромное влияние оказал Станюкович на формирование советских писателей-маринистов, которые многому учились и учатся у этого замечательного писателя.