О его способностях говорит хотя бы тот факт, что знал он шесть языков. На шестнадцатом году его познания были достаточны для поступления в университет. Однако в Московский университет принят он не был «за недостатком лет». Лишь благодаря протекции и хлопотам отца способному юноше удалось попасть на юридический факультет Санкт-Петербургского университета. Зайцев учился там с сентября 1858 по июль 1859 года, когда по семейным обстоятельствам переехал в Москву, где стал заниматься на медицинском факультете. Но после того как отец Варфоломея оставил семью, он вынужден был уйти с четвертого курса университета, чтобы в двадцать лет взять на себя заботу о материальном обеспечении близких. Переехав в декабре 1862 года снова в Петербург, он поначалу занимается корректурой и переводами, продолжая в то же время занятия в Медико-хирургической академии.
Таковы факты внешней биографии юноши, начавшего свое сотрудничество в «Русском слове» ярко революционной статьей «Представители немецкого свиста Гейне и Берне». Объяснить характер и дух этой талантливой статьи они не могут. Не объясняют они и других загадочных деталей в биографии двадцатилетнего московского студента, приехавшего на поиски заработка в Петербург. Ну, например, в одном из своих показаний П. Баллод, владелец «карманной типографии», где должна была печататься писаревская прокламация о Шедо-Ферроти, утверждает,:будто Писарев знал Зайцева еще в начале 1862 года. Но мог ли Писарев быть знаком с Зайцевым, если один жил в Петербурге, а другой — в Москве? По-видимому, мог, потому что имеется еще ряд свидетельств о том, что Зайцев и до переезда в Петербург в декабре 1862 года был связан с литературными кругами в столице и бывал в Петербурге. Известно, что между 27 февраля и 3 марта он вместе с В. А. Слепцовым и Лесковым был у Бенни на чтении только что вышедших первых четырех глав «Записок из мертвого дома» Достоевского. Правда, впоследствии, на допросах в Муравьевской комиссии, Зайцев покажет, что познакомился со Слепцовым «по приезде в Петербург в декабре 1862 года у общей знакомой г-жи Маркеловой». Однако дату знакомства со Слепцовым Зайцев, по всей вероятности, намеренно или случайно спутал. Имя же Маркеловой, участницы слепцовской «коммуны», близкой к революционным кругам 60-х годов, названо им не случайно.
В архиве Пушкинского дома хранится совершенно неожиданное на первый взгляд письмо сестры критика Варвары Зайцевой поэту Я. П. Полонскому, датированное 10 октября 1862 года:
«Давно не получая от Вас писем, любезный Яков Петрович, я сама сажусь писать Вам. Сегодня я получила письмо от Маркеловой и узнала из него, что Шелг[уновы] спокойно добрались до места. Маша Михаэлис в Петербурге и, по всей вероятности, будет у Вас…
Не виделись ли Вы, Яков Петрович, с Достоевским и не слыхали ли чего о статье моего брата?… Узнайте, пожалуйста, может ли быть помещена она в ноябре: Если увидите П., то не забудьте спросить о московском студенте, про которого я Вам говорила.
Еще прошу Вас, мой приятель, напомнить Елене Андреевне ее обещание прислать мне свою карточку, и если будете писать мне, то перешлите ее в письме.
Прощайте, жму Вашу руку. В. Зайцева».
Много загадочного в этом письме. Откуда Варвара Зайцева, которой в августе 1862 года исполнилось семнадцать лет, знает Полонского, Маркелову, Машу Михаэлис, сестру жены Шелгунова, ту знаменитую девушку, которая во время гражданской казни Чернышевского бросила ему букет цветов? Почему она столь живо интересуется судьбой Шелгуновых, как раз в это время отправившихся в Сибирь, чтобы навестить, а если возможно, то и организовать побег с каторги их друга Михаила Илларионовича Михайлова? Кто такой П. и московский студент, о котором она говорила Полонскому? Кто такая Елена Андреевна? Какова судьба статьи Варфоломея Зайцева, которая должна была появиться в ноябрьской книжке «Времени» Достоевского и не появилась там?… На некоторые из этих вопросов пока ответа нет. Кое-что объясняют показания Варвары Зайцевой на следствии по делу «Земли и Воли», которое было начато III отделением в связи с арестом землемера Андрущенко. Зайцева, привлеченная по этому делу, показывала здесь, что приехала в Москву к брату с матерью весной 1862 года, из Москвы же выехала в июле 1863 года в деревню Подол Шлиссельбургского уезда, где гостила у своих знакомых Михаэлис, оттуда в сентябре переехала в Петербург.
Вне всякого сомнения, до весны 1862 года Варвара Зайцева с матерью какой-то срок жила в Петербурге, сдружилась с семьей Шелгуновых и, в частности, с Машей Михаэлис, с Маркеловой и другими представителями передовой петербургской молодежи шестидесятых годов. Отсюда понятны и ее короткие отношения с Полонским, который в это время был очень дружен с М.И. Михайловым. Когда в 1864 году Я. Полонский давал показания о поведении Варвары Зайцевой в связи с привлечением ее по делу общества «Земля и Воля», он сообщил: «Девицу Варвару Зайцеву я знаю года четыре времени. Поведения она хорошего и в предосудительных поступках мною не замечена». Владимир Ковалевский и Виссарион Висковатов показали в это же время и по тому же поводу, что они знают Варвару Зайцеву «два года времени». То есть Полонский знал Варвару Зайцеву с 1860 года — ей было в ту пору пятнадцать лет, В. Ковалевский и В. Висковатов знакомы с ней с 1862 года. Понятно, и кто такая Елена Андреевна, чью карточку Варвара Зайцева просила Полонского переслать. Это Е. А. Штакеншнейдер, старшая дочь петербургского архитектора Штакеншнейдера, в чьем доме в пору шестидесятых годов был известный литературный салон. На вечерах у Штакеншнейдеров бывали многие литераторы столицы, и в частности Я. П. Полонский. Об этом свидетельствуют в своих воспоминаниях Е. А. Штакеншнейдер и Л. Ф. Пантелеев. Кстати, он же сообщает, что у Я. П. Полонского бывал студент Петербургского университета М. Покровский, друг Андриана Штакеншнейдера, брата Елены Андреевны, Вместе с Евгением Михаэлисом, братом Маши Михаэлис и Людмилы Шелгуновой, Покровский был о дням из руководителей студенческого движения в Петербурге и, как пишет Л. Пантелеев, «в студенческой истории 1861 г. играл чуть не самую выдающуюся роль». Вместе с тем он был очень дружен со Страховым, ближайшим сотрудником Ф. Достоевского по журналу «Время». Можно предположить, что некий П., у которого Полонский должен был спросить нечто интересующее Варвару Зайцеву «о московском студенте», не кто иной, как вожак петербургского студенчества Михаил Покровский.
Дружба Варвары Зайцевой с семьей Шелгуновых, с Машей Михаэлис и ее братом, участником студенческих волнений шестидесятых ходов, с Я. Полонским и другими петербуржцами бросает свет на близкое знакомство Варфоломея Зайцева с семьей Шелгуновых до его переезда в декабре 1862 года в Петербург. Из переписки Шелгунова с женой, опубликованной в книге «Из далекого прошлого», видно, что Шелгунов лично знал и любил Бубку, как он называет Варфоломея Зайцева, хотя, казалось бы, их личное знакомство совершенно исключено. Варфоломей Зайцев, по его собственным показаниям, приехал из Москвы в Петербург в декабре 1862 года. Н. В. Шелгунов е женой оставили Петербург и уехали к осужденному Михайлову в Сибирь в мае 1862 года. Там Шелгунов был арестован и в апреле 1863 года под охраной привезен в Петропавловскую крепость. В крепости до 22 июля 1863 года ему не разрешали свиданий даже с женой. Позже свидания были разрешены, но только с родными. 24 ноября 1863 года Шелгунов был выслан в город Тотьму Вологодской губернии. Встреча с Зайцевым в 1863 году была для него невозможна. Значит, он знал не только Варвару, но и Варфоломея Зайцева еще до своего отъезда в Сибирь. Жена его, Людмила Петровна, летом 1863 года возвращалась из Сибири одна, в сопровождении иркутского купца Пестерева. Будучи арестован за сношения с Герценом, Пестерев показал, что летом 1863 года, сразу после того, как он отправил Шелгунову из Москвы в Петербург, к нему приходили с поручением «две барыни — это были Зайцевы, — дочь с матерью, и отрекомендовались как знакомые Шелгуновой, от которой я слышал про них. Они объяснили, что Шелгунова поручила им взять забытый ею в моем чемодане чай и что Людмила Петровна теперь в С.-Петербурге, причем просила навестить их в Богородском, где они живут на даче».