Казачья команда, в составе которой предстояло воевать Пугачеву, быстрым маршем направилась в Пруссию. Шла Семилетняя война менаду Россией и королевством Фридриха II, начавшаяся несколько лет назад. По прибытии на фронт донцы попали в состав корпуса графа З.Г. Чернышева, имя и звание которого Пугачев впоследствии присвоит И.Н. Чике-Зарубину, одному из смелых и энергичных своих сподвижников.
Года два провел Емельян на фронте. Участвовал в нескольких сражениях, отличился. Несомненно, он обратил на себя внимание смелостью и неустрашимостью, большой расторопностью. Илья Федорович Денисов, полковник, командир пятисотенного отряда донцов, «за отличную проворность» взял Пугачева в ординарцы. Но, как скажет позднее А.С. Грибоедов, «минуй нас пуще всех печалей и барский гнев и барская любовь» — однажды в суматохе ночного боя ординарец упустил одну из лошадей начальника, и его гнев не замедлил обрушиться на Емельяна. По приказу командира провинившегося нещадно бьют плетью. Несомненно, эта жестокость и несправедливость запали в душу горячего и вольнолюбивого казака.
Война скоро закончилась. Смерть (в 1761 году) русской императрицы Елизаветы Петровны, дочери великого Петра, сделала императором ее племянника Петра III Федоровича, ничтожного внука «северного властелина». Крайне ограниченный, бывший голштинский герцог, с восторгом принимавший прусскую военную систему с ее муштрой и бездушием, став во главе огромной империи, сразу же прекратил войну с любимым его сердцу прусским императором. Фридрих II, не раз терпевший жестокие поражения от русских войск, взявших в 1760 году Берлин, помышлял даже о самоубийстве. Но судьба переменчива — Россия в мгновение ока из врага превратилась в союзника. Русские войска уходят из Пруссии на свои квартиры.
Пугачев возвращается домой. Три года войны дали ему немало. Он повидал белый свет, побывал в русских, украинских и белорусских городах и селениях. В Польше увидел Торунь, Познань и Кобылин. Боевой опыт участника ряда сражений пригодится ему впоследствии. К тому же не тронули его ни пуля, ни сабля. «Ничем не ранен» (его слова), он прибыл в Зимовейекую к жене. Прожил здесь года полтора, стал отцом — у него родился сын Трофим. Но скоро, в 1764 году, снова объявили службу — в составе казачьего отряда Елисея Яковлева Пугачев оказывается в знакомой ему Польше. На этот раз предстояли дела не военные, менее опасные, но малоприятные — нужно было ловить беглых русских старообрядцев в приднепровских раскольничьих скитах и слободах, возвращать их в Россию. Эта служба столкнула Емельяна со старообрядцами, сыгравшими потом немалую роль в его судьбе. Донская команда выловила много беглых. Их привели в Чернигов. Отряд распустили, и Пугачев снова дома, на этот раз года три или четыре.
Время, в которое жил Пугачев, было богато войнами. Славу русскому оружию добывали солдаты Суворова и Румянцева, моряки Ушакова и Спиридова… Шесть лет спустя после войны с Пруссией начинается война с Турцией. Пугачева зачисляют в команду полковника Ефима Кутейникова. Два года он служил в действующей армии, в составе войск П.И. Панина — будущего душителя Пугачевского восстания. Опять Емельян участвует в сражениях, в том числе под Бендерами, снова проявляет «отличную проворность» и храбрость. Пугачев получает за воинские заслуги чин хорунжего — младший офицерский чин у казаков.
Боевой казак, ставший офицером, вероятно, выделялся среди однополчан не только храбростью на поле боя. Чувствуется, что и в кругу товарищей он стремился быть не на последнем месте, «произвесть себя, — по его словам, — отличным от других». Ему свойственно несомненное честолюбие; будучи по натуре живым и сметливым, он стремился обратить на себя внимание окружающих — ему «отличным быть всегда хотелось». Характерен в этом смысле один эпизод. У него была, очевидно, хорошая сабля. Он не раз, вероятно, показывал ее товарищам по службе. А однажды Емельян стал уверять их, что оружие подарено ему не кем иным, как Петром Первым, который-де был его крестным дедом, хотя тот умер более чем за полтора десятилетия до его появления на свет.
Так текла служба. Случалось всякое — хорошее и плохое. После взятия Бендер полк Кутейникова отвели на зимние квартиры в село Голую Каменку близ Елизаветграда (ныне Кировоград). Здесь храброго хорунжего, которого не брали ни пуля, ни сабля, одолела хворь — «гнили у него грудь и ноги». Емельян, вероятно, простудился; он сильно страдал физически и потому вскоре снова оказался на Дону. Дело в том, что Кутейников послал по приказу командования сотню казаков домой для «исправления лошадьми» — для пополнения полка конским составом, поредевшим в военных походах. В нее включили и больного Пугачева.
В родной станице он продолжал болеть и в армию не возвратился. Вместо себя нанял казака Михаила Бирюкова, дал ему для службы две лошади с седлами, зипун, бурку, саблю, 12 рублей денег, «харч всякий». Стоило все это, конечно, немалые деньги. Больного Емельяна навещают станичники. Старые казаки советуют ему ехать в Черкасск — столицу Войска Донского — проситься в отставку. Тот так и поступает.
Летом 1771 года станичный атаман Трофим Фомин вручает ему паспорт, и Пугачев отплывает на лодке вниз по Дону в Черкасск. Дома остаются жена Софья, сын Трофим и дочери Аграфена и Христина. В Черкасской войсковой канцелярии (было это 11 или 12 июля) он предъявляет свой паспорт.
— Зачем ты сюда приехал? — услышал Емельян от войскового дьяка Колпакова.
— Я, батюшка, приехал сюда за болезнью своей проситься в отставку. У меня гниют ноги и грудь.
— Тебя отставить нельзя, надобно прежде лечь здесь в лазарет и лечиться; и когда уже тебя вылечить будет нельзя, то тогда отставят.
— Нет, я в лазарет не пойду, а лучше стану лечиться на своем коште, — решил Пугачев, поклонился дьяку и вышел.
На улице Емельян повстречал неизвестного ему есаула и, вероятно, рассказал о своем деле. Тот отсоветовал:
— На что тебе отставка? Ведь коли болен, тебя на службу не пошлют. А если выздоровеешь, то отставить нельзя.
Емельян решил, что так действительно будет лучше. С тем и вернулся на квартиру, где остановился. Хозяйка казачка Скоробогатова выслушала его рассказ и тоже отсоветовала ложиться в лазарет:
— Нет, Пугачев, не ходи в лекарство, ведь оно очень трудно. Покажи-ка ты мне свои ноги.
Тот послушно снял сапоги.
— Лечись ты, — продолжала казачка, осмотрев раны, — из убитых баранов легкими; прикладывай легкое к ранам — и тебе легче будет.
Больной три дня, покупая на базаре бараньи легкие, прикладывал к ногам; вроде бы стало ему легче. На четвертый день он засобирался, но не домой в Зимовейскую, а в Таганрог — там жили сестра Федосья и ее муж Симон Никитич Павлов, тоже казак Зимовейской станицы. В начале войны с Турцией (1768—1774 гг.) его вместе с другими направили в Таганрог с Дона «на вечное житье». Казаки, и Павлов в их числе, были очень недовольны своим положением — тяжелой службой с ее «регулярством», лишениями.
Пугачев получил разрешение войскового атамана и на лошади, нанятой у той же Скоробогатовой за два пуда пшеницы и два пуда муки, приехал к сестре и зятю. Они обрадовались Емельяну, и за угощением и разговорами он услышал об их житье-бытье, жалобы на то, что казаки, поселенные в Таганроге, лишены своих старинных прав, нарушаются их обычаи.
— Здесь жить трудно, — говорил Емельяну Симон, — лесу нет, и ездят за ним недели по две. Заведены полковники и ротмистры, и совсем не так поступают с казаками, как на Дону: нас хотят обучать ныне по-гусарски и всяким регулярным военным подвигам.
— Как это? — удивился Пугачев. — Кажется, не годится, чтобы переменять устав казачьей службы. Надобно просить, чтоб оставили казаков на таком основании, как деды и отцы Войска Донского служили.
— У нас много переменено, — с грустью продолжал Павлов. — Старшин у нас уже нет, а названы вместо оных ротмистры, Когда начнут обучать нас не по обыкновению казацкому, то мы, сколько нас ни есть, намерены бежать туда, куда наши глаза глядеть будут. Многие уже бегут, да и я согласился с тремя казаками бежать.
— А куда же ты хочешь бежать?
— Коли в Русь побегу, то с женой; а если без жены, то хотя в Сечь Запорожскую.