Подобные меры привели к тому, что армия Пугачева на первом этапе войны не страдала от недостатка провианта. После его поражения под Оренбургом и ухода от него губернатор 8 апреля 1774 года сообщал императрице, что «в бывшем стане самозванца найдено столько продовольствия, что пятнадцатитысячное население города было обеспечено им на десять дней».
Местные повстанческие отряды, действовавшие самостоятельно, нередко далеко от главного войска, тоже снабжались путем конфискации помещичьего хлеба и скота, овса и сена. Когда этого не хватало, обращались к крестьянам, вручая им расписки (впоследствии-де расплатятся). Местные жители не только давали восставшим все необходимое, но и заготавливали продовольствие на будущее; они «во всех почти жительствах… безоговорочно давали на службу людей, так и провиант и фураж».
При Пугачеве имелась «государственная казна», которой заведовал Шигаев. В нее шли конфискованные деньги, ценности из правительственных учреждений, помещичьих имений, а также суммы, вырученные от продажи соли и вина. Из казны выплачивали жалованье повстанцам, давали им награды, платили деньги за провиант, фураж. То же делали в отрядах атаманы, имевшие свою казну. Выплаты производились нерегулярно — в зависимости от того, «как деньги случатся». Помимо собственно повстанцев, деньги, «заработную плату» получали из рук атаманов работные люди уральских заводов. Их семьи в условиях восстания, нередкой остановки работ могли бы иначе оказаться в сложных, безвыходных условиях, и повстанцы заботились о них.
Суд сначала осуществляли сам Пугачев и его атаманы на местах. С учреждением же Военной коллегии все серьезные дела (по которым могла угрожать смертная казнь) перешли в ее ведение. О том вышел ее специальный указ: «Чтобы впредь некому смертной казни не чинить, но посылать виновных в Берду». Ослушников, не подчинявшихся указу, надлежало присылать в «Государственную военную коллегию за караулом», то есть под охраной. Указ, как правило, исполнялся. В коллегию привозили со всех сторон помещиков, чиновников, всех, кто в глазах восставших являлся «злодеем», изменником их делу. Виновных казнили. В случае, если доказательства вины в глазах судей Военной коллегии были недостаточными, виновных отпускали, а они давали клятву в своей невиновности. Судебное разбирательство происходило устным порядком, приговор же часто писали на бумаге и зачитывали всем присутствующим.
Для связи Бердской слободы с отрядами, атаманами существовала «подводная гоньба», «нарочная почта» (посылали ямщиков на санях, подводах, нарочных с поручениями, бумагами).
Военная коллегия под Оренбургом перестала существовать с 1 апреля 1774 года, после поражений Пугачева. Ее бумаги по приказанию «государя» сожгли при отступлении на хуторе Углицком («все производимые в Военной коллегии дела»). Большинство ее членов, работников погибли в боях, попали в плен. Впоследствии на Урале Пугачев снова создал ее. Но она имела уже немного членов, занималась в основном делами, связанными с руководством, так сказать, полевыми военными делами. Во главе коллегии встал И. Творогов, будущий изменник, секретарем — Иван Яковлевич Шундеев, повытчиком — Александр Седачев, из работных людей Вознесенского завода, позднее, после его гибели у крепости Магнитной, — Григорий Туманов, переводчик конторы Воскресенского завода, один из самых боевых и активных пугачевских атаманов, действовавший в районе Челябинска и Миасса. Сражения с неизбежными потерями снова вели к заменам. Так, секретарем коллегии стал беглый мценский купец Иван Трофимов под именем Алексея Дубровского, повытчиком — Герасим Степанов, бывший ранее заводским конторским писарем. Они сопровождали Пугачева до последнего сражения у Черного Яра, в ходе которого первый попал в плен и умер от пыток, второй пропал без вести.
Весной и летом 1774 года коллегия не могла уже, не успевала руководить местными отрядами, хотя связь с некоторыми из них поддерживала. Главное, чем она занималась, — мобилизация сил и средств для главного войска Пугачева. По пути его следования она подчас создавала органы повстанческого самоуправления, но это были отдельные, хаотические попытки. В целом коллегия не могла более или менее серьезно вникать в подобные заботы.
Военная коллегия сопровождала Пугачева до его окончательного поражения, но в конце существования главной армии, когда она под ударами карателей стремительно отступала от Казани на юг по правобережью Волги, занималась делами эпизодически, импульсивно. Элементы организованности на втором (от Оренбурга до Казани) и особенно на третьем (от Казани до Царицына и Черного Яра) этапах становились все менее заметными.
Указанная эволюция повстанческих учреждений, прежде всего Военной коллегии, характерна и для войска Пугачева, его состава, вооружения, ведения борьбы с врагом. Главное, или большое, войско Пугачева делилось на полки («части», «команды», по казацкой терминологии). Они составлялись по разным признакам — социальному, национальному, территориальному. Имелись полки яицких казаков (командир — войсковой атаман Андрей Афанасьевич Овчинников), илецких казаков (Иван Александрович Творогов), казаков из Оренбурга и крепостей, форпостов, захваченных повстанцами (Тимофей Иванович Падуров), исетских казаков (Петр Захарович Балдин). Башкирский полк возглавлял Кинзя Арсланов, татарский (из Сеитовской или Каргалинской слободы) — Мусса Алиев и Садык Сеитов, калмыцкий (из Ставрополя на Волге) — Федор Иванович Дербетев, полк работных людей уральских заводов — Афанасий Тимофеевич Соколов-Хлопуша, «над заводскими крестьянами полковник», и т. д. Подпоручик Михаил Александрович Шванович, ставший у Пугачева «есаулом», «атаманом», возглавил полк пленных солдат.
Полки делились на роты по 100 человек в каждой во главе с сотниками, при них — есаулы, хорунжие. Всех командиров избирали на войсковом круге. Кандидатуры предлагал Пугачев или кто-либо из предводителей. Их обсуждали и утверждали «с общего согласия». Некоторые полковники по разрешению Пугачева сами «жаловали» в сотники, есаулы.
В войске, отрядах заводились казацкие порядки. Все объявлялись «государственными казаками». В них записывались крестьяне, работные люди и другие, которых остригали по-казацки. В полках и отрядах пытались заводить списки-реестры, но не всегда это удавалось из-за большой текучести их состава.
В главном войске под Оренбургом Пугачев проводил «учения», соревнования в воинском искусстве — устраивал скачки, стрельбы из ружей, пистолетов, орудий.
Из пушек хорошо стреляли некоторые канониры, имевшиеся в войске, особенно же Волков, которому Пугачев за хорошую службу дал звание сотника и большое вознаграждение. Сам «император» метко палил из орудий, стрелял из ружья; по отзывам, «он на всем скаку пробивал из ружья на предельном расстоянии кольчугу, набитую сеном, или попадал в шапку, поднятую на пиках».
Бердский лагерь Пугачева окружили караулы, дозоры, пикеты. Но паролей не употребляли. Когда дозор окликал кого-либо, кто приближался к лагерю, то достаточно было услышать в ответ: «Казаки». Конечно, пришедших или приехавших допрашивали, выясняли: кто они, откуда, зачем явились? В лагере «вестовая» пушка подавала сигналы подъема и отбоя. По тревоге же поднимали звоном колокола «наподобие набата».
Пугачев, коллегия, командиры требовали соблюдения дисциплины, стремились держать повстанцев в «послушании», «великой строгости», служебном «усердии». Недисциплинированность, особенно дезертирство, измена строго карались. Отпускные «билеты» (или «жестяные билеты») выдавались тем, кто освобождался от службы. В пугачевском лагере «которые хотя в малейшем подозрении к уходу окажутся, тот же час казнены бывают смертию».