Жалованье (то по 1 рублю, то по 5—6 рублей на человека в разное время, в зависимости от наличия денег в казне у Шигаева) раздавали пугачевцам сотники, есаулы.
Такие же порядки существовали в местных отрядах, подчас довольно многочисленных, называемых иногда повстанцами «армиями». Особо следует выделить среди них отряды, которые возглавляли Иван Наумович Бело-бородов, бывший артиллерист, канонир, «главный атаман и походный полковник»; Иван Никифорович Чика-Зарубин («граф Чернышев»), предводитель повстанческой армии под Уфой; Иван Степанович Кузнецов, бригадир, «главный российского и азиатского войска предводитель»; Салават Юлаев, «походный полковник» и бригадир; Иван Никифорович Грязнов, «главной армии» полковник. Свой отряд («корпус») Белобородое разделил на сотни — русскую (командир С. Варенцов), башкирскую (Е. Азбаев), марийскую (О. Оскин). Его «сибирский корпус», в котором командир поддерживал строгую дисциплину, пять месяцев воевал с врагами самостоятельно. Белобородов знал Пугачева только по манифестам, которые подняли на борьбу заводских крестьян Урала; ее и возглавил этот отважный и умелый предводитель, командир. В конце февраля 1774 года он послал делегацию к Пугачеву, а 6 мая соединился с ним у крепости Магнитной. Пугачев и его люди приняли «сибирский корпус» за регулярное правительственное войско — до того стройно он выглядел во время марша.
Командный состав главной армии Пугачева, Военной коллегии, отрядов насчитывал до двух сотен человек; среди них более четверти (52 человека) — казаки, затем идут крепостные крестьяне (38 человек), заводские работники (35 человек), башкиры (30 человек), татары (20 человек), калмыки (12 человек). Среди командиров ведущее место занимали казаки, так как они выступали инициаторами, организаторами движения. Казаки имели навыки в военном деле, что отсутствовало у крестьян, работных людей, у большинства участников Крестьянской войны. Но по общей численности казаки и в главной армии, и в отрядах составляли, конечно, незначительную часть. В борьбу с карателями были втянуты в той или иной мере десятки, даже сотни тысяч людей; прежде всего это, конечно, крестьяне крепостные, государственные (в том числе ясачные — из башкир, татар и других нерусских народов), работные люди и прочий люд. Казаков же (в собственном смысле слова, не по названию) насчитывалось, несомненно, не более нескольких тысяч.
Войско и отряды собирались из «охотников». Рекрутские наборы Пугачев, зная о ненависти к ним населения, отменил. «Охотники» шли к повстанцам целыми «командами», то есть группами, отрядами, или поодиночке. Нередко жители сами просились к Пугачеву, в его войско, «давали… вооруженных людей», «самопроизвольно», «охотою». Канзафару Усаеву, одному из активных борцов, полковнику, Пугачев указывал «из приклонившегося ж народу набирать, всячески, стараясь достаточное число войска». И он и другие так и поступали. На следствии Емельян Иванович показал: «Я и так столько людей имел, сколько для меня потребно, только люд нерегулярный».
Его помощники, полковники тоже проводили такую политику в сборе людей. И.С. Кузнецов брал к себе только «верно приклонившихся». К Бахтиару Канкаеву в Казанском уезде «люди вседушне весьма охотно… желают в службу стари и маловозрастани».
Такой подход, сопровождавшийся обещаниями «всех крестьянских выгод», приводил к тому, что в Берду со всех сторон люди шли «всякий день толпами». В ноябре 1773 года «скопились для принятия службы всякого сорту людей около пяти тысяч».
Постепенно, с ростом потребностей в людях, наступлением карателей, расширением района восстания, повстанческие власти, сам Пугачев прибегают к принудительным мобилизациям («набирал людей силою»). Но одновременно имел место и добровольный приток «охотников», продолжавшийся до конца существования главного войска и отрядов.
Восставшие считали, что борются за общее народное дело, и потому все способные сражаться должны вступать в их ряды. Таково было настроение большинства жителей в тех местах, где происходила Крестьянская война, хотя имелись, конечно, и несогласные, и равнодушные к их делу люди.
Пугачевцы воевали под знаменами, на которых имелись изображения раскольничьего креста, Николая-чудотворца, Иисуса Христа, надписи (например, с текстом призывов пугачевских манифестов). Медали, которыми награждали отличившихся, делали из рублевых серебряных монет с портретом Петра I (медаль на погребение Петра I), их прикрепляли к лентам и носили на левой стороне груди. Они имели разные размеры — «побольше» и «поменьше», всего их Пугачев вручил «с двадцать» экземпляров. На монетах одни изображения и надписи оставляли, другие удаляли, делали новые, припаивали к ним серебряное ушко, чтобы продеть ленту.
Войско Пугачева, отряды включали пехоту, конницу, артиллерию. Помимо захваченных в разных местах пушек, восставшие употребляли орудия собственного литья («злодейского литья», как квалифицируют его правительственные документы). Делали их уральские горнорабочие разных заводов — Авзяно-Петровского, Воскресенского, Саткинского и других. Предназначались они для разных целей (осада, полевые действия), имели разный калибр, вес (гаубицы, мортиры, единороги и др.). Лили пушки из меди, чугуна, бронзы. Работные люди с большой охотой выполняли поручения, наказы Пугачева. В песне оренбургских казаков «Уж ты, ворон сизокрылый», которая навеяна событиями Пугачевского восстания, девушка спрашивает о своем милом ворона, и тот отвечает ей:
Пушки устанавливали на санях, иногда на них приделывали круг, чтобы вести круговой обстрел.
На тех же заводах для Пугачева делали порох, ядра, бомбы, гранаты с картечью. В Бердской слободе создали специальную мастерскую, в которой «ядра и бомбы чинили (то есть начиняли порохом. — В. Б.) и заряды делали». После поражения Пугачева каратели взяли в слободе более 1,1 тысячи ядер, 390 гранат, 18 пудов «дроби» и др., все — «злодейского литья». Качество этих снарядов нередко было плохим — не хватало мастеров, все делалось спешно.
Мастерскую в Берде возглавил Степан Игнатович Калмыцкий, бывший канонир Оренбургского батальона. Имелись и другие умельцы — заводские крестьяне с Воскресенского завода Василий Макшанцев («умеющий механической науке»), Василий Алимпиев («умеющий литья заводских чугунных припасов»), Василий Логинов («выученный архитектурии и умеющий рисовать»). Их разыскал в лагере Грязнов. На уральских заводах побывали ближайшие помощники Пугачева — Соколов-Хлопуша, Чика-Зарубин, Шигаев, И. Ульянов, Я. Антипов. Нашлись новые мастера, которые делали пушки и припасы для Пугачева.
Из числа трофейных и изготовленных для войска пушек у Пугачева уже к концу ноября 1773 года была создана своя артиллерия из 70 единиц; к концу декабря — уже более 100. Под Уфой у Зарубина имелось 25 пушек, у Грязнова под Челябинском — еще 25. Из этих примерно 150 орудий новоизготовленных насчитывалось около 20, то есть почти одна седьмая всей артиллерии, имевшейся у трех осажденных восставшими городов на первом этапе Крестьянской войны. Несомненно, орудия (хотя и небольших калибров и в малом количестве) имелись и в других отрядах.
По отзывам царских генералов (Фрейман, Кар, Голицын, Михельсон), повстанцы-артиллеристы действовали «весьма проворно», наносили немалые потери врагу. Они хорошо владели техникой навесной стрельбы, устраивали укрытия для орудий (мешки с песком, снежные валы, рогатки), укрывали их в лощинах, под прикрытием гор, прятали за возами с сеном, соломой. Искусно маневрировали на поле боя.
У Пугачева было до 600 артиллеристов. Артиллерию возглавлял пугачевский полковник Федор Федорович Чумаков из яицких казаков. Хорошими артиллеристами, помимо самого Пугачева, были Белобородов, Соколов-Хлопуша, Иван Шишка (демидовский крестьянин), Степан Калмыцкий, Тимофей Коза (заводской мастеровой). Согласно Почиталину, «лутче всех знал правило, как в порядке артиллерию содержать, сам Пугачев». Ему вторит Падуров: «Пушки и прочия орудии большой частию наводил сам самозванец, а иногда и канонеры». Недаром в народе сложилась легенда, согласно которой Пугачев «один управлял батареей из 12 орудий; он успевал и заправить, и наводить, и палить, в то же время войску приказания отдавать».