Число восставших увеличивалось. Во главе их встал походный старшина Тамьянской волости Ногайской дороги Качкин Самаров. Опытный военачальник, он в прошлом участвовал в военных кампаниях. Приехал в Берду после поражения Кара (до этого отклонял приглашения о том). Кинзя Арсланов представил его Пугачеву, и тот, утвердив его в звании старшины, поручил ему поднимать людей на восстание в Башкирии. Вместе с ним башкирские отряды возглавляли Каранай Муратов, Канбулат Юлдашев, Ибрагим Мрясев и другие предводители. Все они действовали под Уфой и в других местах. Немало подчиненных им башкир оказалось, как уже упоминалось выше, в главном войске под Оренбургом. Туда же из Башкирии восставшие посылали большое количество лошадей, так что пугачевская рать в значительной мере была конной. А это в зимних условиях позволяло вести успешные действия против пехотных частей противника.
Повстанцы уже в конце ноября — начале декабря появились под стенами Уфы. Но их переговоры с гарнизоном, попытки склонить его к сдаче ничего не дали. Вооружены они были плохо — луками, копьями, рогатинами. Предводители отправили нарочного к Пугачеву. В прошении к нему писали: «Мы, Казанской дороги башкиры и служилые татары, черемисы и дворцовые крестьяне, все, согласись, милосердному государю Петру Федоровичу склонились. Что бы его величество ни приказал, мы свои услуги показать должны, не пожалея сил своих до последней капли крови. Для того мы всепокорнейше просим Вашего царского милосердия в нашу сторону прислать войска и несколько пушек». Далее они уверяли, что без пушек «супротивников Вашему величеству» не могут «сократить», сообщали, что сейчас у них «подкомандующих» — одна тысяча человек. Дополнительно объявили набор — «с каждого двора по одному казаку со всеми ружьями», то есть всяким вооружением (необязательно с собственно ружьями, огнестрельного оружия как раз и не было).
Ссылаясь на «императора Петра Федоровича», Качкин Самаров в начале декабря рассылает по Башкирии предписания о высылке людей «со всяким оружием» к Уфе. В увеличившемся войске под Уфой начались трения на национальной почве. Немалой остроты достигали подчас отношения между башкирами, которыми командовал Качкин Самаров, и русскими, возглавлявшимися уфимским казаком Иваном Васильевичем Губановым. Трения имели место и в других районах, и Пугачеву не раз приходилось разбирать жалобы и споры подобного рода. По словам Творогова, создание Военной коллегии было связано не в последнюю очередь именно с этим обстоятельством — сильно «наскучило» Пугачеву «разбирать многие жалобы на башкирцев».
Разногласия и трения под Уфой обеспокоили Пугачева, и он, воспользовавшись тем, что в это время на Воскресенском заводе находился Чика-Зарубин, назначает его главным начальником, командующим всеми силами, которые имелись и будут собраны потом под Уфой.
Зарубин, человек еще молодой (ему было 36—37 лет), энергичный п решительный, умный и самостоятельный во мнениях и решениях, быстро взялся за дело. Взяв себе в помощники Илью Ульянова, 30 рабочих Воскресенского завода, он направился к северу. По дороге набрал до 500 человек и 14 декабря прибыл в Чесноковку. Имея полномочия чрезвычайные, относящиеся ко всей Башкирии и Уралу, Чика, получив к тому же от Пугачева повеление именоваться «графом Иваном Чернышевым», создал и возглавил второй повстанческий центр, смело и самостоятельно руководивший восстанием в очень обширном районе.
В первую очередь Зарубин навел порядок в повстанческих войсках и отрядах, особенно под Уфой. Прекратил быстро и решительно конфликты на национальной почве. Его приказ от 14 декабря на этот счет получил походный старшина, «государю верный слуга» Аиса на Воскресенском заводе — он должен был повстанцев «в хорошем порядке» «утверждать», не допускать, чтобы башкиры, мишари, татары обижали подданных «Петра Третьего». Через четыре дня Военная коллегия из Берды послала о том же указ Зарубину, поддерживая его меры. В нем перечислялись грабежи и убийства «башкирских и мещерятских команд» в русских селениях. От них страдали не только русские помещики, но и их «люди», то есть крестьяне. Коллегия приказывала вернуть крестьянам «разграбленное имение», а впредь таким «злодеям», то есть обидчикам, чинить смертную казнь.
Зарубин, пресекая подобные действия команд Качкина Самарова, Канбулата Юлдашева, тем не менее, наведя порядок, не только не отстранил их от командования, но и сделал их своими ближайшими помощниками.
Зарубин, действуя с согласия Пугачева, при его полном доверии, развернул деятельность в разных направлениях: формирование и вооружение повстанческого войска и многих отрядов на местах, руководство их действиями, особенно под Уфой, налаживание отношений с нерусскими отрядами, народностями, организация новой выборной власти восставших в захваченных ими местностях, распределение продовольствия, пресечение мародерства, посылка в Берду, к Пугачеву, людей, вооружения, боеприпасов, провианта. При нем в Чесноковке сложился своего рода военный и административно-финансовый центр, штаб по руководству движением в Башкирии, на Урале, в Западной Сибири. Чесноковка стала второй Бердой, а его войско — второй армией восставших.
Предводитель чесноковского центра имел помощников, назначал полковников и атаманов, рассылал приказы, «наставления», которые скреплялись печатью с надписью: «Графа Ивана Чернышева печать». Все население после зачтения в церквах манифестов приводилось к присяге на верность императору Петру III. С каждого двора брался без всяких отговорок человек с оружием в войско восставших. К Зарубину и без приказов, добровольно, шли со всех сторон люди — крестьяне, работные люди, башкиры и др.
По прибытии Зарубина в Чесноковку восставших числилось до 4 тысяч человек. Недели через полторы их уже было около 10 тысяч, затем — 12 тысяч, даже до 15 тысяч. Чика посылал отряды по заводам, и они привозили оттуда все, что нужно. Так, Иван Степанович Кузнецов побывал на Саткинском, Златоустовском, Катав-Ивановском заводах, взял там и доставил под Уфу более 50 пушек, несколько сот ружей, до 100 пудов пороху, 10 тысяч рублей денег.
Повеления Зарубина, который приказывал местным повстанческим властям помогать населению (продовольствием и др.), выполнялось охотно. Ему повиновались беспрекословно, понимая, что он действует во имя интересов простых людей. В одном из наставлений, которое было выдано выборным на Рождественском заводе атаману Семену Ивановичу Волкову и есаулу Василию Меркульевичу Завьялову, «граф Чернышев» им указывает:
«Надлежит вам свою команду содержать в добром порядке и ни до каких своевольств и грабительств не допускать. А ежели кто окажется его императорскому величеству противником, а вам ослушником, таковых по произволению вашему наказывать на теле, смотря по вине. Напротиву того и вам самих себя к худому состоянию не подвергать и во всегдашнем времени его величества манифесты и указы должны чувствовать и непременное исполнение чинить, за что вы можете получить особливую себе похвалу. Команде своей никаких обид, налогов и разорений не чинить и ко взяткам не касаться, опасаясь за ваш проступок неизбежной смертной казни. Притом старание прилагайте по посылаемым от меня к вам ордерам и прочим повелительным от меня письмам исполнение чинить в немедленном времени. И где что видеть можете интересу казенному какую трату, о том немедленно меня рапортуйте. Также где окажутся его величеству злодейския партии, таковых всемерно стараться с командой своей ко всеконечному истреблению приводить и верноподданных сынов отечеству защищать. Когда потребую из команды вашей в службу его величества, то по тому требованию хороших и доброконных и вооруженных ребят в немедленном времени отправлять ко мне. А в службу набирать надлежит таковых, чтобы не были старее 50 и малолетнее 18 лет».