Капитан-поручик Маврин освободил часть яицких казаков и дал им вернуться в родные места. Кнут и пряник, как всегда, дополняли друг друга. Казакам раздавали муку и другую провизию, а те в свою очередь проклинали самозванца, сбившего их с пути истинного…
Пленили Пугачева его соратники: Творогов, Чумаков и др. до смешного просто. Он было попытался уйти верхом, но был настигнут и связан. Затем его развязали и он, захватив оружие, пытался поднять рядовых казаков против старшин и даже пытался застрелить Чумакова. Силы были неравны. Никто не поддержал бывшего императора, и дело было сделано окончательно. Заковал Пугачева в кандалы Маврин, а казаки, его приведшие были отпущены на поруки. Вскоре был пленен с небольшой группой казаков соратник Пугачева Перфильев. Его буквально принудили вернуться в Яицкий городок, где он после перестрелки был арестован.
16 сентября в Яицкий городок прибыли Суворов и князь Голицын, желавшие лично убедиться в поимке Пугачева. П.М. Голицын и многие другие якобы бившиеся с самозванцем, включая Державина, поспешили отрапортовать Панину о поимке Пугачева. Курьеры с новостью летели наперегонки, дабы первыми успеть быть обласканными властями. Началась и борьба за право владеть поверженным самозванцем между П. Потемкиным и П. Паниным. Последний приказал (!) Суворову доставить «злодея» к нему в Симбирск. Как старший начальник Суворов взял Пугачева под стражу и доставил главнокомандующему Панину. Конкурентная борьба за право «владеть» Пугачевым привела в дальнейшем к вражде придворных клик, нанесшей много вреда России.
Подведем итоги. Восстание обнажило серьезные проблемы в управлении страной. Многие местные начальники, ссылаясь на недостаток сил, сдавались на милость Пугачёва. Более того, на сторону его переходили не только казаки, но и солдаты регулярных войск вместе с некоторыми командирами. На местах, как это отчетливо показали события в Саратове, не было единства не только военных и гражданских властей, но иных своеобразных структур (управление переселенческими колониями и т. п.). Конкурентная борьба многочисленных начальников, очень напоминавшая местничество, катастрофически мешала борьбе с внутренней угрозой, от кого бы она не исходила.
Пугачев был пленен, но пугачевщина на этом не закончилась. По всем губерниям появлялись свои маленькие Пугачёвы, крестьянские вожди, успешно сражавшиеся с правительственными войсками. Салават Юлаев и по сей день значится среди героев башкирского народа. Его именем назван хоккейный клуб, один из сильнейших в стране. Именно Суворову было поручено Паниным разбить башкирских повстанцев.
Пугачев был страшен властям как миф и легенда. Назначение Панина, о котором знали, что его брат является воспитателем наследника престола Павла, вызвало в народе слухи о том, что Петр Панин едет к Государю Петру с хлебом солью…Бороться с пугачёвщиной только военными средствами было бесполезно. Его разгром и пленение не успокаивали народные массы. Чтобы опровергнуть эти домыслы именно Панин приказал всех пойманных бунтовщиков не просто казнить, а четвертовать и трупы помещать на перекрестки важнейших дорог. Суворов в той ситуации выступал в роли доверенного лица Панина, его, грубо говоря, агента, которому поручалось исполнение разного рода миссий, отнюдь не военного характера. Например, призрение дворянских девиц, попавших в лапы «злодея». Дал Панин поручение Суворову насчет тех шести или более не крестьян, кои поддержали Пугачева. Имелись в виду дворяне, офицеры, священнослужители, купцы и т. п. Держать их под стражей было накладно. Продовольствия не хватало и для войск, в обилии собранных по всей стране и перемещенных в зону действия повстанцев. Панин приказал Суворову казнить всех пугачевских чиновников, но числом не более 50-ти. Военнослужащих и дворян Панин приказал оставить в заключении. Священников лишить сана. Казнить 300 по одному. Остальных высечь жестоко.
Гуманистка-царица, отмечая, что без жестокого наказания участников Крестьянскую, читай Гражданскую войну, закончить нельзя, призывала к возможно меньшему пролитию крови… На местах, однако, думали иначе, тем более, боевые действия продолжались и после пленения Пугачева. Дворяне мстили погромщикам, крестьяне продолжали громить экономии и убивать помещиков. В общем продолжалась классовая борьба в самых жестких и жестоких формах. Выезжая в Пензу граф Панин в назидание жителям Нижнего Ломова, поддержавших Пугачева приказал на всех перекрестках поставить виселицы и колеса. Перед публичной казнью инсургентов в Пензе, власти представили перед Паниным дворянских вдов и сирот, потерявших отцов и мужей…Таким образом царские власти пытались оправдать и объяснить жестокость публичной расправы над участниками восстания.