За советское время Пулковская обсерватория и ее Симеизское отделение пополнились новым первоклассным оборудованием. В Пулкове был установлен прекрасный спектрограф большой дисперсии, с помощью которого академик А. А. Бело-польский выполнил ряд очень важных наблюдений солнечной фотосферы, пятен и протуберанцев; зонный астрограф, послуживший для составления обширного каталога с точными положениями звезд, находящихся вблизи северного полюса мира; большой горизонтальный солнечный телескоп—первенец советского крупного астрономического приборостроения, изготовленный на одном из ленинградских заводов по проекту пулковского конструктора Н. Г. Пономарева и с оптикой работы Д. Д. Максутова.
В Симеизе был установлен рефлектор с метровым параболическим зеркалом, давший в руках академика Г. А. Шайна и его сотрудников много новых ценных результатов в отношении строения звездных атмосфер и движений звезд по лучу зрения. Был заказан большой астрограф, 32-дюймовый объектив которого изготовлен в Ленинграде после того, как ряд заграничных фирм отказался от этой работы.
Вместе с новыми инструментами открылись новые направления работ. В частности, возник проект составления большого каталога слабых звезд, который по своей точности, однородности и объему превзойдет все существующие каталоги и даст на долгое время прочную базу для многих научных исследований и практических применений. Первоначально в его наблюдение включилось семь советских обсерваторий под руководством и при участии Пулковской; ныне это большое предприятие приобрело международный характер, и в нем участвует ряд зарубежных обсерваторий, в их числе обсерватории Польши, Аргентины и Южной Африки.
Весной 1940 года отмечалось столетие существования Пулковской обсерватории. В Ленинграде и Пулкове состоялось посвященное этой юбилейной дате общее собрание Академии наук СССР. Пулковские астрономы были полны новых планов и дерзаний, и ничто не предвещало, что дни обсерватории были сочтены. Когда летом 1941 года коварный враг вероломно напал на нашу Родину, обсерватория вскоре попала в сферу военных действий. Фашистские варвары подвергли обсерваторию артиллерийскому обстрелу и бомбежке с воздуха, в результате чего вся территория ее была вспахана снарядами и бомбами, уничтожен вековой парк, все здания превращены в груды развалин.
Развалины Пулковской обсерватории в 1944 году.
Сотрудники обсерватории с помощью воинов Советской Армии демонтировали, запаковали и под обстрелом вывезли в Ленинград многие инструменты, архив и часть знаменитой библиотеки. Но разобрать большие инструменты не было возможности, от них удалось сохранить только оптику. Погибла также значительная часть библиотеки. Но, несмотря на разрушение обсерватории, ее сотрудники, находясь в эвакуации, продолжали усиленно работать, максимально переключившись на оборонную тематику. Многие из них были призваны в ряды Советской Армии и отстаивали родную землю с оружием в руках.
Пулковский холм и территория обсерватории не были в руках врага, но передовая линия фронта проходила на расстоянии около одного километра от остатков обсерватории. С Пулковского холма началось победоносное контрнаступление наших войск, прорвавших блокаду Ленинграда и освободивших город Ленина от нависшей над ним смертельной опасности.
Советское правительство еще до окончания Великой Отечественной войны приняло решение о восстановлении Пулковской обсерватории на прежнем историческом месте. Составление архитектурного проекта было поручено академику А. В. Щусеву, который придал главному зданию обсерватории прежний монументальный вид с классическим портиком. Изменилось лишь очертание трех венчающих его башен: вместо конических крыш они возглавляются теперь полусферическими куполами. Восточный и западный корпуса, в которых раньше были квартиры сотрудников, теперь заняты лабораториями и научными кабинетами. В западном корпусе расположен красивый мраморный конференц-зал с барельефными портретами великих астрономов.
На раскинувшейся к югу от главного здания научной площадке расположены многочисленные павильоны и башни с разными инструментами. Наряду со старыми, отремонтированными и модернизированными инструментами, с помощью которых были составлены столетние ряды наблюдений, установлено большое число новых, построенных на ленинградских заводах. В их числе имеется восстановленный горизонтальный солнечный телескоп, 50-сантиметровый менисковый телескоп системы Максутова, зеркально-линзовая камера советского оптика Г. Г. Слюсарева, широкоугольная двойная фотографическая камера, горизонтальный меридианный инструмент конструкции сотрудника Пулковской обсерватории Л. А. Сухарева, звездный интерферометр академика В. П. Линника, полярная труба системы А. А. Михайлова, светосильный спектрограф Мельникова — Иоаннисиани и ряд других инструментов. Вместо старого 76-сантиметрового рефрактора в отдельной большой башне с вращающимся куполом диаметром в 15 м и подъемным полом установлен новый рефрактор с объективом в 65 см вполне современной конструкции, с автоматическим управлением.