В сети советской разведки Клещинский попал в июле 1926 года. Его „служба“ обходилась ковенской резидентуре ОГПУ в 500 литов в месяц, одновременно какие-то деньги уходили в СССР родственникам агента. „Иванов-ХИ“ снабжал ИНО ОГПУ разнообразными сведениями о литовском правительстве, армии, политических и общественных деятелях. В обвинительном заключении на Клешинского было указано: „Освещал внутреннюю борьбу партий и давал подробную характеристику правящих кругов и высших военных начальников“, а также сообщал данные чисто военного характера, являясь „одним из деятельнейших агентов, причинивших большой вред (литовскому) государству и армии“.
В случае с Клещинским ОГПУ о конспирации особо не заботилось. Встречи с кураторами от ОГПУ происходили три раза в месяц и чаще всего на частной квартире Клещинского в Ковно. Информация об этих полусекретных контактах с советскими дипломатами дошли до литовской контрразведки, где решили взять под оперативное наблюдение бывшего начальника Генштаба. Уже после ареста литовская пресса писала, что Клещинский очень боялся разоблачения и одно время даже хотел сбежать в Турцию.
19 мая 1927 года в квартиру Клещинского ворвались агенты полиции. Помимо хозяина там был задержан помощник резидента ИНО ОГПУ (П. М. Журавлева) Н. О. Соколов. В результате столь громкого провала под угрозой расконспирирования оказалась вся деятельность ИНО ОГПУ в Литве. В результате Журавлеву, Соколову (консулу СССР в Ковно) и другим дипломатам-чекистам пришлось спешно покинуть литовскую столицу.
31 мая 1927 года Клещинский предстал перед военно-полевым судом. Судебное заседание проходило в VI форте. Подсудимый подал на имя литовского президента Сметоны прошение о помиловании и выразил сожаление по поводу своих преступных деяний, просил о даровании ему жизни. Свое выступление на суде он начал словами: „Мне очень стыдно, господа, смотреть вам в глаза. Я принужден был работать для тех, кого всей душой ненавидел. Сначала меня заставляло делать это материальное положение" Военно-полевой суд отклонил просьбы и приговорил Клещинского к расстрелу. На рассвете 1 июня 1927 года он был расстрелян.
Подобные провалы советской разведки и контрразведки, неудачная концовка операции „Трест“ и последующие события – попытка взрыва здания на Лубянке, теракты в Ленинграде и Белоруссии, убийство полпреда в Варшаве П. Л. Войкова, совершенное белоэмигрантом Б. Кавердой, – все это создало впечатление волны террора, захлестнувшей Страну Советов, немедленно вызвав тем самым ответную реакцию советских властей. Свою роль сыграло и ожидание начала военных действий со стороны некоторых западных держав („военная тревога 1927 года“).
В июне 1927 года заместитель председателя ОГПУ Г. Г. Ягода подписал директиву всем органам ГБ о производстве массовых операций „по аресту лиц, подозреваемых в шпионаже“. Вся оперативная работа по реализации этой директивы была возложена на „Центральную тройку", в которую вошли А Х. Артузов, начальник СО ОГПУ Т. Д. Дерибас и особоуполномоченный при Коллегии ОГПУ В. Д. Фельдман.
Эта „тройка" имела право выносить внесудебные приговоры (в том числе и смертные) „альбомным способом". Органы ОГПУ, проведя следствие на местах, отсылали в Москву лишь справку с фотографией обвиняемого, кратким изложением преступлений и предложениями о возможной мере наказания. На Лубянке же принимали окончательное решение о дальнейшей участи очередного „шпиона, монархиста, диверсанта и вредителя“. О масштабности операции 1927 года можно судить по следующим цифрам: на Украине было арестовано 1226 человек, в Белоруссии 602 человека арестовали, 830 человек обыскали (по данным ГПУ Белоруссии, в это число вошли „…преимущественно жители деревень и местечек, разложенные годами немецко-польской оккупации и театра военных действий, являющиеся объектом особого внимания польской и латвийской разведок“), в Северо-Кавказском крае арестовали 1519 человек, обыскали 1500 человек и еще 2216 человек намечалось подвергнуть аресту. Руководители региональных органов ОГПУ приветствовали решение о проведение массовых операций. В отчетах местных органов ОГПУ в Центр постоянно мелькали эпитеты – „успешная“, „интересны результаты“, „наглядно показала правильность наших утверждений“ и т. д.