Оризът безспорно е доминирал в яйойското земеделие, но наред с него са били отглеждани още двайсет и седем вида посеви. По това време вече със сигурност са били отглеждани и свине. Яйойските фермери са практикували сезонна сеитба — през лятото са напоявали оризищата с помощта на канали и вади, а след като са прибирали реколтата, са ги отводнявали, за да засеят на тях просо, ечемик и пшеница. Едва ли трябва да ни изненадва фактът, че тази свръхпродуктивна агросистема е предизвикала истински демографски взрив на Кюшю, където археолозите откриват много по-често яйойски, отколкото джомонски поселища, макар и джомонският период да е траял 14 пъти по-дълго.
Буквално за нула време това яйойско земеделие се е пренесло от остров Кюшю на съседните Шикоку и Хоншю, за да достигне след двеста години района на днешно Токио, а след още един век и най-северния край на Хоншю, отстоящ на цели хиляда мили от най-ранните яйойски поселища в Кюшю. И в тези най-ранни поселища се откриват грънци, изпълнени и в новия яйойски, и в стария джомонски стил, но последните са отпаднали, след като яйойската култура и керамика са обхванали и Хоншю. Само че не всички джомонски елементи са изчезнали безвъзвратно. Яйойските земеделци са продължили да използват някои от джомонските каменни сечива, които в Корея и Китай вече са били окончателно изместени от металните. Някои от домовете им са били построени в корейски, други в джомонски стил. Например, когато яйойската култура се е разпространила на север от днешно Токио, където климатът не е толкова подходящ за отглеждане на ориз, а и е имало по-гъсти джомонски популации, се е появила и една нова, „хибридна“ култура, съчетаваща яйойски и джомонски елементи. По-специално рибарските куки вече са били изработвани не от кост, а от метал, но пък са запазвали старата си форма, а в керамиката са били въведени нови технологии (като грънчарското колело), но са продължили да декорират съдовете по стария начин — с връв. След като са се заселили за кратко на студения северен бряг на Хоншю, яйойските земеделци са напускали този негостоприемен край, най-вероятно защото работата на оризищата не е била особено приемлива алтернатива на типично джомонския ловно-събирачески бит. През следващите две хилядолетия северният бряг на Хоншю е служел като демаркационна линия, разделяща Япония от „варварския“ свят — отвъд нея е останал и днешният най-северен японски остров, Хокайдо, населен само от айнски ловци, който дори не е бил смятан за част от японската културна общност до анексирането му през XIX в.
На първо време яйойските метални сечива са били внасяни в огромни количества от Корея, но след няколко века е възникнало и местно производство. Също няколко века са били необходими на яйойска Япония, за да демонстрира и първите признаци на социално разслоение, особено отчетливи в некрополите. Някъде към края на миналата ера хората са започнали да заделят части от гробищата си за представителите на вече формиращия се елит, в чиито „последни домове“ се откриват и някои луксозни артикули, внесени от Китай — изящни накити от нефрит и бронзови огледала. Тъй като демографският взрив е продължил и през следващите векове, в кратки срокове са били усвоени всички тресавища и полета, подходящи за поливно земеделие, затова и днешните археолози все по-често се натъкват на следи от военни действия. Рязко се е увеличило производството на върхове за стрели, около селищата са започнали да издигат защитни насипи, а в некрополите нараства броят на онези, които са намерили смъртта си на бойното поле. И тези находки се съгласуват с онова, което пише и в китайските хроники за „страната Уа“, раздробена на стотици безспирно воюващи помежду си „княжества“.
През периода Кофун (III-VI в.) ситуацията се е променила — археологическите данни, както и описанията в хрониките от по-късно време ни дават основания, макар и с известни уговорки, да предположим, че Япония вече е била на път да постигне политическо единство (под името Ямато). Например дотогава гробниците на елита са били малки, а архитектурният им стил е варирал според региона. В началото на III в. обаче са започнали да изникват колосални гробни могили (на японски кофун), чиято форма от птичи поглед смътно наподобява ключалка. Първите са били издигнати в кинайския регион на остров Хоншю, след което са се разпространили из целия яйойски ареал, включително и Кюшю. А защо точно Кинай? Може би защото регионът включва някои от най-плодородните земеделски площи в Япония, на които днес се отглеждат говедата от високо ценената кобейска порода, а и там се е намирала и традиционната столица на страната, Киото (Токио поема тези функции едва през 1868 г.).