В докторской диссертации Ю. М многие, ставшие уже общим местом, понятия подвергались коренному пересмотру. Особенно ярок пример с хрестоматийными представлениями о классицизме шишковской «Беседы» и о романтизме арзамасцев Ю. М. убедительно показал, что для поэтов «Беседы» пред романтическая литература не была чужеродной и в интересе Шишкова к церковнославянскому языку видна противоположная классицизму тяга к национально-поэтической традиции, к «преданию», а не к разуму. В то же время ведущие поэты «Арзамаса» (оба Пушкина, Вяземский, Батюшков) нередко опирались на авторитет правоверных классицистов Буало и Расина.
Во время работы над диссертацией Ю. М снова расширяет круг своих научных интересов, начинает основательно изучать декабристов, Пушкина, Лермонтова. Первой его обобщающей работой (написанной совместно с Б. Ф. Егоровым и 3. Г. Минц) стала статья «Основные этапы развития русского реализма» (I960). Лотману принадлежит в этой статье значительная часть, посвященная первой половине XIX века В том же году он публикует свой первый крупный труд о Пушкине. «К эволюции построения характеров в романе «Евгений Онегин»»[1].
В дальнейшем Ю. М. еще более интенсивно будет заниматься русской общественной мыслью и литературой пушкинской эпохи, сделав ее главным объектом своих исторических и историко-литературных исследований. И здесь он подвергает различные устоявшиеся точки зрения существенному пересмотру. Так, в статье «Истоки «толстовского направления» в русской литературе 1830-х годов» (1962) он убедительно демонстрирует, что наряду с магистральной, хорошо изученной линией, идущей от Пушкина и Лермонтова к Гоголю и к натуральной школе, в литературе и искусстве тех лет существовала другая тенденция, нашедшая отражение и у позднего Пушкина, и у Лермонтова, и у Гоголя (в живописи — у А. А Иванова) и условно названная «толстовской»- упование на патриархальный демократический строй, свободного труженика, неприятие цивилизации, современных общественно-политических систем и художественное воспроизведение идеальной, гармонической, патриархальной жизни.
Одновременно в этой и в созданной параллельно статье «Идейная структура «Капитанской дочки»» (1962) Ю. М. по-новому раскрывает и художественное, и этическое значение творческих исканий позднего Пушкина, наиболее глубоко выраженных в «Капитанской дочке» социальные интересы и пристрастия разных сословий антагонистичны, но над ними возвышаются проявления человечности, милосердия, которые и оказываются самыми ценными для Пушкина 30-х гг., отсюда подчеркивание писателем «незаконных» индивидуальных милостей и Пугачева, и Екатерины II.
Ю М. написал о Пушкине несколько десятков статей, каждая из которых содержит открытия и заслуживает особого анализа. А вершинами его пушкинианы являются три книги- «Роман в стихах Пушкина «Евгений Онегин». Спецкурс. Вводные лекции в изучение текста» (1975), «Роман А. С. Пушкина «Евгений Онегин». Комментарий. Пособие для учителя» (1980, 2-е изд. — 1983), «Александр Сергеевич Пушкин Биография писателя Пособие для учащихся» (1981; 2-й завод — 1982; 2-е изд. — 1983) Первая книга, выпущенная Тартуским университетом, напечатана всего в 500 экземплярах, зато две следующих, изданных ленинградским «Просвещением», вышли в свет в небывалых количествах: биография — тиражом в миллион экземпляров, комментарий — 550 тысяч.
В первой книге (почти брошюре) пунктирно намечены основные, с точки зрения исследователя, художественные принципы Пушкина, воплощенные в его великом романе в стихах В свою очередь, в духе общего литературоведческого метода Лотмана, «Евгений Онегин» рассматривается прежде всего как произведение, наполненное нарочитыми и невольными противоречиями, от бытовых деталей (например, в 3-й главе говорится, что письмо Татьяны хранится у автора романа, а в 8 и — у Онегина) до самых существенных структурных признаков роман и целостен и фрагментарен одновременно, он и кончен и не кончен, упрощения в нем достигаются с помощью усложнений, типическое соотносится со случайным Ю. М. стремится при этом постоянно показывать динамику, развитие сюжета, персонажей, художественных принципов, поэтому так много говорится о движении, о пульсации, о «мерцании» различных элементов — как будто перед нами не застывшее в истории произведение, а живое существо так оно и есть, настоящее искусство никогда не мертвеет, настоящее искусство становится самой жизнью и влияет на жизнь общества.