Позднее эмигрант А. И. Герцен писал: «Филарет умел хитро и ловко унижать временную власть», «играя в оппозицию». Но то была, конечно, не игра, а иное, нежели официальное, понимание природы государственности. Протоиерей Г. Флоровский точно констатировал: «Филаретовский образ мыслей был вполне далек и чужд государственным деятелям николаевского времени. Филарет им казался опасным либералом» (191, с. 203).
В сущности, митрополит Филарет открыто не возражал против подчиненного положения Церкви в государственной системе империи, убежденный в то же время, что Церковь помазует государя, а не государство, что органы государственной власти не имеют никакой юрисдикции в делах церковных. Он лишь желал для Церкви большей степени самостоятельности. Поэтому не возражал он против института Святейшего Синода, назвав его однажды «духовной коллегией, которую у протестантов перенял Петр, но которую Провидение Божие и церковный дух обратили в Святейший Синод» (цит. по: 158, т. 1, с. 220).
Однако в николаевское царствование даже государственные законы, касавшиеся церковных вопросов, принимались без участия Святейшего Синода. Обер-прокурор Н.А. Протасов, будучи сам бюрократом-деспотом, грубо сокрушал всякое реальное и мнимое самовластие со стороны епархиальных архиереев. Независимость Филарета он терпел с трудом. После одного инцидента святитель в 1842 году покинул Синод и больше никогда не бывал на его заседаниях, хотя оставался членом Синода и продолжал принимать активное участие в рассмотрении всех дел церковного управления.
Стоит заметить, что некогда скромный провинциал обрел качества светского человека, оставшись монахом. По воспоминаниям великой княжны Ольги Николаевны, митрополит Филарет на слова фрейлин императрицы, что де Александра Федоровна «вместо того, чтобы думать о спасении души, только и делает, что танцует и гоняется за развлечениями», ответил: «Возможно. Но я думаю, что она, танцуя, попадет в рай, в то время как вы еще будете стучаться в дверь». Об отношении царской семьи к московскому митрополиту великая княжна вспоминала, что в Москве «всегда на первом месте был митрополит… Здесь, в Москве, он молился перед тем, как садились к столу, и сесть было можно только после его благословения. Филарет считался светочем Церкви…» (99, с. 202, 238).
В отличие от многих своих предшественников и современников, митрополит Филарет никогда не угождал власти, не льстил ей, он всегда держался независимо, не роняя достоинства иерарха. Любопытно, что в своих проповедях Филарет никогда не говорил государю «вы», но всегда в традициях церковной риторики «ты». Не раз он поучал и наставлял государей в проповедях. В царствование Александра II был поднят вопрос о поминовении за богослужением всех членов императорской семьи, число которых сильно увеличилось, что удлиняло службу. Святитель Филарет в своем мнении выразил не верноподданническую, а церковную позицию: «Мне кажется, – писал он 22 марта 1862 года наместнику Свято-Троицкой Лавры архимандриту Антонию (Медведеву), – Вы напрасно так строго смотрите на сокращение воспоминаний в молитвах царствующего дома и на облегчение в праздновании Царских дней. В древних изданиях греческих в великой ектении сказано только: “О благочестивейших и Богохранимых царех наших”. Не предписано даже имя царя произносить. А о царском семействе и намека нет» (182, ч. 4, с. 448).
В церковном сообществе митрополит Филарет неизменно почитался первым среди равных. Его мнение, его заключение почитались решающими во всех церковных делах. Отношения с собратьями складывались у него подчас непросто, хотя и по разным причинам. Митрополит Филарет привечал архимандрита Игнатия (Брянчанинова), будущего святителя, писал ему 12 ноября 1833 года: «Преподобный отец Игумен. Судьба Божия, поставив меня с Вами в сношение по службе, в то же время открывает случай, чтобы мы друг друга узнали в лице. Я сему рад…» (цит. по: 84, т. 3, с. 120).
Современники говорили о московском митрополите: «Он был епископом с утра и до вечера и от вечера до утра». Их поражало в нем неусыпное чувство ответственности. Старец митрополит входил во все подробности московской церковной жизни, вплоть до просмотра проповедей чередных иереев в Чудовом монастыре и утверждения эскизов поновляемых иконостасов; он внимательно просматривал резолюции епархиальной консистории, частью отвергая их, частью исправляя; сожалел, когда не хватало сил на совершение богослужения или освящения храмов. Посещение светских учебных заведений не входило в обязанности митрополита, но он нередко бывал на вступительных и выпускных экзаменах в Московском университете, а то и 1-й московской гимназии. На всю жизнь запомнил Т. И. Филиппов, видный государственный деятель, одобрительное слово митрополита Филарета по поводу произнесенной им, тогда учителем гимназии, речи 3 октября 1854 года. Он пожелал ему, тогда еще юноше: «Чтобы ваши мысли проникали более и более область общественного воспитания» (цит. по: 132, с. 9). Неудивительной поэтому стала растерянность москвичей десятилетие спустя, после кончины святителя, как писал 21 ноября 1867 года филаретовский ученик и оппонент Н. П. Гиляров-Платонов своему другу К. П. Победоносцеву: «Монумент свалился; как-то жутко чувствует себя Москва. Образовалась пустота, в которой неловко. Москва без Филарета, это как-то неловко, непривычно. Любопытно, как теперь пойдут церковные дела, когда рассуждениям и различным мерам уже не предшествует обычный вопрос: а как на это смотрит Филарет?» (136, с. 67).