Для него столь резкий поворот императора был тем более неожиданным, что всего год назад, в июле 1823 года, он был допущен к сокровенным делам царской семьи. По распоряжению императора архиепископу Филарету было поручено составление в глубокой тайне манифеста о переходе прав на российский престол от цесаревича Константина Павловича (женившегося на польке Иоанне Грудзинской) к великому князю Николаю Павловичу. В Каменноостровском дворце владыка представил свой проект Александру I и предложил помимо основного текста составить три заверенные копии этого важнейшего государственного акта для хранения в Государственном Совете, Сенате и Святейшем Синоде. Основной текст, подписанный императором, 29 августа владыка Филарет сам положил в ковчег с государственными актами в алтаре Успенского собора Московского Кремля.
Прямо и открыто защищая Библейское дело, он недоумевал перед лукавством и слабостью царя. Не менее огорчительным виделось и поведение митрополита Серафима. Печальная ирония ощутима в письме владыки Филарета от 8 декабря 1824 года к митрополиту: «Если сомнительно православие Катехизиса, столь торжественно утвержденного Святейшим Синодом, то не сомнительно ли будет православие самого Святейшего Синода?» (цит. по: 202, с. 86). Спустя несколько лет снимут запрет на филаретовский Катехизис, который более чем на столетие станет общедоступной системой православного богословия, но дело Русской Библии остановится на сорок лет.
Святитель Филарет отступает, но не отказывается от своих целей, более того, гласно осуждает своих гонителей. 12 февраля 1825 года в проповеди, произнесенной в кафедральном Пудовом монастыре, он сказал: «… если ты чтишь достоинство учителя, установленное в Церкви Христовой, то не должен ты своевольно вторгаться на место учительское или легкомысленно бегать за учителями, которых никто не поставил… но должен в кротости и послушании проходить звание ученика евангельского под руководством поставленных от Бога и Церкви учителей, страшась быть учителем и сам для себя, а тем более, без высшего призвания, руководствовать других или переучивать учителей, от Бога и Церкви поставленных» (179, т. 2, с. 362).
Царствование Николая I стало для Русской Церкви временем усиления государственного гнета, когда обер-прокуратура из органа надзирающего превращается в орган, управляющий церковной жизнью. Личные отношения святителя Филарета с императором были лишены какого бы то ни было доверительного характера и основывались на взаимном уважении. Впрочем, это уважение не препятствовало возникновению конфликтов, недоверия и подозрений со стороны Николая I.
Началось все с тревожных дней «междуцарствия» в ноябре – декабре 1825 года, когда митрополит Московский оказался в положении «хранителя светильника под спудом»: в дни, когда вся Россия начала присягать императору Константину I, он один в Москве знал о неверности этой присяги. Побуждаемый генерал-губернатором Москвы князем Д. В. Голицыным вскрыть запечатанные акты и объявить истинную волю покойного Александра I, владыка Филарет устоял, заявив, что «не может быть двух императоров, одного в Петербурге, другого в Москве». Фактически владыка Филарет тогда руководил действиями светской власти; высокую степень его самостоятельности и активности позднее с неудовольствием отметил самолюбивый Николай I. А когда из допросов декабристов император узнал, что считавшегося оппозиционным Филарета предполагалось ввести в состав «революционной Директории» наряду с Н. С. Мордвиновым и М. М. Сперанским, то настороженность в отношении слишком яркого архиерея переросла в стойкую подозрительность. Пожалование бриллиантового креста на клобук и возведение Филарета в 1826 году в сан митрополита не изменили ничего. Примечательно, что позднее на совет князя А. Н. Голицына: «Государь, посадите Филарета в Государственный Совет. Он там сделает за десятерых» – император ответил: «Что это ты вздумал мне давать советы, князь? Я знаю, что Филарет настраивает против меня Москву». На митрополита шли доносы. В отчете III Отделения за 1830 год, в частности, говорилось: «Партия мистиков усиленно старалась воздействовать на легковерных. Знаменитая речь митрополита Филарета по поводу появления холеры в Москве возмутила всех, а сектанты ей втайне радовались» (145, с. 73).