Надвигающаяся война требовала личного внимания генерал-губернатора к территориям, которые могли быть ею затронуты, и так как вновь освоенные Невельским земли как раз принадлежали к этой категории, то естественно, что самолюбивый генерал только себя считал компетентным и правомочным во всех действиях и распоряжениях по обороне этого края. Муравьев не любил противоречий. Невельской же не мог поступить иначе там, где он считал себя правым. Давно назревающий конфликт между ними сделался неизбежным.
После того как в течение многих лет русское правительство с величайшей осторожностью и опасливостью относилось к приамурским территориям, запрещая даже исследователям касаться этих мест, вдруг принято было решение отправить вниз по Амуру, из Забайкалья, целую военную экспедицию во главе с генерал-губернатором.
Это важное событие, знаменующее собою переворот в мнениях правительства, явилось результатом неутомимой деятельности Невельского. Муравьев, непосредственный начальник Невельского, являлся как бы проводником его идей в правительственных сферах. От него в первую очередь зависели судьбы Амурского дела, и Геннадий Иванович не щадил усилий для того, чтобы внушить ему правильные представления о важности вопроса и добиться его содействия. Для всякого, не предвзято относящегося к делу человека было очевидно огромное значение открытий Невельского, и Муравьев, несмотря на то, что тоже не совсем правильно судил о значении Амура, много труда положил, чтобы убедить правительство в неправильности занимаемых в этом вопросе позиций.
Двадцать второго апреля 1854 года генерал-губернатор делал доклад Николаю I об исследованиях Невельского, подтвержденных и экспедицией Ахте. Он (уже не в первый раз) представлял Николаю аргументы в пользу того, что река Амур принадлежит России, а не Китаю. Генерал-губернатор просил разрешения царя на сплав вниз по реке войск и материалов для подкрепления Петропавловска, указывая, что ввиду возможных действий вражеского флота иным путем подкрепить этот пункт нет возможности. Николай, нахмурясь, выслушал доводы Муравьева, просмотрел его письменные представления по этому же поводу. Вдруг он взял перо и молча наложил резолюцию: о разграничении написать Пекинскому трибуналу; предложение же Муравьева о сплаве по Амуру запасов, оружия, продовольствия и войск рассмотреть в Особом комитете.
Царь поднялся, огромный, туго затянутый в мундир, и, усмехаясь, положил большую белую руку на голову почтительно склонившегося генерала.
- А ведь ты когда-нибудь с ума сойдешь от Амура! - проговорил он.
Этот своеобразный комплимент монарха до слез осчастливил сановника. Некоторое время спустя Особый комитет рассмотрел дело и после долгих дебатов вынес постановление - плыть по реке Амуру.
Перед отъездом на Дальний Восток Муравьев снова представился царю. Отпуская губернатора, Николай I сказал со свойственным ему лаконизмом:
- Ну, с богом! Плыви по Амуру, но чтобы при этом не пахло пороховым дымом.
Так окончательно решен был веками лежавший под спудом вопрос о великой реке Амур, вопрос о роли России на Тихом океане.
Известие о том, что плавание по Амуру разрешено, быстро распространилось в Сибирь и вызвало волну восторга почти во всех слоях населения. Отплытие каравана барж во главе с пароходом "Аргунь", выстроенным специально для плавания по Амуру, превратилось в настоящий праздник. Гремели пушечные выстрелы. Толпы народа провожали по берегу флотилию с криками "ура", бросая вверх шапки. Муравьев зачерпнул в стакан амурской воды и поздравил всех с открытием плавания по реке.
Двадцатого мая подошли к месту, где когда-то был русский город Албазин. Следы вала и сгоревшего острога были еще видны. Суда пристали к этому пустынному холму, и при торжественных звуках оркестра, обнажив головы в память отважных предков, десант во главе с генерал-губернатором высадился на берег.
"Что-то родное сказалось сердцу, когда мы вышли на долину, где жили русские люди, где они так долго и храбро отстаивали права своего владения. Первым движением каждого было подняться на остатки албазинского вала и осмотреть его в подробности, и первым взошел на оный Н. Н. Муравьев. За ним мы все преклонили колена праху почивших храбрых и доблестных защитников Албазина".
Так описывает этот торжественный момент один из участников путешествия.
В это самое время Невельской в сопровождении двух казаков через горы, по грязи и тающему снегу пробирался из Петровского в Николаевск, оттуда на лодке в Мариинский пост и дальше на байдарке вверх по Амуру, заготовляя дрова для парохода и отыскивая надежных лоцманов среди прибрежных жителей. В пятистах верстах от поста, у архипелага островов Оуля-Куру, его нагнал нарочный с известием, что в залив Де-Кастри пришли суда из Петропавловска и шхуна "Восток" из Японии от адмирала Путятина с пакетами на имя Невельского и сообщением о том, что объявлена война с западными державами. Оставив Разградского ожидать муравьевскую флотилию, Невельской поспешил в Де-Кастри.
Разградский встретился с судами Муравьева 10 июня. Узнав от Разградского, что до Мариинского поста еще около пятисот верст, путешественники были неприятно поражены, так как полагали, что находятся близ озера Кизи. Продвижение по неизученной гигантской реке было далеко не легким и даже небезопасным; все порядочно успели утомиться. Однако от архипелага Оуля-Куру, несмотря на растущую ширину реки и обилие протоков и островов, дело пошло значительно легче.
Генерал-губернатор сообщал в Петербург о благополучном сплаве:
"Не доходя около 900 верст до устья реки Амура, флотилия вступила в край, как бы давно принадлежавший России. Отважные и решительные действия начальника Амурской экспедиции и всех его сотрудников заслуживают полной признательности. Несмотря на лишения, трудности, опасности и ничтожество средств, при которых действовала эта экспедиция, она в столь короткое время успела подчинить своему влиянию не только дикие племена, здесь обитающие, но даже и самих маньчжуров, приезжающих сюда для торговли. Она фактически указала нам на важное значение этого края для России и рассеяла все заблуждения, какие до сих пор об этом крае имелись".