Очевидные негативные последствия, к которым привело массовое выбивание партийных, военных и хозяйственных кадров, как и опасности, проистекавшие из формирования атмосферы всевластия НКВД, достаточно быстро были осознаны Сталиным. Фактический размах репрессий привел к расшатыванию накануне мировой войны всей партийно-государственной машины. Это отнюдь не входило в цели Сталина, однако следует признать, что колоссальный ущерб, нанесенный военной промышленности, армейским кадрам, разведывательному и контрразведывательному аппарату, по существу принимался им как допустимые издержки политической чистки, обеспечивающей неприкосновенность его личной власти.
Однако идти дальше по этому пути — значило уже подрывать основы этой самой власти. Поэтому Ежов и ряд других ретивых борцов с «врагами народа» был устранен, и были приняты решения, направленные на торможение волны террора и ограничение применения методов внесудебных репрессий. Многие дутые «дела» пересматривались, и многие десятки тысяч арестованных были освобождены из заключения. Впрочем, это не касалось прямых политических оппонентов Сталина — уничтожение троцкистов в лагерях продолжалось.
Тем не менее, применение репрессий в качестве метода кадровой политики, хотя уже и не в массовом, а в индивидуальном порядке, продолжало практиковаться и впоследствии. Лишь после смерти Сталина начался пересмотр этих методов. Отказ от репрессивных методов управления, и их публичное осуждение, совершившиеся при Хрущеве, были неизбежными. При всей своей внутренней конфликтности и существенной недемократичности, сформировавшаяся система политического управления вовсе не требовала непременного применения именно методов террора, который был заменен закулисными политическими комбинациями и интригами, в худшем случае приводившими к отставке проигравших. Но террористические методы кадрового контроля над номенклатурой, применявшиеся Сталиным, Хрущев не заменил никакими иными действенными инструментами, не говоря уже о контроле снизу. Бюрократия, освободившись от дамоклова меча репрессий, все больше и больше входила во вкус безответственности и бесконтрольности…
Период политических чисток и последовавшего за ними «большого террора» совпал со значительной эволюцией советского строя. Были ликвидированы основы существования остатков как капиталистических классов, так и мелкой буржуазии. Была создана современная крупная промышленность и в связи с этим резко выросла численность рабочего класса, технических специалистов и городского населения вообще. Была в общем ликвидирована неграмотность.
Быстрые и глубокие сдвиги в социальной структуре населения привели к широкому распространению явлений социальной маргинализации — множество людей было вырвано из привычной среды обитания, утратило прежние социальные ориентиры и с трудом осваивало новые. Это явление касалось не только миллионов крестьян, вырванных из деревни и пополнивших ряды городского рабочего класса. Схожие проблемы были и у быстро растущего слоя новых советских специалистов, многие из которых вступали на свой жизненный путь вне прочной связи и преемственности со сложившимися старыми научными и техническими школами. Черты маргинальности были свойственны и молодой поросли советской бюрократии, внезапно, в ходе «большего террора», призванной занять освободившиеся посты, перепрыгивая сразу через несколько служебных ступенек. Стоит заметить, что практически все предперестроечное («брежневское») Политбюро ЦК КПСС состояло из таких выдвиженцев.