Дядя царя Иван Никитич Романов вступил в брак с Ульяной Федоровной Литвиной-Мосальской. Умер Иван Никитич 18 июля 1640 года. В браке Иван Никитич имел семерых детей, но шестеро из них умерли в младенчестве. Лишь сын его Никита Иванович дожил до зрелых лет. В 1645 году Никита Иванович получил боярство. Умер он 11 декабря 1655 года, не оставив потомства. Со смертью Никиты Ивановича род Романовых, за исключением царствующей ветви, пресекся.
Несколько слов стоит сказать об усыпальнице Захарьиных-Юрьевых-Романовых в подклети Спасо-Преображенского собора Новоспасского монастыря.
Первый каменный собор был построен в 1491–1497 годах. Первым там был похоронен в 1498 году боярин Василий Юрьевич Захарьин. Однако к настоящему времени могила его утеряна. Последнее захоронение состоялось в 1679 году, когда в усыпальнице была похоронена дочь царя Михаила Федоровича царевна Ирина. Она похоронена уже в новом соборе, а старый собор был разобран до основания и на его месте в 1647 году построен новый.
В 1918 году по указанию Ленина Новоспасский монастырь был закрыт, а на его территории создан исправительно-трудовой лагерь. По словам дочери Льва Николаевича Толстого Александры, которая отбывала здесь срок, каждую ночь заключенные разрывали могилы в поисках драгоценностей, за находку которых они получали увольнительные в город.
В рапорте санитарного врача лагеря в Главнауку от 9 октября 1923 года говорится: «Новоспасский ИТЛ находится в крайне антисанитарном состоянии, некоторые из склепов могил доступны любопытным, гробы вскрыты и части скелетов валяются открытыми. Некоторые погреба, а в особенности подвал под монастырем, загажены и представляют из себя настоящую клоаку».
Это и не удивительно, так как в лагере, рассчитанном на 250 заключенных, содержалось 430 человек, не считая охраны и сотрудников с семьями. В самой усыпальнице лагерные власти устроили столовую.
После ликвидации лагеря Новоспасский монастырь был передан хозяйственному управлению НКВД и заселен новобранцами московской милиции. В усыпальнице устроили склад Мосмолока. В войну там было оборудовано бомбоубежище.
В 1991 году Новоспасский монастырь был передан Русской православной церкви и там воссоздан мужской монастырь.
С октября 1996 года в усыпальнице Спасо-Преображенского собора начались археологические работы. Специальную исследовательскую группу возглавил доктор исторических наук А. К. Станюкович. В нее входили научный сотрудник Института археологии РАН П. Ю. Черносвитов (графическая фиксация), заведующий физико-техническим отделом НИИ судебной медицины Минздрава РФ, профессор, доктор медицинских наук В. Н. Звягин (медико-антропологические исследования) и реставратор И. И. Ёлкина (оперативная консервация древних тканей).
Экспедиции удалось найти и идентифицировать захоронения Романа Юрьевича Захарьина, его сыновей Долмата и Даниила, давно утерянную могилу его дочери Анны, бывшей замужем за князем В. А. Сицким. Найдена (совсем не там, где считалось ранее) могила самого знаменитого сына Романа Юрьевича Захарьина — Никиты Романовича Юрьева, отца патриарха Филарета и деда царя Михаила. Найдены утерянные захоронения второй жены Никиты Романовича Евдокии Горбатой-Шуйской, их сына Ивана Льва Никитича, младенца Михаила Даниловича, умерших в младенчестве четырех братьев царя Михаила Федоровича. Найдены неизвестные доселе могилы представителей рода Захарьиных-Яковлевых — Петра Яковлевича, его жены Анны и сына Захария.
Медико-антропологические исследования позволили установить, что некоторые представители рода (Роман Юрьевич, Никита Романович, один из малолетних братьев царя Михаила) страдали тяжелым наследственным заболеванием опорно-двигательного аппарата (болезнью Педжета). Вероятно, той же самой болезни был подвержен и царь Михаил Федорович, который, как писал он сам, в возрасте всего 27 лет «так скорбел ножками, что до возка и из возка в креслах носят».
В ходе благоустройства усыпальницы в 1996–1997 годах были собраны останки из множества разрушенных в разное время захоронений. Их погребли в 1997 году в одной общей могиле. Значительная часть останков принадлежит представителям рода Захарьиных-Юрьевых и Захарьиных-Романовых.
Стоит заметить, что небрежно к древним могилам относились и до 1917 года. Так, в 1857 году здесь также была устроена общая могила из многочисленных костей, собранных из различных разрушенных могил.
К сожалению, в Новоспасском монастыре не разрешили вскрыть ряд могил Романовых и их родственников. Из могил, которые были открыты, запретили выносить кости для исследования, в отдельных случаях запрещено было отделять от костей сохранившиеся остатки одежды. Естественно, это существенно затруднило работу исследователей. Тем не менее работа по уже полученным данным продолжается, и можно ожидать публикации подробных материалов исследований в ближайшее время.
1 декабря 1618 года в деревне Деулино было заключено перемирие с Польшей. Королевич Владислав так и не отказался от претензий на московскую корону, и польская сторона не признала Михаила царем. Однако поляки вернули Филарета, а взамен получили русские земли размером с небольшое европейское государство типа Бельгии или Дании. Россия потеряла 29 городов, включая Смоленск, Дорогобуш, Рославль, Чернигов, Новгород-Северский. Кстати, заметим, что спустя 372 года, в 1991 году, Ельцин тоже ухитрился отдать Чернигов, Новгород-Северский и другие исконно русские города.
14 июня 1619 года под Москвой у речки Пресни состоялась встреча царя Михаила и Филарета. Отец и сын поклонились друг другу в ноги и долго стояли в этом положении. Затем Филарет сел в карету, а царь Михаил пошел пешком впереди кареты.
По случаю возвращения Филарета в Москву пригласили иерусалимского патриарха Феофана, пообещав богатые подарки. Тот охотно согласился. Вместе с русскими владыками Феофан предложил патриарший престол Филарету, «ибо знали, что он достоин такого сана, особенно же потому, что он был царский отец по плоти, да будет царствию помогатель и строитель, сирым защитник и обидимым предстатель». Филарет традиционно вначале отказывался, а потом согласился. Посвящение его в сан состоялось 24 июня 1619 года.
С возвращением Филарета в стране началось двоевластие. Филарет официально получил титул Великого государя. И титул этот был не формальным. Все государственные дела докладывались обоим государям, решались обоими, иностранные послы представлялись также обоим государям, подавали двойные грамоты и подносили двойные дары.
Один из современников описывал Филарета в 20-х годах XVII века: «Был ростом и полноты средних, Божественное писание разумел отчасти, нравом был опальчив и мнителен, а такой владетельный, что и сам царь его боялся. Бояр и всякого чина людей из царского сиклита томил заточениями необратными и другими наказаниями. К духовному сану был милостив и не сребролюбив, всеми царскими делами и ратными владел». Двоевластие продолжалось до самой смерти Филаретам 1631 году.
Князь Пожарский в 1613–1618 годах сражался с поляками и покрыл свое имя новой славой. Но после подписания мира Михаил с Филаретом постарались задвинуть воеводу подальше. В 1621 году его назначили ведать Разбойным приказом (угрозыском — на современном языке). С 1628 по 1631 год Пожарский служит воеводой в Новгороде, в 1635 году его назначают управляющим Судным московским приказом. 20 апреля 1642 года Дмитрий Михайлович Пожарский скончался. У него осталось три сына. Михаил и Алексей Романовы не пустили детей героя выше чина стольника. Мужское потомство Пожарского пресеклось в конце XVII века.
В 1613 году атаман Иван Заруцкий вместе с Мариной Мнишек и ее сыном ушел на Волгу. Постепенно царские воеводы загнали казаков Заруцкого в Астрахань. В конце концов в июле 1614 года воевода Одоевский захватил Заруцкого с Мариной и ее сыном. Всех троих доставили в Москву. Там Заруцкого посадили на кол, а несчастного пятилетнего Ивана Дмитриевича публично повесили. Современники утверждали, что петля не затянулась на шее мальчика, и он погиб от холода лишь через несколько часов.
У Михаила Романова были основания бояться ребенка. Ведь мать Ивана была законно коронована в Москве в 1606 году, и в венчании на царство принимали участие Филарет и Иван Романовы. Правда, отец ребенка Лжедмитрий II был сомнительным царем, но тогда таким же сомнительным патриархом можно считать и его отца Филарета.