Сапега ответил, что король именно за тем и пришел в Московское государство, чтобы его успокоить, но русские сами во всем виноваты, поляки же сами были бы все уничтожены, если бы не сожгли Москву, и добавил: «Но скажите, как этому злу помочь и кровь унять?» Послы ответили: «Теперь мы и сами не знаем, что делать. Посланы мы от всей земли, и, во-первых, от патриарха, но слышим от вас, что этот начальный наш человек теперь у вас под стражею, Московского государства бояре и всякие люди пришли под Москву и с королевскими людьми бьются. Кто мы теперь такие, от кого послы — не знаем; кто нас отпускал, те, как вы говорите, умышляют противное нашему посольству. И с Смоленском теперь не знаем, что делать, потому что если смольняне узнают, что королевские люди, которых москвичи впустили к себе, Москву выжгли, то побояться, чтоб и с ними того же не случилось, когда они впустят к себе королевских людей». Сапега отвечал: «Что сделалось в Москве, об этом говорить нечего: говорите, что делать вперед?» Тогда послы сказали: «Другого средства поправить дело нет, как то, чтоб король наши статьи о Смоленске подтвердил и время своего отступления в Польшу именно назначил на письме, за вашими сенаторскими руками. А мы об этой королевской милости дадим знать в Москву патриарху, боярам и всем людям Московского государства, напишем и тем, которые теперь пришли под Москву, чтоб они унялись и с королевскими людьми не бились, и чтоб из Москвы к нам как можно скорее отписали и прислали людей изо всех чинов». Сапега согласился, но потребовал, чтобы договор о Смоленске был заключен немедленно, и сразу же в город были впущены королевские войска. Но послы возразили, что, не получив ответа из Москвы, смоляне на это не согласятся. Тогда канцлер велел послам написать две грамоты: одну в Москву к патриарху и боярам, другую в ополчение к Ляпунову. На следующий день Луговский принес эти грамоты к Сапеге, а тот спросил: «Хотите ли теперь же впустить в Смоленск людей королевских?» Луговский ответил, что решено ждать ответа из Москвы. «Когда так, то вас всех пошлют в Вильну», — пригрозил Сапега. «Надобно кровь христианскую унять, а Польшею нас стращать нечего: Польшу мы знаем», — был ответ Луговского.
12 апреля послам объявили, что на следующий день их отправят в Польшу. Напрасно Филарет и Голицын объясняли, что у них нет инструкций ехать в Польшу и даже нет средств на это путешествие. Рано утром им было велено садиться на речные суда. Когда русские стали садиться на суда, польская охрана перебила всех слуг и захватила все посольское имущество. Послы на трех судах под конвоем были отправлены вниз по Днепру.
Первоначально русские послы были заключены во владениях пана Жолкевского в местечке Каменки, а когда поляки сдались в Москве, Филарета и Голицына отправили подальше в замок Мальборг (Мариенбург).
Между тем силы гарнизона и жителей Смоленска иссякали. В городе свирепствовала цинга. Современники утверждали, что к концу осады из восьмидесяти тысяч жителей осталось не более восьми тысяч. Из Смоленска к королю перебежал некий Андрей Дедешин, который указал на слабые места в стене. Король велел построить там несколько осадных батарей. После нескольких дней бомбардировки стены рухнули. Ночью 3 июня 1611 года поляки полезли в пролом. Начался бой на городских улицах. Смоленск горел. Несколько сотен горожан заперлись в соборной церкви Богородицы вместе с архиепископом Сергием. В собор ворвались поляки, архиепископ в полном облачении с крестом в руках пошел им навстречу. Какой-то пан ударил Сергия саблей по голове. Поляки начали в соборе рубить мужчин и хватать женщин. Тогда посадский человек Андрей Беляницын взял свечу и полез в подвал собора, где хранилось 150 пудов пороха. Как писал современник: «И был взрыв сильный, и множество людей, русских и поляков, в городе побило. И ту большую церковь, вверх и стены ее, разнесло от сильного взрыва. Король же польский ужаснулся и в страхе долгое время в город не входил».
Воевода Шеин был взят в плен, где подвергся жестоким пыткам. После допроса его отправили в Литву, где держали в оковах «в тесном заточении».
Взятие Смоленска вскружило голову королю. Вместо похода на Москву он немедленно распускает свою армию и едет в Варшаву. Видимо, на это решение повлияло и безденежье короля — наемникам нечем было платить. Но главным фактором все же была эйфория!
29 октября 1611 года король устроил себе в Варшаве триумф по образцу римских императоров. Через весь город в королевский замок проследовала пышная процессия, во главе которой ехал гетман Жолкевский. За ним следовало рыцарство. В открытой карете, запряженной шестеркой лошадей, сидел бывший московский царь Василий Шуйский, одетый в белую парчовую ферязь и меховую шапку. Этот седой старик смотрел сурово исподлобья. Напротив Василия сидели два его брата, а посередине — пристав. Братьев Шуйских вывели из кареты и подвели к королю. Они низко поклонились, держа шапки в руках. Жолкевский произнес длинную речь об изменчивости счастья, о мужестве короля, восхвалял его подвиги — взятие Смоленска и Москвы, поговорил о могуществе московских царей, последний из которых теперь стоял перед королем и бил челом. Тут Василий Шуйский, низко склонив голову, дотронулся правой рукой до земли и потом поцеловал эту руку, Дмитрий Шуйский поклонился до самой земли, а младший брат Иван трижды поклонился и заплакал. Жолкевский продолжал свою речь. Он говорил, что вручает братьев Шуйских королю не как пленников, но для примера счастья человеческого, и просил отнестись к ним благосклонно. И братья Шуйские в ответ опять низко кланялись. Когда гетман закончил речь, Шуйских допустили к королевской руке. По словам современников, это было великое зрелище, вызывающее удивление и жалость. Тут в толпе панов послышались голоса, требовавшие отомстить Шуйскому как виновнику смерти многих поляков. Юрий Мнишек требовал мести за свою дочь. Братьев Шуйских заключили в Гостынском замке в нескольких верстах от Варшавы.
Василия Шуйского поляки держали в тесной камере над воротами замка. К нему не допускали ни братьев, ни русских слуг. Дмитрий Шуйский жил в каменном нижнем помещении. 12 сентября 1612 года Василий умер, пять дней спустя умер его брат Дмитрий. Поляки объявили, что князья Шуйские умерли естественной смертью. Однако факты говорят об умышленном убийстве братьев. Василию Шуйскому едва исполнилось 60 лет, а Дмитрий был на несколько лет его моложе. Тела покойных похоронили тайно, и никто не знал, где находятся их могилы.
Младшего брата Ивана поляки пощадили, он говорил позже: «Мне вместо смерти наияснейший король жизнь дал». Ивана Шуйского ждала судьба таинственного узника. Он должен был забыть свое имя и происхождение. Отныне он звался Иваном Левиным. Расходы на его содержание составляли три рубля в месяц, имевшиеся при нем дорогие вещи были отобраны в королевскую казну.
Слухи об убийстве братьев Шуйских достигли России. Московские летописцы нисколько не сомневались, что братья Шуйские погибли в Литве «нужной» (насильственной) смертью.
В 1619 году князь Иван Иванович Шуйский при обмене пленных возвратился в Россию. Там он вступил в брак с княжной Марфой Владимировной Долгорукой, родной сестрой первой жены царя Михаила Федоровича. Увы, его брак, как и у его братьев Василия и Дмитрия, был бездетным. Иван занимал довольно видное место при дворе и заведовал Московским судным приказом. За что-то он получил прозвище Пуговка. Умер И. И. Шуйский в 1638 году. На нем пресекся знатный род Шуйских.
Останки царя Василия, его жены и брата в 1620 году были перевезены в Варшаву и торжественно погребены в католической часовне. На месте этой часовни игрою случая в XIX веке была построена православная церковь. В 1635 году после заключения Поляновского мира король Владислав отослал останки Василия, его жены и брата в Москву. Там Василий и Дмитрий Шуйские были окончательно погребены в усыпальнице московских правителей — Архангельском соборе.