Первое сопротивление шведы встретили на площади, где находился Бутурлин со своим отрядом. Но сопротивление это было непродолжительным — вскоре Бутурлин отступил за стены города, а его казаки и стрельцы ограбили все встретившиеся им на пути лавки и дворы под тем предлогом, чтоб добро не досталось шведам.
Было еще сильное, но бесполезное сопротивление в двух местах. Стрелецкий голова Василий Гаютин, дьяк Анфиноген Голенищев, Василий Орлов и казачий атаман Тимофей Шаров с отрядом из сорока казаков решились защищаться до последнего. Шведы уговаривали их сдаться, но они предпочли погибнуть за православную веру. Софийский протопоп Аммос заперся на своем дворе с несколькими новгородцами, они долго отбивались от шведов, перебив многих из них. Аммос был в это время под запрещением у митрополита Исидора. Митрополит служил молебен на городской стене, видел подвиг Аммоса, заочно простил и благословил его. Шведы, озлобленные сопротивлением, подожгли двор протопопа, и он погиб в пламени со своими товарищами: ни один не дался живым в руки шведам.
Это были последние защитники Новгорода. Митрополит Исидор и князь Одоевский, видя, что ратных людей нет в городе, послали договариваться с Делагарди. Первым условием была присяга новгородцев шведскому королевичу. Делагарди со своей стороны обязался не разорять Новгород и был пущен в кремль. До прибытия королевича новгородцы должны были повиноваться Делагарди.
В находившемся рядом Пскове царило безвластие. Но, как говорится, свято место пусто не бывает. 23 марта 1611 года в Иван-городе появился «вор» Сидорка, назвавшийся царевичем Димитрием (Лжедмитрий III). Самозванец рассказал горожанам, что он якобы не был убит в Калуге, а «чудесно спасся» от смерти. В Иван-городе на радостях три дня звонили в колокола и палили из пушек.
Лжедмитрий III вступил в переговоры со шведским комендантом Нарвы Филиппом Шедингом. Когда шведский король узнал из донесения Шединга о явлении спасенного Димитрия, то направил в Иван-город своего посла Петрея, в свое время бывшего в Москве и видевшего Лжедмитрия I. Прибыв в Иван-город, Петрей увидел перед собой явного проходимца, после чего шведы прекратили всякие контакты с ним.
Идея возвести на престол шведского королевича вызвала яростное сопротивление казаков. Им куда интереснее было иметь на престоле своего царя, например, того же «воренка» с регентом Заруцким или даже самого Заруцкого. А поведение шведов в Новгороде давало возможность взыграть «патриотическим чувствам казачества».
Не меньшее раздражение казачества вызвали и попытки Ляпунова наладить хоть какое-то подобие дисциплины в ополчении. Воровские казаки из ополчения грабили села и города в ближнем и дальнем Подмосковье с не меньшей жестокостью, чем запорожцы или частные армии польских панов.
Возмущенный грабежами и убийствами мирных граждан воевода Матвей Плещеев поймал 28 казаков и велел их утопить. Однако подоспевшие их товарищи отбили осужденных. Мало того, казаки собрали круг и начали высказывать претензии руководству ополчения. Ляпунов разгневался, решил покинуть лагерь ополчения и уехать в Рязань. По приказу Заруцкого казаки нагнали его у Симонова монастыря и уговорили остаться. Заруцкий боялся, что в Рязани Ляпунов начнет сбор нового и уже однородного дворянского ополчения.
Поляки хорошо знали все происходившее в лагере осаждающих. Гонсевский понимал, что ополчение держится на Ляпунове, а казаков с Трубецким и Заруцким он не боялся. И «староста московский» решил устроить провокацию. Во время одной из стычек поляки взяли в плен донского казака, который был побратимом атамана Исидора Заварзина. Заварзин захотел освободить товарища и вступил в переговоры с Гонсевским, предлагая выкуп. Гонсевский воспользовался этим случаем и велел написать подложную грамоту от имени Ляпунова. Грамота была адресована во все города России. Там говорилось: «Где поймают казака — бить и топить, а когда, Бог даст, государство Московское успокоится, то мы весь этот злой народ истребим».
Подделка была отдана освобожденному казаку, а тот, вернувшись к своим, отдал грамоту Заварзину: «Вот, брат, смотри, какую измену над нашею братьею, казаками, Ляпунов делает! Вот грамоты, которые литва перехватила». Взяв грамоту, Заварзин ответил: «Теперь мы его, блядского сына, убьем!»
22 июня 1611 года казаки собрали круг, зачитали письмо и потребовали на круг главных воевод. Трубецкой и Заруцкий на круг не поехали. Ляпунов тоже отказал посланному за ним атаману Сергею Карамышеву. Тогда круг направил к Ляпунову двух детей боярских: Сильвестра Толстого и Юрия Потемкина. Те поручились, что войско не причинит воеводе никакого вреда. Поверив им, Ляпунов поехал к казакам в сопровождении нескольких дворян.
Когда Ляпунов вошел в круг, атаман Карамышев стал кричать, что он изменник, и показал воеводе грамоту. Ляпунов посмотрел на грамоту и сказал: «Рука похожа на мою, только я не писал». В ответ Карамышев ударил воеводу саблей. Ляпунова пытался защитить дворянин Иван Никитич Ржевский, но озверелые казаки изрубили саблями обоих.
Заметим, что ни Трубецкой, ни тем более Заруцкий не пытались не только защитить Ляпунова, но даже соблюсти приличия после его смерти. Три дня изрубленные тела Ляпунова и Ржевского валялись рядом с казацким острожком. Тела были сильно обезображены бродячими собаками. Лишь на четвертый день тела бросили в простую телегу и отвезли в ближайшую церковь на Воронцовском поле. Оттуда тела перевезли в Троице-Сергиев монастырь и там захоронили без всяких почестей. Надпись на простом каменном надгробии гласила: «Прокопий Ляпунов да Иван Ржевской, убиты 7119 (1611) году июля в 22 день».
Убийство воеводы показало, что главные воеводы потеряли контроль над ополчением, а само ополчение из земской рати, вставшей на защиту отечества, превратилось в шайку разбойников.
Через несколько дней после убийства Ляпунова в ополчение из Казани доставили список с иконы Казанской Богородицы. Руководство ополчения решило устроить торжественную встречу иконы. Духовенство и все служилые люди пошли пешком навстречу иконе, а Заруцкий с казаками выехали верхом. Казаки решили, что служилые люди хотят отличиться от них благочестием, и начали оскорблять их. Вскоре казакам и этого показалось мало, и они пустили в ход сабли. Несколько десятков дворян и стрельцов было убито и ранено. Заруцкий и Трубецкой, как и в случае с Ляпуновым, принципиально не вмешивались.
После этого инцидента началось массовое бегство из ополчения дворян и других служилых людей. Наиболее богатые из дворян покупали у Заруцкого воеводства и другие должности и отправлялись на места службы наверстывать заплаченные деньги.
Под Москвой остались в основном воровские казаки и некоторое число дворян, привыкших к разбоям и разгульной жизни. Большинство из них привыкли жить и ладить с казаками в Тушине и Калуге у Лжедмитрия II.
4 августа 1611 года к Москве вновь подошло воинство Петра Сапеги, везшее с собой большой обоз с провиантом. Сапега атаковал казачьи острожки за Яузой, намереваясь прорваться в Китай-город через Яузские ворота. Однако казакам удалось отбиться от сапеженцев. Из Белого города пошли на вылазку поляки Гонсевского и тоже были отбиты с большим уроном.
На следующий день Сапега напал на русских с Запада. Навстречу ему опять сделали вылазку осажденные. В Белом городе шли ожесточенные бои. Полякам удалось захватить Арбатские и Никитские ворота Белого города и беспрепятственно провести в Кремль обоз с продовольствием. Позже поляки — участники сражения — писали, что русские были чрезвычайно испуганы, и вечером 5 августа их можно было разгромить наголову. Однако когда Гонсевский попытался ввести в бой свежие хоругви, стоявшие в Кремле, они попросту отказались выходить из-под защиты стен.
Утром 6 августа Гонсевский и Сапега отдали приказ о генеральной атаке русских. И на сей раз несколько хоругвей отказались повиноваться. Гонсевскому пришлось дать отбой. Вскоре Сапега заболел и 14 сентября умер в Кремле в доме Шуйского.