По этому поводу историк Н. И. Костомаров писал: «Так добил московский государь Новгород и почти стер с земли отдельную северную народность. Большая часть народа по волостям была выгублена во время двух опустошительных походов. Весь город был выселен. Место изгнанных старожилов заняли новые поселенцы из Московской и Низовой Земли. Владельцы земель, которые не погибли во время опустошения, были также почти все выселены; другие убежали в Литву».
Надо ли говорить, что в 80-х годах XV века Новгород покинуло подавляющее большинство иностранных купцов, занимавших ранее целый квартал в городе — «немецкий двор». Бесспорно, в вольном Новгороде было много буйства, но иностранцы были надежно защищены от него. На тот же «немецкий двор» новгородцы могли заходить только днем. Строгий порядок в торговых сделках сменился бесчинствами Захарьевичей. Да и не с кем стало торговать — все партнеры иностранных купцов были казнены или высланы из Новгорода.
Так рухнули торговые связи Новгорода Великого, доставлявшие огромные средства республике. Иван III из жадности зарезал курицу, несшую золотые яйца.
В целом для истории России уничтожение торговых связей Новгорода, а через 30 лет и Пскова привело фактически к изоляции России на 200 лет от Западной Европы. На западе Россию от Европы отгораживали враждебные Литва и Польша, на юге — Оттоманская империя. Северо-западное окно в Европу заколотил сам Иван III, а в начале XVII века шведы лишь заделали щели.
Как видим, с землевладельцами и купцами московские наместники разобрались сравнительно быстро. Новгородское же духовенство оказалось более крепким орешком. Новгород принял крещение одновременно с Киевом. Новгород не испытал татарских набегов, благодаря чему там сохранилось в неприкосновенности рукописное наследие древней Руси. Тесные связи Новгорода с Западной Европой сказались на уровне знаний духовенства, как писал историк Скрынников: «Так называемая Геннадиевская библия засвидетельствовала этот факт с полной очевидностью. В конце XV века книжники и писцы Софийского дома, возглавляемого в то время Геннадием, составили первый полный свод библейских славянских книг, включавший множество книг кирилло-мефодиевского, болгарского и восточнославянского происхождения. Состав библии дал основание филологу А. А. Алексееву заключить, что в XV веке Новгород обладал, по всей вероятности, самым большим собранием рукописей во всем тогдашнем славянском мире. Ни один из кодексов XIV–XVI веков не давал такого подбора библейских текстов, как Геннадиевская библия. За несколько веков самостоятельного существования республики в православии новгородского толка появились черты, отличавшие его от московского. Новгородцы поклонялись своим чудотворцам и угодникам, крестились иначе, чем москвичи»[7].
Новому архиепископу Геннадию и прибывшим с ним попам было трудно управлять куда более образованным новгородским духовенством. К тому же в Новгороде знали о деньгах, данных Геннадием великому князю. Старец Захарий в лицо заявил Геннадию: «Попы, ден, по мзде ставлены, и митрополиты, ден, и владки по мзде же ставлены». В такой ситуации власть Геннадия могла зиждиться только на репрессиях, и они не замедлили последовать.
Архиепископ Геннадий обвинил ряд священников и монахов в ереси. Вначале сам Геннадий заявил, что он подслушал разговор двух вдрызг пьяных попов Григория и Ереса, а также дьяка Григория, в котором они ругали «святые иконы». «Еретиков» арестовали, но позже они были кем-то взяты на поруки и бежали в Москву.
Но одной пьяной болтовни было мало для большого процесса о еретиках. И вот появляется провокатор — новгородский поп Наум. Он покаялся, что вместе с беглецами молился «по жидовскы» и прельщал христиан «жидовским десятисловием».
Беглых попов и дьяка Гридю (Григория) вернули в Новгород и на торгу били кнутами. Однако этого Геннадию показалось мало, он стал готовить новый процесс. Начались жестокие пытки новгородского духовенства. Новгородские наместники Захарьевичи деятельно помогали Геннадию в борьбе с его недругами-новгородцами, объявленными еретиками. Они лично участвовали в допросах и пытках заподозренных новгородцев.
Суд над новгородскими еретиками Иван III решил провести в Москве. Познания новгородцев в богословии явно превосходили познания их обвинителей. Поэтому Геннадий Гон-зов откровенно сказал судьям: «Да еще люди у нас простые, не умеют по обычным книгам говорити: таки бы о вере никаких речей с ними не плодили; токмо того для учинити собор, что их [еретиков] казнити — жечи да вешати». То есть следовало заставить обвиняемых молчать и быстро приговорить их к смерти.