Суд над еретиками происходил в Кремлевском дворце в присутствии Ивана III и Боярской думы. Обвиняемые защищались очень грамотно и все время подчеркивали свою приверженность к православию. В результате Иван III отклонил требования Геннадия и К° «жечи да вешати». Часть подсудимых была освобождена, остальные приговорены к различным наказаниям. С монаха Захария содрали иноческое платье и выдали епископу Нифонту, «а Дениса попа поточиша в Галич». Содержали их в таких нечеловеческих условиях, что Денис лишился рассудка, заблеял козлом и умер после месячного заточения.
Протопопа Софийского собора Гавриила, дьяка Гридю и других новгородцев отправили на расправу на родину. В Новгороде Геннадий и братья Кошкины устроили аутодафе в лучших традициях Торквемады. Еретиков облачили в вывороченные наизнанку одежды. На головы им надели высокие берестяные остроконечные колпаки с мочальными кистями и соломенными венками. На берестяных колпаках были нарисованы черти и написано «се есть сатаны воинство». В таком виде еретиков сажали на лошадей лицом к хвосту и возили по городу. Аутодафе закончилось сожжением колпаков на головах у осужденных. Интересно, сам ли архиепископ Геннадий вкупе с братьями Захарьевичами придумал сей ритуал или они получили какую-то информацию с Запада, где тогда проводили аналогичные мероприятия?
Покончив с Господином Великим Новгородом, Иван III решил разделаться и с Тверским княжеством. Тверь оставалась формально независимой, но ее князь Михаил Борисович был верным вассалом Москвы. Тверские отряды вместе с Иваном III ходили на Новгород, а в 1480 году участвовали в «стоянии на реке Угре». Сам Михаил Борисович был ограниченным и, мягко выражаясь, недалеким человеком и не мог представлять никакой угрозы Ивану III. Тем не менее 21 августа 1485 года войско Ивана III вышло из Москвы, а с севера на Тверь двинулся отряд новгородцев под командованием Якова Кошкина. 8 сентября началась осада Твери. 11 сентября к Ивану перебежали несколько тверских бояр. А на следующую ночь Михаил Тверской бежал в Литву. Через пять лет летописец кратко запишет о нем: «Борисович Михайло. Играл в дуду. И предал Тверь. Бежал в Литву».
В 1494 году в Ревеле местные власти сожгли какого-то русского за какое-то «гнусное преступление». Дело безвестного мелкого купца или холопа не стоило и выеденного яйца. Но на запрос из Новгорода магистр гордо ответил: «Мы сожгли бы Вашего князя, если бы он у нас сделал то же». Яков Кошкин поспешил наябедничать в Москву. Ивана это сильно задело. Он потребовал, чтобы Ливонский орден выдал ему на расправу ревельский магистрат, на что, естественно, получил отказ. Иван в отместку повелел Якову Кошкину схватить в Новгороде всех немецких купцов, отнять их гостиные дворы и церковь, а товары переписать и отправить в Москву. Яков и Юрий в точности исполнили приказ — 40 купцов-«немцев» из тринадцати городов были посажены в тюрьму, а имущество их разграблено. Слово «немцев» я взял в кавычки, так как это были, видимо, не только немцы, а и выходцы из западных стран — шведы и другие. Обратим внимание на цифры — к 1495 году оставалось всего 40 купцов, а двадцать лет назад их были сотни. Так братцы Кошкины окончательно закрыли «немецкий двор» в уже подневольном городе Новгороде.
В сентябре того же 1495 года Яков Захарьевич отправился в поход на шведов. 60-тысячное московское войско под командованием князя Василия Шуйского осадило Выборг. К крепости была подтянута осадная артиллерия с огромными пушками длиной свыше семи метров. Осада длилась три месяца, но шведы еще в 1477 году выстроили мощные каменные укрепления, и взять город не удалось. Русские ограбили окрестности и в декабре 1495 года двинулись восвояси.
Интересно, что параллельно с грабежами, борьбой с ересью, войной со шведами братья Захарьевичи успевают заниматься еще и дипломатией.
В 1492 году умер польский король Казимир. Польша и Литва разделились между его сыновьями: Яну Альбрехту досталась Польша, а Александру — Литва. Иван III побаивался короля Казимира, но после его смерти решил начать большую войну. Иван III срочно отправил в Крым своего посла Константина Заболоцкого. Послу поручено было сказать хану Менгли Гирею, что король Казимир умер, но его сыновья такие же враги Москве и Крыму, как и отец, и чтобы хан с ними в союз не вступал, а пошел бы войной на Литву. Великий князь также хочет сам сесть на коня. Иван III рекомендовал хану идти на Киев.
Хан выслушал Заболоцкого, но послал в Малороссию не всю орду, а лишь 500 всадников. Иван III хотел воевать чужими руками и послал в Литву два небольших отряда. Тем не менее в Литве забеспокоились и собрались мириться с Москвой. Чтобы склонить Ивана III к уступкам, ему решили предложить брачный союз с одной из его дочерей и великим князем литовским Александром. Но как это сделать? Ведь на границе Литвы и Руси идет война. Александр решил действовать обходным путем. Полоцкий наместник пан Ян Заберезский послал своего писаря Лаврина в Новгород к московскому наместнику Якову Захарьевичу под предлогом покупки разных вещей в Новгороде, а на самом деле с предложением о сватовстве. Яков Захарьевич, узнав об этом предложении, сам поехал в Москву объявить о нем великому князю. Иван III сначала решил было с боярами, что Якову не следует посылать к Заберезскому своего человека с ответом на его предложение, но потом, когда Яков уже уехал в Новгород, великий князь передумал и послал ему приказ отправить своего человека к Заберезскому, не прекращая, впрочем, военных действий, «потому что и между государями пересылка бывает, хотя бы и полки сходились», и велел писать вежливо, потому что Заберезский писал вежливо. Посланный должен был все разведать — какие отношения у Александра с панами, какие слухи ходят про братьев Александра. В Москве поняли, зачем в Литве хотят начать дело о сватовстве, и потому посланец Яков Захарьевич должен был передать Заберезскому, что до заключения мира никаких переговоров о браке не будет.