Слухи об убийстве братьев Шуйских достигли России. Московские летописцы нисколько не сомневались, что братья Шуйские погибли в Литве «нужной» (насильственной) смертью.
В 1619 году князь Иван Иванович Шуйский при обмене пленных возвратился в Россию. Там он вступил в брак с княжной Марфой Владимировной Долгорукой, родной сестрой первой жены царя Михаила Федоровича. Увы, его брак, как и у его братьев Василия и Дмитрия, был бездетным. Иван занимал довольно видное место при дворе и заведовал Московским судным приказом. За что-то он получил прозвище Пуговка. Умер И. И. Шуйский в 1638 году. На нем пресекся знатный род Шуйских.
Останки царя Василия, его жены и брата в 1620 году были перевезены в Варшаву и торжественно погребены в католической часовне. На месте этой часовни игрою случая в XIX веке была построена православная церковь. В 1635 году после заключения Поляновского мира король Владислав отослал останки Василия, его жены и брата в Москву. Там Василий и Дмитрий Шуйские были окончательно погребены в усыпальнице московских правителей — Архангельском соборе.
Взятие Смоленска и триумф короля в Варшаве убедили подавляющее большинство панства, что Москва окончательно покорена. Коронный вице-канцлер Феликс Крыский заявил в Варшаве: «Глава государства и все государство, государь и его столица, армия и ее начальники — все в руках короля».
Однако победа не только не способствовала усилению королевской власти в Польше, наоборот, участники недавно подавленного «рокоша» Гербут, Стадницкий и другие начали готовить очередной мятеж. Они вошли в переписку с Гавриилом Баторием, племянником знаменитого польского короля Стефана Батория, и пригласили его занять польский престол.
Между тем польский гарнизон в Москве оказался в очень сложном положении. Поляки и их сторонники типа Федора Андронова окончательно разграбили царскую казну. Денег и драгоценностей было в избытке, но их нельзя было есть. Как писал Конрад Буссов, сидевший в Кремле вместе с поляками, «из спеси солдаты заряжали свои мушкеты жемчужинами величиною с горошину и с боб и стреляли ими в русских… Польские солдаты полагали, что если только они будут носить шелковые одежды и пышности ради наденут на себя золото, драгоценные камни и жемчуг, то голод не коснется их. Хотя золото и драгоценные камни имеют замечательные свойства, когда их обрабатывают chimica artr [химически], но все-таки они не могут насытить голодный желудок. Через три месяца [после прихода Ляпунова] нельзя было получить за деньги ни хлеба, ни пива. Мера пива стоила 1/2 польского гульдена, то есть 15 м. грошей, плохая корова — 50 флоринов (за такую раньше платили 2 флорина), а караваи хлеба стали совсем маленькие. До сожженных погребов и дворов, где было достаточно провианта, да еще много было закопано, они уже не могли добраться, ибо Ляпунов отнял у поляков Белый город. Благодаря этому московитские казаки забрали из сожженных погребов весь оставшийся провиант, а нашим пришлось облизываться. Если же они тоже хотели чем-нибудь поживиться, то должны были доставать это с опасностью для жизни, да и то иногда не могли ничего найти».
По приказу Гонсевского патриарх Гермогён находился под стражей на подворье Кирилло-Белозерского монастыря в Кремле. Позиция Гермогена до сих пор вызывает споры у историков.
Дело в том, что подлинные грамоты Гермогена, разосланные по городам России, где патриарх призывает народ на борьбу с поляками, не сохранились. А сам Гермоген, находясь под стражей у поляков, от этих грамот всячески открещивался. Осенью 1611 года Гермоген (возможно, под нажимом Гонсевского) написал очередное письмо королю Сигизмунду: «Король, даруй нам сына своего, его же возлюби и из-бра бог во цари, в нашу православную веру…» Тем не менее поляки в конце 1611 года перевели патриарха с подворья Кирилло-Белозерского монастыря в тюрьму Чудова монастыря и плохо кормили его. Если верить летописи: «Злии немилостивии приставники [т. е. польские приставы. — А. Ш.] меташа бо страдальцу Христову нечеловечески пищу — на неделю сноп овса и мало воды». Возраст и голод сделали свое дело — 17 февраля 1612 года Гермоген скончался.
Каковы бы ни были истинные политические воззрения Гермогена, он стал знаменем патриотических сил России, и его смерть стала важным аргументом в пропагандистской войне против польских оккупантов.
Ополчение Ляпунова не имело сил для штурма Китай-города и Кремля, имевших мощные каменные укрепления. У ополчения не было достаточного числа осадных орудий, способных разрушить стены. Да и моральный дух войска был слишком низок, чтобы идти на штурм и нести большие потери. Поэтому русские ополченцы решили взять поляков измором, а пока занялись решением политических проблем.