1 июля Лжедмитрия III повезли в подмосковный лагерь первого ополчения. По дороге на конвой напали поляки пана Лисовского. Псковичи прикончили «вора» и удрали от поляков.
В сложившейся ситуации Минин и Пожарский в Ярославле, как и раньше в Нижнем Новгороде, продолжали считать своей главной задачей не очищение Москвы от поляков, а создание законной прочной власти, которая сможет объединить страну и покончить со смутой.
7 апреля 1612 года, почти сразу после занятия Ярославля, от лица земского ополчения по всем русским городам рассылаются грамоты. В грамотах, уже не стесняясь в выражениях, расписываются беззакония казаков Заруцкого и Трубецкого. Русские города призываются послать в Ярославль «изо всяких чинов людей человека по два», с ними собрать Земский собор и выбрать «по совету всего государства» царя, чтобы стоять с ним вместе «против общих врагов, польских и литовских, и немецких, и русских воров, которые новую кровь в государстве всчиняют». Грамота была подписана не одним Пожарским, а боярами В. П. Морозовым, В. Т. Долгоруким, окольничим С. В. Головиным, несколькими стольниками, дворянами и дьяками — всего 50 подписей.
Созыв Собора в обстановке смуты и хаоса — дело не недель, а долгих месяцев. Поэтому в Ярославле, не дожидаясь Собора, было создано земское правительство, управляющее уже большей частью России. В Ярославле возникли приказы (нечто типа министерств) — Поместный приказ, Монастырский приказ и др. В Ярославле был устроен Денежный двор, и началась чеканка монеты. Земское правительство вступает в переговоры с зарубежными странами.
Значительную роль в правительстве играл Кузьма Минин. Нижегородский мещанин получил необычный и внушительный титул — «Выборный всею землей человек».
Разумеется, кроме светской власти должна быть власть и духовная. Для созыва Большого собора нужно было время, а пока был создан Духовный совет, во главе которого был поставлен бывший ростовский митрополит Кирилл. Тот самый Кирилл, которого без особых оснований сместил с митрополии Гришка Отрепьев, дабы поставить туда своего благодетеля Филарета Романова. С 1606 года Кирилл проживал в Троице-Сергиевом монастыре. Выбор Кирилла не был случаен. В начале 1612 года в Москве от рук поляков принял мученическую кончину патриарх Гермоген. Филарета Романова, гостившего у польского короля в Ярославле, ни патриархом, ни митрополитом не считали. По церковному обычаю следующим по старшинству после патриарха считался новгородский митрополит, но новгородский митрополит Исидор был в шведском плену. За ним следовал казанский митрополит Ефим, но он был крайне необходим в Казани, а далее следовал по старшинству ростовский митрополит. Таким образом, была организована и своя церковная власть, и под рукой был почти неоспоримый кандидат в патриархи.
Ярославское правительство учредило и новый государственный герб, на котором был изображен лев. На большой дворцовой печати были изображены два льва, стоящие на задних лапах. При желании введение нового герба можно объяснить тем, что все самозванцы выступали под знаменами с двуглавым орлом — гербом русского государства — еще со времен Ивана III. Но с другой стороны — новый государственный герб был уж очень похож на герб князя Пожарского, где были изображены два рыкающих льва. Да и сам Пожарский теперь именовался «Воевода и князь Дмитрий Михайлович Пожарково-Стародубский».
Деятельность ярославского правительства начала приносить плоды. Даже отдаленные области Поморья и Сибири слали деньги и своих представителей в Ярославль.
Казалось, еще немного, и Земский собор изберет славного воеводу царем, а Митрополита Кирилла — патриархом. Со смутой было бы покончено в течение нескольких месяцев. Вся история государства Российского могла пойти по другому пути.
Однако судьба распорядилась совсем иначе. В июле 1612 года войско гетмана Ходкевича двинулось на Москву. Перед Пожарским и Мининым возникла роковая дилемма — идти к Москве означало своими руками погубить план спасения государства который был уже на грани успеха. Под Москвой волей-неволей придется сотрудничать с первым ополчением, признать его легитимность и делить плоды победы. А то, что собой представляла публика из первого ополчения, Пожарский и Минин знали не понаслышке. Не было никакого сомнения, что воровские казаки и впредь будут источником смут и потрясений. Но, с другой стороны, стоять в Ярославле и ждать, пока Ходкевич разгонит казаков и деблокирует войско Гонсевского, тоже было нельзя. Это скомпрометирует второе ополчение и особенно его вождей. Узнав о походе Ходкевича, многие казачьи атаманы из подмосковного лагеря писали слезные грамоты к Пожарскому с просьбой о помощи.