С октября 1996 года в усыпальнице Спасо-Преображенского собора начались археологические работы. Специальную исследовательскую группу возглавил доктор исторических наук А. К. Станюкович. В нее входили научный сотрудник Института археологии РАН П. Ю. Черносвитов (графическая фиксация), заведующий физико-техническим отделом НИИ судебной медицины Минздрава РФ, профессор, доктор медицинских наук В. Н. Звягин (медико-антропологические исследования) и реставратор И. И. Ёлкина (оперативная консервация древних тканей).
Экспедиции удалось найти и идентифицировать захоронения Романа Юрьевича Захарьина, его сыновей Долмата и Даниила, давно утерянную могилу его дочери Анны, бывшей замужем за князем В. А. Сицким. Найдена (совсем не там, где считалось ранее) могила самого знаменитого сына Романа Юрьевича Захарьина — Никиты Романовича Юрьева, отца патриарха Филарета и деда царя Михаила. Найдены утерянные захоронения второй жены Никиты Романовича Евдокии Горбатой-Шуйской, их сына Ивана Льва Никитича, младенца Михаила Даниловича, умерших в младенчестве четырех братьев царя Михаила Федоровича. Найдены неизвестные доселе могилы представителей рода Захарьиных-Яковлевых — Петра Яковлевича, его жены Анны и сына Захария.
Медико-антропологические исследования позволили установить, что некоторые представители рода (Роман Юрьевич, Никита Романович, один из малолетних братьев царя Михаила) страдали тяжелым наследственным заболеванием опорно-двигательного аппарата (болезнью Педжета). Вероятно, той же самой болезни был подвержен и царь Михаил Федорович, который, как писал он сам, в возрасте всего 27 лет «так скорбел ножками, что до возка и из возка в креслах носят».
В ходе благоустройства усыпальницы в 1996–1997 годах были собраны останки из множества разрушенных в разное время захоронений. Их погребли в 1997 году в одной общей могиле. Значительная часть останков принадлежит представителям рода Захарьиных-Юрьевых и Захарьиных-Романовых.
Стоит заметить, что небрежно к древним могилам относились и до 1917 года. Так, в 1857 году здесь также была устроена общая могила из многочисленных костей, собранных из различных разрушенных могил.
К сожалению, в Новоспасском монастыре не разрешили вскрыть ряд могил Романовых и их родственников. Из могил, которые были открыты, запретили выносить кости для исследования, в отдельных случаях запрещено было отделять от костей сохранившиеся остатки одежды. Естественно, это существенно затруднило работу исследователей. Тем не менее работа по уже полученным данным продолжается, и можно ожидать публикации подробных материалов исследований в ближайшее время.
1 декабря 1618 года в деревне Деулино было заключено перемирие с Польшей. Королевич Владислав так и не отказался от претензий на московскую корону, и польская сторона не признала Михаила царем. Однако поляки вернули Филарета, а взамен получили русские земли размером с небольшое европейское государство типа Бельгии или Дании. Россия потеряла 29 городов, включая Смоленск, Дорогобуш, Рославль, Чернигов, Новгород-Северский. Кстати, заметим, что спустя 372 года, в 1991 году, Ельцин тоже ухитрился отдать Чернигов, Новгород-Северский и другие исконно русские города.
14 июня 1619-года под Москвой у речки Пресни состоялась встреча царя Михаила и Филарета. Отец и сын поклонились друг другу в ноги и долго стояли в этом положении. Затем Филарет сел в карету, а царь Михаил пошел пешком впереди кареты.
По случаю возвращения Филарета в Москву пригласили иерусалимского патриарха Феофана, пообещав богатые подарки. Тот охотно согласился. Вместе с русскими владыками Феофан предложил патриарший престол Филарету, «ибо знали, что он достоин такого сана, особенно же потому, что он был царский отец по плоти, да будет царствию помогатель и строитель, сирым защитник и обидимым предстатель». Филарет традиционно вначале отказывался, а потом согласился. Посвящение его в сан состоялось 24 июня 1619 года.
С возвращением Филарета в стране началось двоевластие. Филарет официально получил титул Великого государя. И титул этот был не формальным. Все государственные дела докладывались обоим государям, решались обоими, иностранные послы представлялись также обоим государям, подавали двойные грамоты и подносили двойные дары.
Один из современников описывал Филарета в 20-х годах XVII века: «Был ростом и полноты средних, Божественное писание разумел отчасти, нравом был опальчив и мнителен, а такой владетельный, что и сам царь его боялся. Бояр и всякого чина людей из царского сиклита томил заточениями необратными и другими наказаниями. К духовному сану был милостив и не сребролюбив, всеми царскими делами и ратными владел». Двоевластие продолжалось до самой смерти Филарета в 1631 году.