В Казани образовалось временное правительство, во главе которого стал князь Чапкун Отучев. Первым делом были перебиты находившиеся в Казани стрельцы (около 180 человек) и несколько десятков русских купцов. Затем в Ногайскую орду послали гонцов, чтобы предложить престол астраханскому царевичу Ядыгар-Мухаммеду, потомку хана Тимура Кутлу. Царевич не заставил себя долго ждать и поспешил в Казань. На переправе через Каму Ядыгар-Мухаммеда чуть было не схватили русские, но ему удалось прорваться.
Вскоре против русских восстала вся горная сторона, и новопостроенный город Свияжск оказался в осаде. На выручку Свияжска царь направил войско под началом своего шурина Данилы Романовича Захарьина-Юрьева.
Иван IV вновь решил лично возглавить поход на Казань. Русские полки собирались очень медленно. Однако как раз медлительность воевод и спасла Москву. Узнав о подготовке похода на Казань, крымский хан Девлет Гирей двинулся на Москву. Татары судили по себе, и по их расчетам русское войско к середине июня 1552 года должно было быть где-то у Свияжска. Но как известно, русские долго собираются, а потом быстро едут. И к 19 июня русские войска еще находились под Москвой. Узнав о походе крымцев, царь Иван приказал двинуться против них всем полкам. Девлет Гирей был отброшен у Коломны, а затем наголову разбит у Тулы.
Лишь 3 июля Иван IV с двоюродным братом князем Владимиром Андреевичем выехал из Коломны под Казань. По пути царь несколько раз получал донесения о победах Данилы Романовича над «горными людьми»’. 13 августа Иван IV достиг Свияжска. К этому времени край был полностью усмирен боярином Данилой Романовичем. Иван позвал на обед посланцев от горных людей и объявил, что прощает их народу прежнюю измену.
20 августа 1552 года царь Иван Васильевич со 150-тысячным войском и 150 осадными орудиями обложил Казань. В городе же находились 30 тысяч воинов-казанцев и 3 тысячи ногайцев.
Иван IV приказал лишить казанцев воды. Ему доложили, что воду берут из ключа у Муралевых ворот, внутри крепости. Царь приказал английскому инженеру Бутлеру сделать подкоп и взорвать мину у источника. 4 сентября мина была взорвана, и казанцы лишились этого источника воды. Хотя полностью лишить Казань водоснабжения не удалось (в городе было несколько водоемов), взрыв произвел угнетающее действие на осажденных.
30 сентября было взорвано еще несколько мин под стенами крепости, и русские пошли на штурм. Однако казанцам удалось его отбить. В следующий раз мины были взорваны 2 октября. Русским удалось ворваться в город. На улицах завязался рукопашный бой. «Бьющеся царевы воины во всех местах от всех ворот мужествене, за руки имаяся, копии и саблями в теснотах, ножи режушеся. Во многих улицах со обоих стран христианам и татарам ударившеся во многие копия и на мног час стояще на копиях, ни единым поступившим».
После жестоких уличных боев, к концу дня, русским удалось овладеть городом. Иван — думаю, его уже можно называть Грозным — приказал перебить всех мужчин поголовно: «В полон имати жен и дети малые, а ратных избивати всех». Заодно с мужским населением было перебито и немало женщин: «Сечаху нещадно нечестивых мужей и жен». Город был разграблен и подожжен, улицы завалены трупами — «по удолием крови течаху». «Побитых во граде толикое множество лежаше, яко по всему граду не бе, где ступати не на мертвых. За царев же двором, где на бегство предалися, и с стен градских и по улицам костры (груды) мертвых лежаще с стенами градными ровно. Рвы же на той стороне града полны мертвых лежаше и по Казань реку и в реке, и за рекою по всему лугу мертвии погании лежаша». Для въезда царя Ивана в город смогли «едину улицу очистити к цареву двору от Муралеевых ворот мертвых поснести, и едва очистили», хотя расстояние от ворот до дворца было чуть более 200 метров.
Из мужчин в живых был оставлен лишь хан Ядыгар. Кроме того, несколько сот казанцев, перебравшись через городскую стену, форсировали реку Казанку и скрылись в заречном лесу. Женщин царь отдал войску. «Вся же сокровищя казанская, и жены их и дети велел всему своему воинству имати». «Толь множество взявши полону татарского, яко же всем полком русским наполнитись; у всякого человека полон татарский бысть».
Царский шурин Данила Романович Захарьин-Юрьев находился в царской ставке под стенами Казани, но ни мудрыми советами, ни личной храбростью себя не проявил. Потомкам сохранились десятки имен князей и бояр, отличившихся под Казанью: те же князья Курбские, Микулинские, Михайло Воротынский, Алексей Адашев и другие. Но, увы, среди них нет ни Захарьиных-Юрьевых, ни Захарьиных-Михайловых, ни Захарьиных-Яковлевых.