Адашев был отправлен в действующую армию в Ливонию, где был заключен в тюрьму в Дерпте. После двух месяцев заключения Адашев умер. Сильвестр удалился в Кирилло-Белозерский монастырь. По поводу Сильвестра царь писал: «Сыскав измены собаки Алексея Адашева и всех его советников, мы наказали их милостиво; смертной казнью не казнили никого, но по разным местам разослали. Поп Сильвестр, видя своих советников в опале, ушел по своей воле, и мы его отпустили не потому, чтобы устыдились его, но потому, что не хотели судить его здесь: хочу судиться с ним в вечной жизни, перед агнцем Божьим».
После неудачи со сватовством сестры польского короля Иван обратил свои очи на Восток и в 1561 году женился на девице Кученей, дочери кабардинского князя Темира Гуки (в русских летописях он именовался Темрюк Айдарович). Кученей перекрестили в Марию, но она так и осталась дикой черкешенкой — плохо говорила по-русски и отличалась вспыльчивостью.
По случаю вступления во второй брак Иван Грозный составил новое завещание, в котором закреплялся порядок престолонаследия и определялось имущественное положение новой царицы и возможных ее детей. В завещании также назывались имена душеприказчиков, которые должны были войти в опекунский совет при наследнике. Главными опекунами царевича Ивана Ивановича стали Данила Романович Захарьин, Василий Михайлович Захарьин, Иван Петрович Захарьин-Яковлев и Федор Иванович Колычев. Последний, кстати, был отдаленным родственником Захарьиных — основатель его рода Федор Александрович Колыч был внуком Андрея Кобылы и двоюродным дядей Захарьина-Кошкина. Рюриковичи князь А. П. Телятевский и кравчий князь П. И. Горенский-Оболенский занимали в совете подчиненное положение. Князь Телятевский был потомком князей Тверских-Микулинских. При дворе Телятевские служили по спискам «помещиков из Ярославля». Телятевский и Горенский-Оболенский были молоды и при Алексее Адашеве не занимали видных постов. Это и определило выбор царя Ивана.
Бояре-регенты целовали крест на верность царевичам и царице Марии. Они поклялись не искать себе государя «мимо» наследника и управлять страной по царскому завещанию, следуя тому, «что есми государь наш царь и великий князь написал в своей духовной». В тексте присяги говорилось: «А правити нам сыну твоему государю своему царевичу Ивану по твоей духовной грамоте».
Таким образом, в случае смерти Грозного вся полнота власти переходила в руки бояр Захарьиных. Однако и при его жизни регенты играли важную роль в жизни государства. Так, в мае 1562 года царь отправился в литовский поход и оставил «ведать Москву» своего восьмилетнего сына Ивана, а с ним бояр Данилу Романовича, Никиту Романовича и Василия Михайловича Захарьиных, Василия Петровича Захарьина-Яковлева и князя Василия Андреевича Сицкого (мужа Анны Романовны Захарьиной). Заметим, что «ведать Москвой» по тогдашней терминологии означало не заведовать городским хозяйством, а управлять всем Московским государством.
Оказавшись в столь благоприятной ситуации, Захарьины не стали кичиться своей властью и местничать с князьями Рюриковичами, а начали проводить хорошо продуманную и дальновидную политику, целью которой была неограниченная власть клана после смерти Ивана IV.
Отметим три основных направления этой политики. Во-первых, насаждение своих сторонников в приказном аппарате управления. Во-вторых, уничтожение потенциальных претендентов на престол князей Старицких. В-третьих, окружение царевича Ивана своими родственниками и превращение его в послушного исполнителя воли клана.
Захарьиным удалось рассадить своих людей в бюрократическом аппарате. Прежде всего они добились возвращения из ссылки Н. А. Фуникова-Курцева, бывшего в немилости у Сильвестра. Фуников-Курцев получил думный чин назначения и возглавил Казенный приказ — главное финансовое ведомство государства.
Захарьины не обошли своим вниманием и еще одного противника Сильвестра — дьяка И. М. Висковатого. Он получил думный чин печатника и стал главным помощником Фуникова-Курцева в Казенном приказе. Висковатый начал свою деятельность с «реформы» печати. 3 февраля 1561 года старая «меньшая» великокняжеская печать была заменена большой печатью, украшенной символом самодержавия: «Орел двоеглавной, а среди его человек на коне, а другой орел же двоеглавной, а середи его инърог».
Резкое усиление власти приказной бюрократии вызвало озлобление титулованной знати (князей Рюриковичей и Гедеминовичей). Князь Курбский острил, что писарям «князь великий зело верит, а избирает их не от шляхтского роду, ни от благородна, а избирает их от поповичей или от простого всенародства, а то ненавидячи творит вельмож своих». Другой защитник старины, Тимофей Тетерин, писал: «…есть у великого князя новые верники-дьяки, которые его половиною кормят, а другую половину себе емлют, у которых дьяков отцы вашим (т. е. боярским) отцам в холопстве не пригожалися, а ныне не токмо землею владеют, но и головами вашими торгуют».