В декабре 1569 года князь Владимир с семьей был срочно вызван к царю в Александровскую слободу. Там он был убит опричниками Малютой Скуратовым и Василием Грязным. По одной версии его заставили выпить кубок с отравленным вином, по другой — Малюта просто зарезал его ножом. Была убита также и вторая жена Владимира Евдокия Ивановна (в девичестве Одоевская, двоюродная сестра Андрея Курбского). Та же участь настигла и девятилетнюю дочь Старицкого.
Еще раньше, в октябре 1569 года, Иван расправился с матерью Владимира Ефросинией (в монашестве Евдокией). Существует несколько версий ее гибели. Так, Скрынников считает, что Ефросинию отравили «угарным газом во время ее доставки на речных стругах по Шексне в Александровскую слободу». Эта версия не выдерживает критики, поскольку на судах того времени никаких печей не было, а изготовление какой-либо системы жаровен с углем крайне маловероятно. Видимо, правы летописные источники, где говорится об утоплении Ефросинии с двенадцатью монахинями в реке Шексне.
В том же 1569 году Иван Грозный приказал утопить в Шексне еще двух знатных женщин, заточенных в Горицком монастыре, — бывшую княгиню Юлианию, вдову слабоумного царского брата Юрия, и инокиню Александру, первую жену сына Грозного Ивана.
Через несколько дней после убийства брата Иван Грозный решил разгромить Новгород Великий. Дореволюционные и советские историки оправдывали новгородский поход состряпанным задним числом опричниками «новгородским изменным делом». Суть царских обвинений Новгорода состояла якобы в том, что «Новгород и Псков отдати литовскому королю, а царя и великого князя Ивана Васильевича всея Русин хотели злым умышлением извести, а на государство посадити князя Володимира Ондреевича». Видимо, писавшие это опричники были сильно пьяны, выдавая взаимоисключающие обвинения. Зачем сажать на престол князя Владимира и одновременно красть у него Новгородские земли? На самом деле опричникам попросту захотелось пограбить, а почему Иван IV пошел на поводу у этой братии — вопрос не к историкам, а к психиатрам.
Грабить опричники начали, лишь дойдя из Александровской слободы до дороги на Новгород. Первым был разгромлен город Клин. В «синодике опальных» Иван Грозный записал, что в Клину убит лишь 31 человек, зато участники похода немецкие опричники Таубе и Крузе утверждали, что было перебито все население Клина. Риторический вопрос: а что, и в Клину были заговорщики, решившие отдать город польскому королю?
Затем царь с опричниками подошел к Твери. Для начала Малюта Скуратов с отрядом опричников заявился в Отрочев монастырь под Тверью и задушил там опального митрополита Филлипа (в миру боярина Колычева). 23 декабря 1569 года начался разгром Твери. Как писал участник похода Г. Штаден, «в Твери царь приказал грабить все и церкви и монастыри». Таубе и Крузе подтверждают это. Разорение Твери длилось 5 дней. По утверждению Таубе и Крузе в Твери было убито 9 тысяч человек.
К Новгороду опричные войска подошли 2 января 1570 года. Расправа над горожанами и населением окрестных сел продолжалась 40 дней. В «синоднике опальных» Иван писал — 1505 убитых новгородцев. Таубе и Крузе говорили о 15 тысячах убитых. Население Новгорода до прихода Ивана насчитывало около 30 тысяч, по-видимому, немецкие опричники имели в виду и жителей окрестностей Новгорода. В некоторых исторических и художественных произведениях говорится, что Иван Грозный казнил коренных новгородцев, мечтавших о возвращении былых вольностей и об отделении от Московского государства. Увы, это лишь фантазии людей, плохо знакомых с отечественной историей. Опричники грабили и убивали в основном богатых людей, а беднякам доставалось, если они попадались под горячую руку или когда добрым молодцам хотелось покуражиться. А практически все «лучшие» люди Новгорода дворяне, купцы и богатые ремесленники — были сведены из Новгорода еще при деде Ивана Грозного, а взамен Новгород был заселен тысячами людей из низовых городов, в первую очередь из Москвы. И это их детей, внуков и правнуков спустя 80 лет убивал Иван Грозный. Все светское руководство Новгорода, убитое опричниками, принадлежало к старомосковским родам (Даниловы, Бутурлины и другие).
Наиболее богатыми купцами в Новгороде были Сырковы и Таракановы — потомки купцов, насильно переведенных Иваном III из Москвы в Новгород. Сырковых и Таракановых долго пытали, чтобы выведать, где скрыты их сокровища а затем убили. Причем Федора Сыркова Иван Грозный приказал заживо сварить в котле с водой на медленном огне.