Поставленная Сталиным задача оказалась намного сложнее, чем предполагалось ранее. Для ускорения работ осенью 1945 г. была сформирована научно-техническая комиссия во главе с генерал-майором Л. М. Гайдуковым. Группа сразу направилась в Тюрингию, в небольшой городок Нордхаузен. В четырех километрах от него, внутри горы Конштайн, находился крупнейший завод «Миттельверк», выпускающий ракеты Фау-2.
Увиденное в подземных штольнях убедило Королева, что силами разрозненных групп специалистов, находящихся в Германии, Польше, Чехословакии и Австрии, выполнить в срок правительственное задание невозможно. По его инициативе Гайдуков обратился в наркомат авиационной промышленности с предложением объединить силы всех групп специалистов, находящихся за рубежом, в едином комплексном научном учреждении.
В феврале 1946 г. Гайдуков и Королев были вызваны в Москву. Их принял секретарь ЦК партии Г. М. Маленков. В присутствии наркома вооружений Д. Ф. Устинова С. П. Королев подробно доложил о ходе изучения немецкого ракетостроения, о необходимости создания научного центра в Нордхаузене для углубленного решения стоящих задач. Он высказал твердые суждения о перспективах развития ракетного дела, о том месте, которое оно должно занять в оборонном потенциале страны.
Убедительный, аргументированный достоверными фактами, доклад произвел на секретаря ЦК партии сильное впечатление. На следующий день, 1 марта, Маленков доложил председателю СНК СССР И. В. Сталину о работе научно-технической комиссии, возглавляемой Гайдуковым, разбирающейся с «ракетным вопросом». Георгий Максимилианович с большой похвалой отозвался о Королеве как о человеке, глубоко вникшем в порученное дело.
Судьба предлагаемого научного учреждения была фактически решена в те же дни. В Германию генерал Гайдуков вернулся начальником НИИ «Нордхаузен», а Королев — его заместителем, главным инженером. Созданный там ранее инженером Б. Е. Чертоком инициативный институт «Рабе», вошел в новообразование Гайдукова в качестве «института систем управления».
Май сорок шестого оказался во многом рубежным месяцем в решении ракетных проблем. В середине месяца вышло сразу два ключевых государственных акта, которые сыграли важнейшую роль как в развитии главной оборонной отрасли, так и в личной судьбе С. П. Королева. Первым из них было узаконено создание нового направления в оборонной промышленности — ракетостроения. Вторым создавался НИИ-88 в качестве головного учреждения по управляемым ракетам на жидком топливе. Он объединил усилия коллективов специального конструкторского бюро и артиллерийского завода № 88 в системе наркомата вооружения. Сергей Павлович был назначен Главным конструктором баллистических ракет. Работы развернулись в небывалых темпах.
Не прерывались работы и в Германии. Для восстановления всей документации, необходимой в производстве ракет, в Зоммерде, вблизи Эрфурта, было образовано совместное советско-немецкое ОКБ во главе с В. П. Мишиным. На базе научно-технического архива, доставленного из Праги, требовалось восстановить комплект чертежей на немецком языке по конструкции Фау-2.
Отработкой технологии производства всего двигательного хозяйства на заводе «Монтанья» под Нордхаузеном занимался творческий коллектив под руководством В. П. Глушко. Были восстановлены немецкие стенды для испытаний двигателей и турбонасосных агрегатов. Проведение огневых испытаний двигателей было налажено А. М. Исаевым в Лейстене.
Восстановлением наземного оборудования занималось подразделение под руководством В. А. Рудницкого. Для умелого производственника это было привычным делом, так как на «Компрессоре» в Москве он занимался пусковыми установками для «катюш». В Германии Рудницкий доводил до полной работоспособности стартовое хозяйство, заправочное и пусковое оборудование.
Приведением в рабочее состояние немецкой телеметрической системы «Мессина» занималась специальная группа К. А. Керимова. Вначале она работала в составе института «Рабе», а затем стала отдельным подразделением института «Нордхаузен».
Особое место в институте занимала группа «Выстрел», возглавляемая Л. А. Воскресенским. Самый многочисленный коллектив из военных и гражданских специалистов занимался предстартовой подготовкой и боевым пуском ракет.
В Германии С. П. Королев работал очень продуктивно. Он проявил себя прекрасным организатором и сумел сплотить вокруг себя талантливейших специалистов, став неформальным лидером большого творческого коллектива. Своим ближайшим сподвижникам Королев постоянно внушал мысль, что их нынешнее занятие — не просто восстановление уже действующей немецкой техники. Практически закладываются начала нового большого направления, которое скоро должно проявить себя не только в «оборонном качестве», но и в космических исследованиях.