Полная новых впечатлений жизнь в сочетании с интересной научной работой раздвигала умственные горизонты. Началась работа мысли над выработкой миросозерцания, инстинктивные поиски его гармонии, его единства. Материалистический позитивизм меня органически отталкивал, но этого было мало, хотелось найти серьезные доводы для его опровержения. На первом курсе я взял темой у профессора В.Д.Кудрявцева: «О самопроизвольном зарождении». Я был ею захвачен. Как этот тезис опровергнуть? Как объяснить многозначительный факт: в закупоренной бутылке самопроизвольно возникает жизнь? Теорий существовало много. Это был 1888 год — период жгучих споров об открытии микроорганизмов Пастером. В научных кружках кипели дебаты за и против его открытия. Сторонником механического происхождения жизни я не был. Из мертвой материи живой клеточки не создать. Это положение я считал истиной. Все мои усилия были направлены к тому, чтобы его философски обосновать, и я усердно занимался у профессора В.Д.Кудрявцева.
На 1-м курсе я освоился с Академией и стал настоящим студентом. Однако новое состояние меня до дна еще не захватило. На первые Рождественские каникулы я решил поехать на родину, чтобы повидаться с родителями и показаться впервые среди родных и знакомых в звании студента. Не скрою, что это звание льстило моему самолюбию. В Туле пришлось встретиться со своими прежними товарищами по семинарии, приехавшими из Киевской Духовной Академии, а также и с теми, кто не поехал в высшие учебные заведения, а остался в епархии, поступив на службу псаломщиками или учителями. Это была приятная, радостная встреча; бесконечны были беседы, в которых мы делились впечатлениями своей новой жизни; конечно, оставшиеся на епархиальной службе с некоторою завистью, даже почтением, смотрели на нас, юных студентов высших учебных заведений. После нескольких дней, проведенных в Туле, я уехал в деревню к родителям. И здесь повышенное, горделивое ощущение своего студенчества переживалось еще в большей степени, чем в Туле. Все окружающие священники (не исключая даже и моего отца) с оттенком какой-то почтительности встречали меня; уездные и сельские девицы и их мамаши нашего духовного круга проявляли ко мне особое внимание, быть может, видели во мне завидного жениха. Я чувствовал себя как-то легко, весело, жизнерадостно… Отец совещался со мною по служебным делам. У него создались неприятные отношения с церковным старостою, местным огородником и кулаком, который за большие проценты давал ссуду крестьянам и держал их в своих руках. Староста вел агитацию против моего отца среди прихожан, подстрекнул их написать жалобу епархиальному начальству: пришлось давать объяснения консистории. Отец жаловался, как иногда трудно бывает священнику ладить со старостами, особенно если на эту должность попадает такой зазнавшийся «мироед». В доказательство он рассказал мне очень интересный в бытовом отношении случай в соседнем селе.
Местный священник, любитель родной старины, хотел при ремонте храма поместить в иконостасе образ святого священномученика Кукши, просветителя вятичей, живших по р. Оке, ибо приход этот был расположен на притоке Оки, р. Уне. Староста, не имевший, разумеется, никакого понятия ни о Кукше, ни о вятичах, ни за что не хотел помещать в церкви этого образа: ему не нравилось и казалось неблагозвучным самое имя Кукши. «Какую такую кукшу выдумал наш поп?» — говорил он прихожанам. Дабы разрешить спор, священник вместе со старостой поехал к местному архиерею. Престарелый архиепископ Никандр стал вразумлять несговорчивого старосту: «Почему ты не хочешь поставить в церкви икону святого Кукши? Ведь он просветил верой Христовой вятичей, наших предков; ведь мы происходим от вятичей». Староста очень обиделся и говорит: «Не знаю, может быть, Вы, Ваше Высокопреосвященство, вятич, а я, слава Богу, православный русский человек!» Что было делать: пришлось любознательному священнику отказаться от мысли иметь в своем храме икону священномученика Кукши…
Среди этого беззаботного студенческого веселья меня подстерегало тяжелое семейное горе. Я заболел скарлатиной, хотя форма заболевания была легкая, и скоро поправился, но я заразил ею свою маленькую сестру, 9-летнюю Машу. Это была очень добрая, ласковая, кроткая девочка, общая наша любимица. Особенно нежно ее любила мать как самую младшую и единственную дочь среди остальных пятерых сыновей. Я видел, как Маша, вся красная от жара, задыхалась, стонала, изнемогая в борьбе с ужасною болезнью. В таком состоянии я простился с нею и уехал в Академию. Через неделю Маша скончалась… Невыразимо жалко было мне нашей милой малютки… Можно себе представить, какой это был огромный удар для наших бедных и уже стареющих родителей, особенно для матери…