Брусилов держался просто и скромно, на мои вопросы отвечал охотно. Ему, видимо, нравилось, что „старика знают и помнят“. А я внимательно слушал и рассматривал человека, который в решительную минуту остался со своей страной, со своим народом, отклонив все предложения белогвардейцев переметнуться к ним и возглавить силы контрреволюции».
В 1936 году начальником и комиссаром академии был назначен бывший прапорщик царской армии Дмитрий Александрович Кучинский. Однако на следующий год он был арестован по обвинению в военном заговоре и расстрелян.
Следующим начальником академии был назначен Иван Тимофеевич Шлёмин, участник Первой мировой, главный редактор журнала «Военная мысль». В 1942 году А. Т. Шлёмин был переведён на должность начальника штаба Северо-Западного фронта, а затем командующим 5-й танковой армией. В 1945 году ему, тогда уже генерал-лейтенанту, было присвоено звание Героя Советского Союза.
Генерал-лейтенант Фёдор Исидорович Кузнецов руководил академий дважды. Во время Первой мировой он из рядового дослужился до прапорщика. С 1935 года преподавал общевойсковую тактику в Военной академии имени Фрунзе. В 1940-м был назначен начальником Академии Генштаба. В первые дни войны командовал Северо-Западным фронтом. Но после тяжёлого поражения в Прибалтике отстранён и назначен командующим 21-й армии. После ряда неудач был возвращён в академию. Но вскоре направлен на Волховский фронт заместителем командующего.
Между двумя периодами Кузнецова академию возглавлял Василий Константинович Мордвинов. Штабс-капитан Императорской армии. Участник Первой мировой, Советско-польской и боёв с бандами Булак-Булаховича. И. Х. Баграмян вспоминал о Мордвинове, тогдашнем начальнике кафедры тактики высших соединений: «Случается иногда по пословице: мягко стелет, да жестко спать. О нашем начальнике кафедры генерал-лейтенанте Василии Константиновиче Мордвинове так не скажешь. „Стлал“ он жестко: не прощал ни малейшего упущения в работе, безжалостно критиковал нас, молодых преподавателей. Так что на добрый отзыв я и не рассчитывал. А начал читать собственноручно написанную им аттестацию, и глазам не поверил. Столько хвалебных слов, что я невольно усомнился: обо мне ли это? Заканчивалась аттестация выводом, что „должности вполне соответствует и заслуживает присвоения звания генерал-майор“.
И все эти добрые слова высказаны человеком, которого мы всегда считали самым скупым на похвалу!» (Баграмян И. X. Так начиналась война).
В годы войны В. К. Мордвинов возглавлял тыловые отделы нескольких фронтов. Затем – вновь на академической работе.
Кафедру оперативного искусства академии много лет возглавлял потомственный дворянин генерал-лейтенант, доктор военных наук Е. А. Шиловский. Он был награждён георгиевским оружием «за то, что в боях… у д. Кобылин, находясь непрерывно на передовом наблюдательном пункте под сильным ружейным и артиллерийским огнём противника, причём был контужен, но строя не оставил, искусным корректированием и управлением огнём полубатареи, дал возможность своей пехоте отбить повторные атаки противника и неоднократно заставлял молчать его батареи. Автор нескольких стратегических очерков об операциях Великой Отечественной войны, изданных массовыми тиражами и направленных в действующую армию для использования опыта штабами и командованием».
По мнению литературоведов, герой романа А. Н. Толстого «Хождение по мукам» Вадим Рощин имеет много общего с Е. А. Шиловским.
В 1941 году он исполнял обязанности начальника академии. Провёл её эвакуацию в Уфу, где с ноября того же года возобновились занятия по ускоренной программе подготовки командиров и начальников штабов дивизий и корпусов.
Для преподавания в академию были привлечены лучшие военные специалисты и педагоги.
Потомственный военный, генерал-майор царской армии Александр Андреевич Свечин, выдающийся военный теоретик, автор классического труда «Стратегия», «История военного искусства» в трёх томах, переводчик трудов германских стратегов Людендорфа и Кюльмана.
Выдающийся военный инженер полковник царской и генерал Советской армии, строитель фортов Брестской крепости Дмитрий Михайлович Карбышев.
Михаил Иванович Алафузо, штабс-капитан старой и комкор новой армии. В своё время на вопрос о том, как он может работать честно у красных, ответил: «Не скрою, я сочувствую белым, но никогда не пойду на подлость. Я не хочу вмешиваться в политику. У нас в штабе поработал совсем немного, а уже чувствую, что становлюсь патриотом армии… Я честный офицер русской армии и верен своему слову, а тем более – клятве… Не изменю. Задача офицера, как сказано в наших уставах, защищать родину от врагов внешних и внутренних. И этот долг, если я поступил к вам на службу, я выполню честно».